來源
次生代謝物的概念最初產生於植物學領域（1958年，Kohland），1960年，Bu'Lock 把它引入微生物學中。
特點
分子結構複雜、代謝途徑獨特、參與的酶數量多、在生長後期合成、產量較低、生理功能不很明確（尤其是抗生素），其合成一般受質粒控制。一般來說，形態構造和生活史越複雜的微生物，其次生代謝物的種類也越多。 次生代謝物的種類極多，與人類的醫藥生產和保健工作關係密切，如抗生素，色素，毒素，生物鹼，信息素，動、植物生長促進劑以及生物藥物素等。 次生代謝物的化學結構複雜，分屬多種類型如內酯、大環內酯、多烯類、多炔類、多肽類、四環素類和氨基糖類等，其合成途徑也十分複雜，但各種初生代謝途徑，如糖代謝、TCA循環、脂肪代謝、胺基酸代謝以及萜烯、甾體化合物代謝等仍是次生代謝途徑的基礎。
合成途徑
①糖代謝延伸途徑，由糖類轉化、聚合產生的多糖類、糖苷類和核酸類化合物進一步轉化而形成核苷類、糖苷類和糖衍生物類抗生素;
②莽草酸延伸途徑，由莽草酸分支途徑產生氯黴素等;
③胺基酸延伸途徑，由各種胺基酸衍生、聚合形成多種含胺基酸的抗生素，如多肽類抗生素、β-內醯胺類抗生素， D-環絲氨酸和殺腺癌菌素等;
④乙酸延伸途徑，又可分2條支路，其一是乙酸經縮合後形成聚酮酐，進而合成大環內酯類、四環素類、灰黃黴素類抗生素和黃麴黴毒素;另一分支是經甲羥戊酸而合成異戊二烯類，進一步合成重要的植物生長刺激素——赤黴素或真菌毒素——隱杯傘素等。
