環境
數碼獸十字軍中作為舞台的檔案島檔案島並不是一座十分大的島，周圍被虛構的海包圍著。雖然小但卻是由冰雪氣候（冰凍大陸）、熱帶雨林（熱帶雨林地區）、熱帶氣候（齒輪熱帶草原地區）、峽谷地帶（大峽谷地區）等各種各樣的環境凝結混合在一起的。
數碼獸世界中檔案島的時間分配是，1天24小時，1年30天。遊戲中的1小時是現實時間的1分種。早上4點～7點59分，白天8點～15點59分，下午16點～19點59分，夜晚是20點～3點59分。
生活的植物全部是虛構的，各地暴露著的電子線路板是在現實世界看不到的。數碼獸世界沒有人類，不過卻生活著卡片商人Sakana（虛構，非人類），應該也不只有數碼獸（也被確認為蟲和鳥的鳴聲）。
動畫和遊戲中的設定有部分異同。
作品區別
共同點
島中央聳立著一座無限山。在遊戲數碼獸世界中是最終BOSS戰的舞台，動畫數碼獸大冒險中被選中的孩子們因此預覽到了檔案島全貌。
島的北部是厚雪覆蓋的地帶冷凍大地，南部則是廣闊的熱帶地區，檔案島的氣候環境實際上是模仿地球北半球的環境。
島中分布著生活於此的數碼獸們集結的多數村落。
“工廠城”“玩具城”“高貴墓地”“創始村”等在遊戲和動畫中都出現了。
都出現了自動售貨機
不同點
數碼獸世界是以“創始村”為中心進行故事敘說。
數碼獸世界在遊戲的性質上，島上設定了相當數量的廁所。
數碼獸大冒險中沒有詳細描述出各個地區的名稱
僅在小說版當中追加了檔案島的一部分出產糖果的童話般的設定
數碼獸十字軍中追加了空中浮游小島
地區分布
創始村周邊
創始村(はじまりの街)：檔案島中心部位，位於無限山腳下的小村落。在數碼獸世界中是故事的“新手村”。公公獸(Jijimon)擔任村長。數碼獸們來到村里集結，各種數碼獸們從島中來村里開店等，雖然小但經濟活動繁榮。
綠色體育館(Green Gym)：創始村鄰接的室外訓練設施，在這裡可以鍛鍊夥伴數碼獸。是一個能很好地平衡提高全部狀態，養成上不可或缺的地方。管理員好像是滾球獸(Koromon)。
數碼橋(Digi Bridge)：在創始村以東架起的橋。當初被破壞得七零八落無法使用，後來由於創始村的繁榮而被有識之獸修復。可以往返於熱帶雨林。
迷亂森林(迷わずの森)：創始村南部伸展的廣闊森林。如同其名是一個道路錯綜複雜的森林。在數碼獸世界中是主人公首次訪問時的地區。生活的在那裡的數碼獸都比較弱，那裡可以採到數碼蘑菇。
龍眼湖(竜の目の湖)：迷惑森林相鄰延伸出的湖。在數碼獸世界中是釣魚名處，也是島中唯一可以釣魚的地方。那裡有二處生活的魚已經發生變異。主要是海龍獸(Seadramon)的地盤。
甜菜大地(Beet Land)：可以被住在“龍眼湖”的海龍獸帶著到達的地方。 瓢蟲獸(Tentomon)等昆蟲係數碼獸生息的地方，競技場也會舉行大賽。
齒輪熱帶草原
齒輪熱帶草原( Gear Savanna)：位於島西部位置的廣闊草原地帯。棲息著大多數動物型數碼獸。也設有訓練設施。在有海沿的地方每月1日～15日開放卡片市場。
眺望山(ミハラシ山)：在迷惑森林和齒輪熱帶草原之間橫臥的山地。在數碼獸世界中成為入侵獸(Vademon)製造的一連串UFO騷動的舞台。
鑽頭隧道(Drill Tunnel)：與眺望山內部聯通，直連迷惑森林與齒輪熱帶草原的隧道。因鑽頭鼴鼠獸(Drimogemon)的施工挖掘而得名，當初還在作業中無法通行，不過隨著劇情的發展後來完全通車。但是內部與其說隧道不如說是洞窟熔岩流入的灼熱地帶。每個地方有名稱： 鑽頭鼴鼠獸居住區、 地底湖、溶岩洞、獅子獸(Leomon)祖先洞穴
垃圾山(ゴミの山)：位於齒輪熱帶草原北部，島中垃圾集聚而形成的垃圾之園。被喜歡垃圾的渣滓獸(Scumon)作為領地，被命名為“塵埃王國(Dust Kingdom)”。內部也有訓練設施。由渣滓獸們的首領，渣滓獸大王統治著。
工廠城(Factorial Town)：垃圾山相隔的在檔案島西岸修建的巨大工廠地帶。被機械型數碼獸管理著。連通那裡地下的“地下水路”區域也有數碼獸生息。
迷霧森林
迷霧森林(Misty Trees)：島的西北部延伸的森林。被霧氣覆蓋，霧的氣氛與迷惑森林和熱帶雨林不同。由樹齡獸(Jyureimon)守護著。
呱呱濕地(ゲッコー濕地)：齒輪熱帶草原與迷霧森林之間延伸的濕地地帶。響徹著青蛙的鳴聲。
大恩鄉(ダイオン郷)：呱呱濕地鄰接的呱呱獸(Gekomon)們聚集的地方。由呱呱獸們的首領數碼獸卡片狂人老爺呱呱獸(TonosamaGekomon)統治著。
玩具城(おもちゃのまち)：迷霧森林最深處建造的有名的玩具城。有玩具聯盟等，由坦克獸(Tankmon)和玩具型數碼獸守護著。
冷凍大地
冷凍大地(Freeze Land)：島北部一帶常年被冰雪覆蓋的地區。由於是嚴寒的環境，所以大多數冰凍型數碼獸喜歡生息此處。
流冰岬(りゅうひょうみさき)：冷凍大地的海岸，有很多流冰經過的地方。在流冰上生活著亂蓬獸(Mojamon)們。
冰之聖域(Ice Sanctuary)：檔案島上兩處特殊地區之一。冰凍大地內部的冰凍公館。沒有攜帶疫苗種夥伴數碼獸的不能進入。內部設有訓練設施。由天使獸(Angemon)守護著。
大峽谷
大峽谷(Great Canyon)：島的東部延伸的渓谷地帶。懸崖上和谷底存在高度差。其名字和地形一般認為是模仿美國的大峽谷。從熱帶雨林架起一座“看不見的橋”。很高的懸崖上設定了幾個電梯用於上下移動。在懸崖山腰處有獨角龍獸(Monochromon)經營的雜貨店。
峽谷大橋(グレ大橋)：連線絕壁的大峽谷的橋之一。沒有貝殼獸(Shellmon)活動的地方。
奧加寨(オーガ トリデ)：在大峽穀穀底建造的奧加獸(Orgemon)的基地。內部有奧加獸的部下守護。物資充實到用來燒草墊，生活非常散漫。城寨內部設定了向大峽谷上層部分移動的電梯。
熱帶雨林
熱帶雨林(Tropical Jungle)：島東南部延伸的熱帶雨林地區。
紅樹林區域( Mangrove域)：熱帶雨林內形成的紅樹林地區。
阿彌陀森林(あみだ森)：連線熱帶雨林與恐龍古代境的呈“阿彌陀佛”狀道路而出現的森林。由射手獸守護著。
恐龍古代境(ダイノ古代境)：熱帶雨林深處形成的恐龍王國。棲息著恐龍型數碼獸，成了一個時間流逝會變化的特殊區域。由巨龍獸(Tyranomon)守護著，之後由巨龍師父守護。
恐龍古代境時間靜止區域(ダイノ古代境時靜域) ：恐龍古代境內時間流逝較慢(二分之一)的區域。聚集著想悠閒自在生活的數碼獸。
恐龍古代境時間急速區域(ダイノ古代境時急域) ：恐龍古代境內時間流逝較快(兩倍)的區域。化石席捲大地使地層暴露，與周圍不同的的環境對比成為了一道獨特的風景線。
高貴墓地（Overdear墓地）：和熱帶雨林銜接的墓地。非日式的洋式墓地，夜間常常被黑暗所覆蓋。 墓地內常有幽靈型數碼獸出沒。
暗貴族公館(闇貴族の館)：檔案島上兩處特殊地區之一。建在高貴墓地深處的西洋式建築。沒有帶病毒種搭檔數碼獸的不能進入。裡面寬廣，滿是陷阱。地下有研究所，是個氣氛大有不同的地方。館長是吸血魔獸(Vamdemon)。
空棘岬(Coela岬)：從熱帶雨林隔著河再從迷惑森林突出的岬。白色沙子和一棵椰樹是其特徵。空棘魚獸(Coelamon)生息的地方，因為瀕臨滅絕所以不常見。
