第一部
THE PATLABOR MOVIE 1：
機動警察劇場版是犯罪還是神諭?
獨力開發出大幅提昇效能的新版LABOR作業系統後，篠原重工的天才程式設計師帆場瑛一竟然投海自盡。他跳海的地點正是位於對東京灣填海造陸的“巴比倫計畫”中央的”方舟”，也是由其一手設計策劃的大型LABOR工作中樞。當時還沒人知道這是一切事件的開端...
特車二課第1小隊正在進行新機種”零式”的訓練，故勤務均交給行事看來不大穩當的第2小隊，偏偏近來經常發生原因不明的LABOR失控事件，在這種情況下零式的調整期卻一再拖長，瀕臨極限的第2小隊向上級逼問原因，才得知無人LABOR的失控事件竟然已經擴及軍用LABOR，因此零式才一再地被要求檢查。這些神秘的失控事件之間的關聯在第2小隊隊員篠原游馬的努力調查下，發現新版的作業系統”HOS”相當可疑。但是已經有八成的LABOR都換上了HOS，要是沒有明顯的證據證明作業系統中存在重大缺失，誰敢對一向就崇拜最新科技的官僚體系提出這種逆耳的建言?誰又肯大費周章地把所有作業系統都更換回來? 在連隊上的LABOR都有可能失控的顧慮下，游馬決定開始行動。就在出發到篠原重工尋找證據前，第二小隊的後藤隊長提醒他一句:”或許不是作業系統的程式錯誤，如果是一開始就這樣設計的呢?”
事實上有此顧慮的後藤，早已委託松井刑警對帆場展開調查。這位在死前就親手抹消公司電腦里個人檔案的神祕人物，竟在任職於篠原重工期間搬了26次家，追尋軌跡調查的松井，就像被帆場冥冥中帶領著一般，踏遍東京被遺忘的角落。這二十多個住處，甚至包括他小時後的老家，都位於未被調入都市更新計畫的舊市街，且已成稿廢墟般的存在;更巧的是從窗戶同外看去，首先映入眼帘的都是高聳入雲的遠方高樓。對比著繁華的市街和海埔新生地的美好遠景，身邊殘破的景象簡直像是一場塵封已久的古老夢境...
隨者游馬的調查，逐漸發覺事實真相。HOS原始光碟就是一個大病毒，所以所有接觸過HOS的電腦、LABOR都應當作被感染。而病毒發作的機制或許是因為風吹過市街建築產生的極低頻音波。此一情況經由篠原重工社長(游馬的父親)向政府公開了這項缺失，當局決定將危險的HOS全面改寫。慶幸的是第2小隊的LABOR因為阿繁的"潔癖"而沒安裝HOS，所以未受感染。
然而問題這樣就解決了嗎?帆場故意地留下了舊約聖經中關於巴比倫塔的警句，嘲笑著自作孽卻又逃不出他手掌心的人們，看來這案件不會這么容易善了。事實上以病毒來說，實在也不能排除潛伏於記憶體裡，而在改寫後再度侵入機體的可能性，就在此時游馬與阿繁發現了”方舟”竟然才是將引發更大規模LABOR失控的關鍵，當風速超過40公尺時，就會令方舟帶動強烈的低頻波共鳴，使東京所有的LABOR失控!於是正要侵襲東京的颱風，正式為這場沒有勝算的決戰揭開了序幕...
第二部
機動警察劇場版陸上自衛隊某戰車小隊在東南亞某處遭遇襲擊，除隊長柘植行人外，全軍覆沒。
時間又回到今天，海灣大橋突然爆炸，民間一度陷入恐慌。一位名叫荒川茂樹，自稱是自衛隊調查部的人找到後藤與南雲，告訴他本次事件的真實情況是由不明身份的戰鬥機發射飛彈襲擊大橋所致，同時他認為已經失蹤許久的柘植行人是最大的嫌疑犯。正當後藤他們拜託松井協助調查的時候，日本各地卻紛紛出現空襲的虛假警報，其目的大都是東京圈。為此軍隊與警察等部門也陷入了彼此對立、不知所措的困境中。為了防範未然，政府調動部分忠於自己的自衛隊進駐東京。
在松井不懈的努力下，終於查到柘植行人的蛛絲馬跡，南雲亦已察覺到這個昔日的戀人正是此次動亂的策劃人。不過由於荒川的參入，柘植行人沒有再與南雲接觸，他徹底消失在了夜幕中。
恐怖的前兆終於發生：東京的通訊系統突然完全癱瘓，駐紮在市內各處的部隊也變成了如盲人般，根本無法有效行動。而此時，滿載著毒氣的巨大飛艇正在接近這個不設防的城市.....
第三部
東京灣沿岸發生了一連串的LABOR襲擊事件，負責此案的城南署的久住及秦這兩名刑事，也因為遲遲無法找出真正犯人而感到困擾。秦在此時剛好認識了擔任大學講師的牙子，並漸漸地對她產生好感。持續著搜查行動的秦與久住，在東京灣上的儲備基地遇到了將人類一個個吞噬的「怪物」，原以為此「怪物」就是這一連串事件的真正兇手，沒想到「怪物」遺留於現場的肉塊，卻讓整起事件產生了一百八十度的大轉變，同時也波及到了警視廳、防衛廳及特車二課，甚至還發現了秦所不知道的牙子的另一面。此時，怪物再度出現於東京灣，為了結束這場悲痛的戰役，英格拉姆於是挺身而出…！
