樟樹市食品藥品監督管理局的前身為成立於2002年9月的宜春市藥品監督管理局樟樹分局，當時隸屬於宜春市藥品監督管理局，承擔樟樹轄區內藥品、醫療器械監管職能，原為正科級行政機構。2004年6月，全省食品藥品監管體制改革後增加了食品綜合監督職能，更名為樟樹市食品藥品監督管理局，升格前仍為正科級機構。2007年7月，經省編辦批覆同意，樟樹市食品藥品監督管理局升格為省食品藥品監督管理局正處級直屬局。同年9月，樟樹市食品藥品監督管理局被正式宣布機構升格。
按照省食品藥品監督管理局《關於轉發<關於將樟樹市食品藥品監督管理局升格為省食品藥品監督管理局正處級直屬局的批覆>的通知》（贛食藥監人[2007]36號）檔案精神，樟樹市食品藥品監督管理局升格後，承擔與設區市局相同的工作職責和任務，負責樟樹市行政區域內食品藥品監管工作，接受省局直接領導。同時，按照宜春市委、市政府關於全市食品藥品安全工作總體部署，落實好樟樹市區域內的相關工作。
根據省編辦《關於將樟樹市食品藥品監督管理局升格為省食品藥品監督管理局正處級直屬局的批覆》（贛編辦文[2007]112號）檔案精神，樟樹市食品藥品監督管理局內設辦公室、綜合監管科、稽查科等3個科級機構。
