主要從事作物栽培與生理的教學與科研工作。主講《作物栽培學》、《作物優質高產理論與實踐》、《科技寫作》、《作物栽培生理研究法》、《作物生態生理新技術》等課程，其中，《作物優質高產理論與實踐》被評為江蘇省優秀研究生課程，指導的1篇博士研究生畢業論文獲全國優秀博士論文提名獎，1篇博士論文和2篇碩士畢業論文分別被評為江蘇省優秀博士和碩士學位論文。曾被評為揚州市十大功臣，江蘇省優秀青年骨幹教師、江蘇省普通高校跨世紀學術帶頭人培養人選，江蘇省優秀碩士生導師，江蘇省留學回國人員先進個人，全國優秀科技工作者，享受國務院特殊津貼。
承擔“863”計畫、“973”計畫、省攻關、省重點、國家和省自然科學基金等40項國家級和省部級研究課題；在“水稻源庫理論與套用”、“水稻結實機理與調控技術”、“水稻品質調優栽培技術”、“水稻節水灌溉理論與技術”、“水稻高產與水分養分高效利用栽培技術”等研究領域取得了創新成果；在國內外發表學術論文300餘篇，論文被他人引用4600餘次；H指數41（發表的H篇SCI論文被SCI資料庫引用H次以上），自2014年起列入中國高被引學者榜單；獲國家和省部級科技進步獎12項，其中 “促進稻麥同花物向籽粒轉運和籽粒灌漿的途徑與生理機制”獲國家自然科學獎二等獎（第1完成人）、“水稻品種源庫類型劃分與栽培對策”獲國家科技進步獎二等獎(第3完成人)，“促進稻麥物質轉運和籽粒灌漿的方法與機制”獲教育部自然科學獎一等獎(第1完成人)，“水稻高產與水分養分高效利用栽培技術的研究與套用”獲教育部科技進步獎一等獎(第1完成人)，“水稻籽粒充實機理與調控技術”、“稻米品質形成機理與栽培調控技術”等4項成果獲教育部科技進步獎二等獎(均為第1完成人)。
楊建昌教授與香港浸會大學張建華教授組成的研究團隊，針對水稻小麥生產中存在的光契約化物向籽粒轉運率低、籽粒充實不良等突出問題，對促進稻麥同化物轉運和籽粒灌漿的調控途徑和生理生化機制進行了系統深入的研究。經過18年的刻苦攻關，獲得了重要創新成果。項目首創了協調光合作用、同化物轉運和植株衰老關係和促進籽粒灌漿的水分調控方法，為解決穀類作物衰老與光合作用的矛盾以及既高產又節水的難題提供了新的途徑和方法; 率先探明了適度提高體內脫落酸(ABA)及其與乙烯、赤黴素比值可以促進籽粒灌漿，為促進穀類作物同化物轉運和籽粒灌漿的生理調控開闢了新途徑；首次明確了ABA促進同化物裝載與卸載及籽粒灌漿的生理生化機制。該項目經過多年、多地的驗證和示範套用，示範地水稻增產8-12%，灌溉水利用效率增30-40%；小麥增產6-10%，灌溉水利用效率增20-30%，具有十分廣闊的套用前景。
