機構職能
（一）貫徹執行國家和省有關環境保護的方針政策和法律法規；擬訂並監督實施本市環境保護的規定和管理辦法；組織編制環境功能區劃，擬訂全市環境保護規劃；組織擬訂並監督實施重點區域、流域污染防治規劃和飲用水水源地環境保護規劃。
（二）負責重大環境問題的統籌協調和監督管理。牽頭協調重大環境污染事故、生態破壞事件的調查處理和重點區域、流域環境污染防治工作，指導協調全市重大突發環境事件的應急、預警工作，協調解決跨區域環境污染糾紛。
（三）承擔落實全市污染減排目標的責任。組織制定主要污染物排放總量控制制度並監督實施，提出實施總量控制的指標，督查、督辦、核查各縣（市、區）污染物減排任務的完成情況，實施環境保護目標責任制、總量減排考核並公布考核結果。
（四）指導並監督管理排污費的徵收和使用，會同有關部門管理市級環境保護資金。
（五）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任。受市人民政府委託對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價，對涉及環境保護的法規草案提出有關環境影響方面的建議，按管理許可權審批開發建設區域、項目環境影響評價檔案，負責建設項目竣工環境保護驗收。
（六）負責環境污染防治的監督管理。制定水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理制度並組織實施，會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作，組織指導城鎮和農村的環境綜合整治工作，牽頭組織強制性清潔生產審核工作，負責環境監察和環境保護行政稽查，組織實施排污申報登記、排污許可證、重點污染源環境保護信用管理等各項環境管理制度。
（七）指導、協調、監督生態保護工作。擬訂生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；監督檢查各種類型自然保護區以及風景名勝區、森林公園的環境保護工作；指導、協調和監督全市農村生態環境保護和生態示範區建設。
（八）負責民用核與輻射環境安全的監督管理。協助省監督管理核設施安全，參與民用核事故應急處理，負責輻射環境事故應急處理，監督管理民用核設施、核技術套用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治，參與防生化、防核和輻射恐怖攻擊工作。
（九）負責環境監測和發布環境狀況公報、重大環境信息。組織對全市環境質量監測和污染源監督性監測，制定並組織實施環境監測發展規劃；組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警，組織建設和管理全市環境監測網和環境信息網。
（十）開展環境保護科技工作。組織環境保護重大科學研究和技術工程示範，指導和推動環境保護產業發展。
（十一）開展環境保護的對外交流與合作；協助本市有關部門環境保護對外合作項目。
（十二）組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作。制定並組織實施環境保護宣傳教育綱要，開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
（十三）承辦市委、市人民政府和上級業務主管部門交辦的其他事項。
內設機構
環境監察局:
指導、監督、協調全市環境保護綜合行政執法工作；監督檢查環境保護法律、法規、標準的執行情況；組織協調全市重大環境事件的應急工作和調查處理；協調處理跨縣環境污染事故和糾紛；承辦重大環境信訪案件的調查處理；組織實施建設項目環境保護“三同時”、竣工驗收等工作；監督檢查污染治理設施運行情況以及限期治理項目任務完成情況；負責申請上市企業的環保核查與環保守法證明的審核工作；指導全市排污申報核定以及排污費徵收管理工作並進行稽查；實施行政處罰。
污染防治科:
監督管理全市水、大氣、噪聲、固體廢物、輻射環境與核技術套用、化學品、機動車、光、惡臭的污染防治；監督管理飲用水水源地環境保護工作；建立和組織實施跨縣（市、區）水質考核制度；協調解決重大和跨區域的水環境污染問題。組織編制水、大氣、噪聲、固體廢物污染防治規劃。
法規宣教科:
組織草擬環境保護綜合性規定和規範性檔案；負責機關有關規範性檔案合法性審核；負責對局行政處罰案件組織初審，負責組織有關行政處罰案件的聽證工作，承擔局行政處罰案件審理委員會案審辦公室的日常工作；辦理行政複議、應訴和賠償工作；組織辦理人大議案、建議和政協提案；組織協調環境保護宣傳教育工作；承辦局新聞審核和發布。
規劃科技科:
編制全市綜合性環境功能區劃和環境保護規劃、生態環境保護規劃、農村環境保護規劃，參與制訂和審查全市性專項規劃的環境保護內容；組織和管理環境保護科技工作，組織擬訂地方環境標準和技術規範；開展環境保護的對外交流合作；協助本市有關部門開展環境保護對外合作項目；牽頭組織強制性清潔生產審核工作；組織環保專項資金申請和監督管理工作；綜合管理全市自然生態環境保護和農村環境保護；組織開展全市生態狀況評估和農村生態環境保護工作；組織指導農村環境綜合整治與生態建設工作。
辦公室:
組織協調機關日常工作；負責機關的文秘、保密、檔案、保衛、財務、督查、督辦等行政事務工作；負責環境政務信息和電子政務工作；負責綜合性會議的組織工作；負責國有資產管理工作；負責局機關以及指導直屬事業單位的人事、機構編制、勞資、計畫生育等工作。指導本市環保系統機構建設、隊伍建設和行政體制改革；負責機關和直屬單位的離退休人員服務工作；負責局機關和直屬單位的思想政治工作、紀檢、監察、黨群審計工作。
行政審批科:
負責環境保護行政審批事項和管理服務事項審批，包括建設項目環評檔案審批，建設項目竣工環保驗收審批，防治污染設施拆除或閒置審批，市級自然保護區的調整審核，強制性清潔生產審核重點企業名單核定及評估驗收審批，排放污染物許可證核發審批，危險廢物轉移審批，廢棄電器電子產品處理資格許可審批，銷售、使用IV、V類放射源和生產、銷售、使用III類射線裝置輻射安全許可證委託發放，嚴控廢物處理許可證核發等行政審批事項的審批；負責排污費核定，機動車環保檢驗合格標誌核發，排放污染物許可證年審，上級環保部門審批建設項目環評文初審，申請擬上市或上市再融資公司環保核查初審，環保守法證明，輻射安全許可證初審，國家級生態鄉鎮（村）、省級生態示範鎮初審等管理服務事項的審批；協調和督辦行政審批事項和管理服務事項各個環節的相關工作；負責行政審批和管理服務事項的檔案整理、移交等審管理銜接工作。組織實施影響評價法規、政策，承擔許可權內的規劃環境影響評價、政策環境影響評價和項目環境影響評價管理工作；負責全市建設項目環境影響評價單位的監督管理；對超過污染物總量控制指標、生態破壞嚴重或者尚未完成生態恢復任務的縣（市、區），承擔暫停審批除污染減排和生態恢復項目外所有建設項目的環境影響評價的工作。
下屬單位
梅州市環境監測中心站:
1.負責對全市各類環境質量要素進行常規性監測，定期反映全市環境質量狀況和污染動態；
2.負責環境監測質量管理體系建設工作；
3.承擔市重點污染源的監督性監測工作；
4.承擔市建設項目環境保護“三同時”及限期治理項目竣工驗收監測工作；
5.負責全市應急環境監測網路建設工作，協調重大環境污染事件的應急監測；
6.負責全市環境質量報告書、環境監測年鑑的編寫工作；
7.承擔全市環境監測工作的技術指導和監測人員技術培訓工作。
梅州市環境科學研究所:
1.承擔環境科學和環境工程技術的研究與開發工作，為政府的環境管理與決策提供技術支持；
2.推廣環保新技術，為治理污染、發展循環經濟、實施清潔生產提供技術服務；
3.開展環境影響評價、環境規劃、環境風險評估等工作，為政府和社會的環境保護需求提供諮詢和服務。
梅州市總量控制和環保考核辦公室:
1.擬訂全市主要污染物排放總量控制規劃和年度減排計畫方案；
2.擬定對各縣（市、區）和重點企業的主要污染物排放總量控制指標；
3.承擔全市污染減排指標數據審核和上報工作，對新改擴建項目主要污染物的總量進行核定或確認；
4.組織全市污染減排統計、監測、考核工作；
5.組織全市環境保護責任考核和城市環境綜合整治定量考核工作；
6.組織實施環境統計和污染源普查工作；
7.組織編制環境統計年報、季報和環境狀況公報，定期向市政府呈報環境質量狀況和污染動態，向有關部門提供環境保護數據等。
梅州市固體廢物與輻射環境管理中心:
1.負責固體廢物污染防治工作，對危險廢物、醫療廢物、嚴控廢物、廢棄危險化學品的貯存、運輸、處理和處置情況, 進口廢物在境內加工處理和利用情況等進行動態跟蹤；
2. 承擔固體廢物在進口、運輸、貯存、處理、處置及加工利用過程中的環境風險評價工作，為有關部門提供決策諮詢；
3. 承擔全市放射性同位素、射線裝置的安全和防護以及電磁輻射環境保護工作；
4. 負責全市放射性廢源收貯的協調工作；協助處置因固體廢物、危險化學品、放射性同位素和射線裝置引發的環境污染事故。
梅州市環境信息中心:
1.負責全市環境信息化建設和信息安全管理工作；
2.負責全市污染源線上監控系統的建設、運行、管理工作；承擔全市環保公眾網站的建設、維護管理及環境信息發布工作；
3.承擔國家環保專網系統、省環保系統協同辦公平台系統、市環保局政務0A系統、梅州市環保局信息公開目錄系統等網路平台的運行維護管理工作。
梅州市環境技術中心:
1.承擔市級審批的建設項目環評檔案、專項規劃環境影響報告書的技術審核工作；
2.承擔環境保護設施設計方案的技術審査工作；
3.承擔環保項目建議書和可行性研究報告的評估諮詢工作；協助市環保局開展建設項目“三同時”驗收工作。
梅州市環境保護局廣州（梅州）產業轉移工業園:
1.負責對園區和園區範圍排污單位執行有關環境保護法律法規的監督檢查；
2.監督實施產業園區環境保護的規定和管理辦法；
3.組織編制和實施園區環境保護規劃、計畫、環境保護目標；
4.組織、指導園區環境保護宣傳教育工作；
5.協助對入園項目進行審查，提出初審意見；
6.協助調查處理園區污染事故和生態破壞事件，協調解決園區環境污染糾紛。
環境宣教中心:
組織實施環境保護宣傳教育計畫；組織開展環境保護新聞報導和社會公眾參與的環境保護業務培訓，推動公眾和非政府組織參與環境保護；組織開展綠色學校、綠色社區和環境教育基地創建工作。
現任領導
梅州市生態環境局局長：姚鎧滔
