梁如冰

梁如冰

梁如冰,博士,上海交通大學生命科學技術學院副研究員。主要從事微生物染色體改造與功能研究、基因調控、工程菌株構建與代謝工程等方面的研究。

基本信息

個人簡介

個人履歷

2003年碩士畢業於北京師範大學細胞生物學研究所教育部重點實驗室,2007年獲上海交通大學生物化學與分子生物學博士學位。2007年3月起在上海交通大學生命科學技術學院生物技術系(微生物代謝國家重點實驗室)功能基因組學實驗室工作。先後赴UCSD、哈佛大學做訪問學者與博士後工作。

主要成果

目前已發表論文13篇,已申請專利2項。主持國家自然科學基金與教育部基金等多項,參與多項973,863等項目研究,

獲得榮譽

曾先後獲得“上海交通大學晨星青年學者獎勵計畫”和“上海高校選拔培養優秀青年教師科研專項基金”等獎勵。

擔任職務

國家微生物代謝重點實驗室、教育部創新團隊和國家自然科學基金創新研究群體的骨幹成員,上海市生物工程學會和上海市微生物學會的會員。

研究領域

主要研究方向

微生物分子生物學,基因工程

主要研究領域

微生物條件性基因表達調控、基因改造與功能研究及代謝工程

目前主要工作

新型染色體改造系統和條件性細胞致死系統。

1、新型染色體改造系統

基因改造是後基因組時代研究的基礎,而多個基因連續改造則是代謝組學的主要步驟。因此,如何能夠對多個基因進行連續的無痕改造,已成為亟需解決的一個難點問題。

為此,我們建立了新型的染色體改造系統,可套用於不同用途的微生物(病原菌,生物修復菌等),利用帶有短同源臂的PCR片段,通過兩步同源重組,對染色體基因無痕改造,不遺留任何抗性基因且周邊基因不發生任何改變,實現對多個基因的連續改造。主要套用於兩個方面:一是對重要的生防微生物染色體進行定向改造,提高其有效代謝產物產量與純度。如假單胞菌的吩嗪-1-羧酸的代謝通路的改造(BMC Microbiology, 2010)。二是通過定向基因改造獲得高產重要胺基酸類或有機酸類的工程菌株。如高產蘇氨酸大腸桿菌菌株的構建,旁路基因全部無痕敲除,基因突變解除其反饋抑制,啟動子更改以加強其合成基因簇(J. Biotechnology, 2008)。

2、條件性細胞致死系統

隨著微生物在環境生物修復與環境治理等方面套用的深入,環境釋放的修復微生物或生物防治菌株的生物安全成為後修復時代的中心問題。如何實現安全、無殘留、無風險的對生防菌株進行環境釋放已經成為研究的熱點。

為此,我們建立了條件性細胞致死系統,利用條件性啟動子和重組酶或者條件性活化的蛋白質內含肽系統,敲除位於複雜調節子中的必需基因但不影響周邊基因(Biotechniques, 2008),實現可人工控制地致死,達到環境的安全釋放與套用,解決此類菌株的生物安全性問題。如構建糖誘導和溫度誘導的條件性致死假單胞菌菌株,可在指定條件下進行生物防治和環境修復(Applied and Environmental Microbiology, 2011)。

發表論文

1. Zheng Lu*, Rubing Liang*, Jianhua Liu. Necessity not redundancy: the function of RNase HIII in Chlamydia pneumoniae. Molecular Microbiology. 2012 (* Co-first author)

2. Rubing Liang, Jing Zhou, Wenhua Wang, Jianhua Liu. Construction of an estrogen detection bacteria assay based on an estrogen-sensitive intein. Applied and Environmental Microbiology, 2011, 77(7): 2488-2495.

3. Rubing Liang, Jianhua Liu. Construction and appliance of the temperature-sensitive Pseudomonas strain using TS intein. Applied and Environmental Microbiology

4. Rubing Liang, Jianhua Liu. Method for the obtainment of the intermediate products in the essential biosynthesis pathway of Escherichia coli. Analytical Biochemistry

5. Rubing Liang, Jianhua Liu. Scarless and sequential gene modification in Pseudomonas using PCR product flanked by short homology regions. BMC Microbiology, 2010, 10 (1): 209

6. Jing Zhou, Rubing Liang#, Jianhua Liu, Wenhua Wang. Detection of typical environmental estrogens using new estrogenic-sensitive genetic strain assay, Chinese Journal of Environmental Engineering, 2010, 10(4), 2387-2390. (# Corresponding author)

7. Xipeng Liu, Jing-Li Hou, Chunpeng Li, Yu-Feng liu, Rubing Liang, Jianhua Liu. Expression and Characterization of Thymine-DNA Glycosylase from Aeropyrum pernix. Protein Expression and Purification, 2010, 70(1):1-6

8. Rubing Liang, Jianhua Liu. In-frame deletion of Escherichia coli essential genes in complex regulon. BioTechniques, 2008, 44 (2): 209-215

9. Rubing Liang, Jianhua Liu. New Escherichia coli strain construction for environmental estrogens screen based on estrogen-sensitive intein. Journal of Biotechnology, 2008, 136: S637

10. Rubing Liang, Jianhua Liu. Metabolic engineering of Escherichia coli for L-threonine high production. Journal of Biotechnology, 2008, 136: S309

11. Rubing Liang, Xipeng Liu, Dongli Pei, Jianhua Liu. Biochemical characterization of Ribonuclease HII and Ribonuclease HIII from Chlamydia pneumonia AR39. Microbiology, 2007, 153 (Pt 3): 787-793

12. Rubing Liang, Xipeng Liu, Jianhua Liu, Qiushi Ren, Peiji Liang, Zhixin Lin, Xiangming Xie. A novel strategy to create temperature-sensitive mutants with T7-expression system in Escherichia coli, Journal of Microbiological Methods, 2007, 68(3): 497-506

13. Xipeng Liu, Yang Zhang, Rubing Liang, Jing-Li Hou, Jianhua Liu. Characterization of the 3' exonuclease of Chlamydophila pneumoniae endonuclease IV on double-stranded DNA and the RNA strand of RNA/DNA hybrid. Biochemistry and Biophysics Research Communication, 2007, 361 (4): 987-993。

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