性狀
形成的孢子囊有兩種，一種是薄壁遊動孢子囊，由無性繁殖產生；另一種是休眠孢子囊（resting sporangium），一般認為是有性生殖產生的。形成遊動孢子囊的原質團和形成休眠孢子囊的原質團在性質上有所不同：前者是單倍體的，由遊動孢子發育而成；後者是二倍體的，一般認為由兩個遊動孢子配合形成的合子發育而成。休眠孢子囊萌發時通常釋放出1個具有2根長短不一尾鞭型鞭毛的遊動孢子。因此，這類休眠孢子囊習慣上稱為休眠孢子。休眠孢子分散或聚集成堆以及休眠孢子堆的形態是原生菌類植物病原菌物分類的重要依據。根腫菌均為寄主細胞內專性寄生菌，寄生於高等植物根或莖的細胞內，有的寄生藻類和其他水生菌物上，寄生高等植物的往往引起寄主細胞膨大和組織增生，受害根部腫大，故稱為根腫菌。
分類
根腫菌門屬於原生動物界（Protozoa），只含有1綱1目1科，即根腫菌綱（ Plasmodiophoromycetes）,根腫菌目（ Plasmodiophorales），根腫菌科（ Plasmodiophoraceae），已知的有16屬，46種。在Ainsworth（1973）分類系統中隸屬於真菌界（Fungi）鞭毛菌亞門（Mastigomycotina）。
1、根腫菌屬（ Plasmodiophora）
根腫菌屬的特徵是休眠孢子游離分散在寄主細胞內，不聯合形成孢子堆，外觀呈魚卵狀，成熟時相互分離。該屬菌物都是細胞內專性寄生物，寄主範圍較廣。危害植物根部引起手指狀或人參塊狀的膨大，稱為根腫病。其中最主要的植物病原菌是芸薹屬根腫菌（ Plasmodiophora.brassicae)，引起十字花科植物根腫病。
2、粉痂菌屬（ Spongospora）
休眠孢子聚集成休眠孢子堆。休眠孢子堆球狀，中有空隙，形如海綿；休眠孢子球形或多角形，黃色至黃綠色，壁光滑。最常見是馬鈴薯粉痂菌（ Spongospora.subterranea)，其危害馬鈴薯塊莖引起馬鈴薯粉痂病。
3、多黏霉屬（ Polymyxa）
休眠孢子聚集成休眠孢子堆。休眠孢子堆長條形、近球形或不規則形，產生在草本植物根表皮細胞內，寄生在植物上，但不引起寄主組織腫大。 最常見的種是禾穀多黏霉（ Polymyxa.graminis)，寄生在禾本科植物根表皮細胞內，不引起明顯症狀；但它的遊動孢子是傳播小麥土傳花葉病毒和小麥梭條花葉病毒的介體。
