內設機構
偵查監督部門
負責對刑事案件犯罪嫌疑人的審查批准逮捕、決定逮捕；負責刑事立案監督和偵查活動監督工作。
公訴部門
負責對公安機關、國家安全機關、走私犯罪偵查機關等偵查機關和人民檢察院自偵部門移送起訴或不起訴的案件進行審查，並決定是否提起公訴或不起訴；對偵查活動是否合法進行監督；出席法庭支持公訴；對人民法院的審判活動實行監督；對人民法院確有錯誤的刑事判決、裁定提出抗訴等工作。
反貪污賄賂部門、職務犯罪預防部門
負責對國家工作人員涉嫌貪污、賄賂、挪用公款等職務犯罪行為進行立案偵查等工作。負責研究分析典型職務犯罪的特點、規律，提出防範對策，並協助有關單位落實；開展預防諮詢和警示教育；管理檢察機關行賄犯罪檔案系統並受理查詢等工作。
反瀆職侵權部門
負責對國家機關工作人員涉嫌瀆職犯罪行為和利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查、暴力取證、破壞選舉等犯罪案件進行立案偵查等工作。
監所檢察部門
負責對刑事判決、裁定的執行和監管活動進行監督；受理被監管人員及其親屬直接提出的控告和舉報；對刑罰執行和監管活動中的司法人員職務犯罪案件進行立案偵查；對服刑罪犯又犯罪案件和勞教人員犯罪案件立案監督、審查逮捕、審查起訴；對看守所超期羈押犯罪嫌疑人、被告人的情況進行監督等工作。
民事行政檢察部門
（1）對符合抗訴條件的下級人民法院的民事、行政案件生效判決、裁定，向同級人民法院提出抗訴。
（2）對符合抗訴條件的同級人民法院的民事、行政案件生效判決、裁定，提請上級人民檢察院抗訴。
（3）對民事、行政案件生效的裁定、調解存在錯誤且依法不能抗訴的，可以向人民法院發出檢察建議；對有關國家機關或企事業單位存在制度隱患或其工作人員嚴重違背職責，應當追究其紀律責任的，可以向其提出檢察建議。
（4）在辦理民事行政審判、執行活動中發現的貪污受賄、徇私舞弊、枉法裁判等職務犯罪案件進行初查或偵查。
控告申訴檢察部門、舉報中心
負責受理公民和國家機關、團體、企事業單位以及其他人士檢舉、控告國家工作人員涉嫌貪污、賄賂、瀆職等職務犯罪行為，並向舉報人反饋查處情況及結果；接受犯罪人的自首；受理刑事、民事、行政申訴案件的申訴。負責辦理不服人民檢察院不批准逮捕、不起訴、撤銷案件及其他處理決定的申訴；辦理不服人民法院已經發生法律效力的刑事判決、裁定（含刑事附帶民事判決、裁定）的申訴；辦理人民檢察院負責賠償義務的刑事賠償案件工作。
檢察技術部門
承辦檢察機關自偵案件的現場進行勘驗，收集、固定和提取與案件有關的各種痕跡、物證並進行科學鑑定，對有關業務部門辦理案件時涉及的技術性證據進行審查並提出審查意見。承辦檢察機關信息化建設、套用和管理等工作。
警務部門
保護人民檢察院直接立案偵查案件的犯罪現場；執行傳喚、參與搜查、執行拘傳，協助執行其他強制措施，協助追捕逃犯；提押、看管犯罪嫌疑人、被告人和罪犯；送達法律文書；參與執行死刑臨場監督活動；負責檢察機關專門接待民眾來訪場所的秩序和安全，參與處置突發事件。
紀檢監察部門
負責指導檢察機關紀檢、監察工作；對檢察機關及其工作人員貫徹執行法律、法規和上級決定、規定的情況進行監督；受理對檢察機關及其工作人員違反紀律、法律行為的控告、檢舉，並按照管理許可權進行查處；受理檢察人員不服處分決定的申訴；制定檢察機關廉政建設制度，組織開展廉政紀律教育和執法執紀大檢查活動。
辦公室
協助院領導處理檢察政務，組織協調院重要工作部署、重大決策的貫徹實施，組織安排機關重要會議和重大活動；負責檔案起草；管理秘書事務；處理檢察信息，編髮內部刊物；處理機要文電；負責人大代表聯絡工作和特約檢察員的聯繫工作；負責領導同志批辦事項的督查工作；負責機關日常值班工作；負責檢察統計、檔案管理、保密、外事、接待等工作。
政工科
協同區黨委負責檢察機關黨的建設和隊伍建設工作；開展具有檢察特點的思想政治工作；協同區黨委負責人民檢察院領導班子的考核、配備及後備幹部的考察工作，辦理有關任免手續；協同主管部門管理檢察機關的機構編制；負責檢察官等級、司法警察警銜管理和專業技術職務資格評審以及表彰獎勵工作；組織實施檢察機關有關幹部管理規定；負責院機關的機構編制和人事管理及工資工作；負責宣傳工作；負責檢察官考評審員會的日常工作。
工作成績
2006年以來，河口區檢察院以鄧小平理論、“三個代表”重要思想和科學發展觀為指導，緊緊圍繞“一二三四五”的總體工作思路，不斷強化執法辦案、隊伍建設、行政管理及信息化各項措施，有效地推動了檢察工作健康發展，受到了區委和上級檢察機關及社會各界的充分肯定和一致好評。
2006年以來，共辦理提請批准或決定逮捕案件432件791人，辦理移送起訴案件592件1147人，立查職務犯罪案件43件77人，已移送審查起訴36件69人，有罪判決率、刑事案件批捕和起訴準確率均達100%，全院沒有發生一起因辦案安全和辦案質量而引發的上訪、申訴案件，沒有發生一起幹警違法違紀事件，沒有發生一起人為行政事故。
所獲榮譽
2006年以來，先後被市委，市政府授予“嚴打整治鬥爭先進單位”、“社會治安綜合治理先進單位”。被省委、省人事局授予“公正執法先進單位”，被省委、省政府命名為“省級文明機關”，被省公安廳、省檢察院授予全省“雙加強，雙保障”示範單位創建活動先進單位，被省檢察院榮記集體二等功，被省檢察院授予“全省先進檢察院”。被共青團中央評為全國優秀“青少年維權崗”，被最高人民檢察院評為“全國文明接待室”、“全國一級規範化檢察室”，命名為“全國先進檢察院”。
2018年11月14日，最高人民檢察院決定，在慶祝改革開放40周年之際，為東營市河口區人民檢察院記集體一等功。
