此外他還有專著《文獻學概要》,以及集體著作《清史稿藝文志拾遺》(副主編)、《四庫全書存目叢書》(常務編委兼總編室主任)、《漁洋讀書記》(合輯)、《韓詩外傳選譯》(合作)、《近世學人日記叢書》(主編)、《史記校勘記》(合作整理)、《訂補海源閣書目五種》(合作)等10餘部,發表論文80餘篇。其中,由他任常務編委、總編室主任的《四庫全書存目叢書》,1998年獲第一屆霍英東貢獻獎;《清史稿藝文志拾遺》2002年獲教育部人文社科成果一等獎.
清代乾隆年間修《四庫全書總目提要》一萬多篇提要,實際上約三分之一的書收入《四庫全書》,三分之二的書僅僅“存目”。 當杜澤遜在琉璃廠發現《四庫存目》時,就決計以《四庫存目標註》為己任,開始了漫長的網羅資料工作。
1992年5月25日至31日,第三次全國古籍整理出版規劃會議在北京香山飯店隆重舉行。杜澤遜在會後加緊進行《四庫存目標註》的同時起草了《四庫存目標註敘例》,寄給古籍整理界一些專家徵求意見,當時中華書局趙守儼先生、傅璇琮先生立即回信,給予充分肯定和熱情鼓勵,黃永年先生、章培恆先生、周勛初先生也在不同場合給予了肯定和支持。1993年4月20日杜澤遜又在《古籍簡報》發表《四庫存目標註·易類書後》,從易類標註對全部《存目》之書的存佚及版本情況作了展望。
1994年5月,《四庫全書存目叢書》正式成立編纂委員會,東方文化研究會會長季羨林先生任總編,杜澤遜任常務編委,應邀來北大任編目室副主任、不久改任總編室主任。到1997年10月底全書1200冊出齊,共收《存目》之書4508種,絕大多數為善本。11月杜澤遜返回山東大學,根據《存目叢書》學術顧問黃永年先生的建議,開始《四庫存目標註》清稿工作。 季羨林先生曾表揚杜澤遜作《存目標註》為編纂《存目叢書》“立了一大功”。
近5年間杜澤遜承擔著繁重的教學工作,為山大文學院、歷史文化學院、文史哲研究院等單位開設“文獻學”課(山大文、史、哲專業研究生必修課),為古典文獻學專業研究生開設目錄版本校勘學、清代目錄版本學研究、四庫學研究等課,同時參加了若干集體項目,個人為應教學之需撰寫出版了《文獻學概要》(中華書局2001年出版)一書。杜澤遜認為搞學術研究,一要打好基礎,二要善於捕捉信息,“現在不少人喜歡從網上找信息,認為信息一定是現代化的,甚至是洋玩藝兒,我看太狹隘了,信息到處都是,關鍵在自己去捕捉,要善於捕捉。”這是杜澤遜的經驗之談。三要抓機遇。選準課題,又要有條件做好,沒有條件,好課題也沒用。四要有耐心。這么大的項目,一星一點地積攢,一條一條地考索,字斟句酌地表述,比蝸牛慢多了,他的老師和朋友,知者無不為他著急,甚至善意地勸他“先出一本”,以便評職稱。他從沒動搖過,相反,他如痴如醉地沉迷其中。2002年2月周積明教授在《四庫學200年》一文中寫道:“在《四庫全書存目》的研究上,山東大學杜澤遜副教授考索甚深,其所著《四庫存目書進呈本之亡佚及殘餘》、《四庫存目書進呈本知見錄》、《四庫存目標註》等,皆有專門之學的意味,令人注目與期待。”2007年,長達270萬字的《四庫存目標註》終於與讀者見面。
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