人物生平
康熙年間，湖廣地區（湖北湖南的合稱）有一個叫朱方旦的人，原籍湖北漢陽，自稱二眉山人。妖言惑眾，聚合門徒隨便議論，常達到數千人。為別人卜凶吉。湖廣巡撫董國興指控朱方旦使用旁門左道迷惑民眾，把他抓去北京審查，被皇上從寬處理。
及康熙十二年（1673）吳三桂起兵反清，第二年，清朝開國“八大鐵帽子王”之一的“順承郡王”勒爾錦駐師荊州，朱方旦以占卜的名義，出入軍營，巡撫張朝珍亦稱朱方旦為異人。皇上秘密告戒勒爾錦不要被迷惑。朱方旦被請離開，避走江、浙，王鴻緒得到了朱方旦所刊發的《中質秘書》，就向朝廷報告，列舉了“誣罔君上、悖逆聖道、搖惑人心”（欺君、邪教、煽動）三大罪。康熙二十一年（1682）以“詭立邪說，煽惑愚民”罪被捕處死。
朱方旦，有人寫做朱光旦，他的死，也被後人歸入康熙朝的“文字獄”。
人物成就
李光地《榕樹語錄.二十道釋》記載：京官史子修的妻子臥病三載，藥石罔效。該官員便慕名去請朱方旦為其妻診治。朱方旦道：“不須我的形去，而是神去，病者自知。”當夜，朱方旦在寓所發功，至次日凌晨，京官之妻果然痊癒。一時間，朝野上下風傳朱方旦能預知未來，神得不得了，玄得了不得。在湖廣一帶廣收門徒，以氣功、符水為人治病，地方官吏和平民百姓奉若神明，聚集待醫者的“冬粉”日以千計。
李光地一代大儒，一般語不涉怪力亂神，居然如此描寫朱方旦，氣功雖然飄渺，至今無法合理解釋，想必其人也一定有過人之處。
不久，湖廣巡撫董國興以朱方旦左道惑眾劾奏，將朱方旦逮往北京。解送時，前來告別辭行者尚有數百人。朱方旦信誓旦旦雲自己不日將回，眾人將信將疑。朱方旦到京後刑部議以妖術惑人罪擬斬首，押入大牢。恰巧當時正是康熙帝祖母太皇太后博爾濟吉特六十壽辰，朝延頒布大赦恩詔。由於朱方旦並無煽動叛逆誹謗當朝的言行，朱方旦理所應當在赦免之列。據王應奎《柳南隨筆》記載，朱方旦被釋後，還受到康熙帝的召見，因“言事皆奇驗”，康熙命他住在內城，待之如上賓。更奇的是，時北京城裕親王福全妃難產，福全求朱方旦診治。不料，朱卻攜福全之手走進另一殿堂靜坐，用“意念”發功助王妃安全分娩。再次轟動了京師。
人物事件
朱方旦返回湖廣後不久，吳三桂於康熙十二年在雲南反叛，康熙帝恐其被吳三桂羅致而去，對朝延不利；於是驛召他進京詢問時局發展，朱答以“再等二三年，情形定有變化。我受本朝的大恩，決不敢背負。”獲康熙更加禮遇。當時原湖廣巡撫董國興解任在京，見朱方旦受如此寵待，害怕他會借前嫌報復，竟憂鬱成疾。朱方旦聞訊去探望，並用無根水一杯，以朱筆在水面上畫符，董國興一服後即全愈。
朱方旦聲名大噪的同時，一些地方大員也對他也頂禮膜拜，奉若神明。如康熙十三年，進討吳三桂叛軍的寧南靖寇大將軍順承郡王勒爾錦由於指揮失誤，退守荊州之機，就常找朱方旦問卜戰機，猜測局勢發展趨向，並贈其“聖人里”、“聖人堂”匾額。巡撫張朝珍也認為“朱方旦果一奇異神人”，贈給“聖教帝師”匾額。“超男”朱方旦到達事業輝煌的頂峰。康熙帝聞聽此事，十分可笑惱怒，當即諭旨：“軍機大事，萬不可聽其蠱惑”。及時制止了這股熱衷崇拜朱方旦的浪潮。
事後，朱方旦退避而漫遊，從湖廣到江浙，沿途接受信徒們的朝拜，好不威風。但他考慮到演講的能力畢竟有限，而“著書則可以垂之後世，傳之海內”。於是，此後幾年，朱方旦埋首著書立說，先後寫出了《中補說》與《中質秘書》兩部書，並加以刊刻廣為傳布，公然向當時的傳統觀點——理學提出挑戰。朱方旦從運氣坐功的實踐中，提出意念、思想、記憶藏在人的腦子裡，並從那裡釋放出來的觀點，引起了朝廷大臣的關注，如明史纂修官汪懋麟、大學士熊賜履、侍讀學士王鴻緒等，他們認為東漢的張角、元代的劉福通，便是利用為人治病發展信徒，直至聚眾造反的，由此推斷朱方旦是“陽托修煉之名，陰挾欺世之術”，“搖惑民心”，對此決不可放任自流。
朱方旦下獄，對他奉若神明的勒爾錦十分著急。他愛惜朱方旦的本事，極力向康熙帝進言，以求有所赦免。勒爾錦越是求，康熙帝越是怒。一想到這個滿洲大將與近支宗室都被朱方旦洗了腦，康熙帝殺機更深。他索性革除勒爾錦的官職，又下令加快查辦進度。其實康熙帝最初並沒把朱方旦所謂能預知未來一事放在心上，但隨著朱方旦及其信徒的甚囂塵上，尤其是發生過順承郡王勒爾錦事件，康熙帝早就對朱方旦反感不滿了，於是，康熙帝決定解決朱方旦的問題。
七月初九日，康熙帝問幾個滿漢大學士：“你們覺得如何處置朱方旦呀？”明珠、李蔚等人紛紛說：“朱方旦悖逆招搖之事，都是事實”。康熙帝說：“王鴻緒所奏很對。我素知朱方旦這個人，完全是欺世盜名，蠱惑愚民，應該重加懲治”。明珠又補充說：“應該下令凡是收藏朱方旦書籍的人，也要嚴懲不貸。”康熙帝又嘆息地方官和御史們沒有進行舉報，憤怒之情，見於言表。同時給朱方旦一案定下基調：朱方旦當流放“外東北”的寧古塔，君臣幾人就處置朱方旦這個異端達成了初步一致。
康熙二十一年二月十六日，九卿詹事科道等議復：經湖廣巡撫王新命審實具題，朱方旦應立斬，顧齊弘、陸光旭、瞿風彩甘稱弟子，造刻邪書，傳播中外，俱應斬監候。康熙於是下旨將朱方旦嚴拿追究。結果朱方旦被斬，弟子陸光旭、翟鳳彩、顧齊宏亦被判為斬監秋後處決，並將其著作盡行銷毀。
以言定罪
要了性命的是朱方旦居然寫了大量文章，指摘朱程理學的荒謬與迂腐。而朱程理學是清朝科舉考試解釋“四書五經”的權威！這樣的“妖言怪論”一出，聞者莫不驚訝。大儒們，文官們，議論紛紛，又驚恐又氣憤。因為涉及到士大夫的高官俸祿賴以保持的精神支柱，立即遭到他們的圍攻。
朱方旦冒天下之大不韙，創立新說，膽敢藐視孔孟，詆斥理學，在統治階級的統治思想這個太歲頭上動土，處於封建專制禁錮思想這樣的國家，即便是康熙帝那樣的開明君主，也是絕對不準許的。
康熙二十年（1681）七月，時任翰林院編修的王鴻緒，看到朱方旦的反儒書籍後，第一個跳起來參劾朱方旦，認定朱方旦犯有“誣罔君上，悖逆聖道，搖惑民心”三大罪行。為了維護自己的信仰，安定人心，懇求皇帝將朱方旦及同黨繩之以法。似乎抓了朱方旦，思想就純淨了，天下就太平了。
同族的知識分子仇視到這種地步，夠讓人齒寒心痛。
在康熙帝眼裡，朱方旦是一個讓人不怎么放心的漢族怪才，他能預知事情，能召喚大量信徒，還曾插手軍隊，實在是聰明得可怕。接到奏摺，康熙帝高度重視，馬上下令嚴查。現在早不是三藩之亂的時候了，毋須隱忍，毋須收買人心。但他也不想背一個殺讀書人的罪名，於是問諸大臣，有沒有罪名可以強加？
這位造詣有素的氣功大師、哲學大師，竟倒在以康熙帝為首的衛道者屠刀之下。
哲學思想
朱光旦寫道：“古號為聖賢者，安知中道?中道在我山根之上，兩眉之間。”所謂“中道”，指的是人的意念、記憶，也就是現在我們所說的意識；頭腦是人體思維最重要的部分，稱為山根，亦即思維中樞。他認為：“中道在山根之上，兩眉之間。”就是說意識是在腦子裡面的，意念存在於腦。這是朱方旦在多年的行醫實踐中悟出來的一個樸素的科學結論。
“ 腦”才是思維中樞，而不是傳統醫學認定的“心”！此說一出，聞者無不驚訝，社會為之震動。儒生、官吏們，議論紛紛，大張撻伐；醫學界也是人云亦云，莫衷一是。“心之官則思，思則得之，不思則不得也。”（《孟子·告子》）自古以來，人們都認為心是人的思維器官，所以把思維器官、思想感情等都歸結於心及心的功能。“頭腦是思維中樞”之論，豈不是與祖宗之法、天朝之制、傳統之訓背道而馳？否定“心之官”即心的功能，豈非妖言怪論、異端邪說、大逆不道？
