本間氏的出自相模國海老名氏的一族，一般被認為發源於村上源氏。源有兼將小野盛兼之子季兼作為養子，到孫子義忠（能忠）時改稱本間氏。但此說有相模守故意結交有兼而為其出身潤色的嫌疑，本間氏應當出身於當初的屬於武藏七黨的橫山黨的武藏小野鄉。能忠之子忠家是遠州系本間氏的祖先，能久是佐渡本間氏的祖先，能久也是初代的佐渡守護代，之後島內一族勢力越來越大，成為島內最大的武士團，嫡流是雜太本間家。
本間氏與佐渡直接有關係是利用了“承久之變”的契機。承久之變的結果，佐渡脫離了幕府的支配，大�北條氏成為佐渡守護，本間氏作為大�氏的被官，以佐渡守護代的身份渡海前往佐渡，同時的御家人還有涉谷氏、藍原氏。
佐渡本間氏
本間氏在佐渡安定下來的時期，約為文永、弘安年間“蒙古之役”結束之後。本間氏正式支配佐渡，在島內各地配置了一族的庶子作為代官，分為石田鄉、波多鄉、羽茂鄉、久知鄉、木野浦鄉、大浦鄉。這些庶子家在鎌倉幕府滅亡時趁著後來的南北朝的亂期，與物領家對抗，從代官地獨立，並從足利幕府得到了安堵狀，成為了鄉地頭。
之後從南北朝以來，庶家的獨立化愈演愈烈，大永4年（1524），羽茂本間氏攻擊物領家以來，一族間的抗爭正式化了。本間氏的物領家以雜太城為本處，並在佐渡各地建立了分家，當時的在戰國時代的中心勢力主要氏羽茂本間氏和河原田本間氏兩氏。後來這兩氏紛紛從雜太的物領家獨立出來，與本家交戰，脫離了物領家的支配。羽茂氏於大永年間、河原田氏於天文初期分別於物領家發起合戰。結果物領家逐漸滅亡，之後幾乎沒有見到有什麼活動。
之後發展起來的羽茂氏與河原田氏之間又發生交戰。但不久由於越後上杉謙信的存在，佐渡歸於上杉氏的統治，進入比較安定的局面。之後等到謙信病故，越後一片混亂，兩氏又開始爭鬥。上杉氏的後繼者景勝派遣了要求兩氏停戰的使者，使兩氏再次停戰。天正十七年（1589）景勝佐渡出陣，短期內將佐渡歸於自己的支配下，本間氏就此滅亡，逃亡的一族遷到能登半島居住。
當時，瀉上地頭本間秀高（歸本齋）在上杉景勝的佐渡攻略之時，與澤根地頭本間永州一起加入越後方，作為先鋒與佐渡勢作戰。戰後因功與澤根永州一起被封賞到越府移居，將本間姓改為瀉上姓，出仕景勝。歸本齋的本間氏，開始以“葉梨”為姓。佐渡本間氏的一族，勢力則進入了鄉村，在戰國時期依靠開採領內的瀉上銀山，接連上杉氏，成為二十二地頭之一。
歸本齋後來回到了故鄉佐渡瀉上，卒。歸本齋之子彌太郎跟隨景勝移封會津，移往米澤郡，子孫代代保有500石知行。
另外，室町中期的家紋收錄集《見聞諸家紋》收有本間氏的家紋是“十二目結”據考這應當是從屬於今川氏的遠江本間氏的家紋
本城
�太城（�領家）：佐渡市竹田。別名「檀風城」。
河原田城（河原田家）：佐渡市石田。別名「獅子ヶ城」。新��立佐渡高等學校が跡地に立つ。
羽茂城（羽茂家）：佐渡市羽茂本�。�史跡
歷代當主
1.本間能久
2.本間忠綱
3.本間宗忠
4.本間泰定
5.本間�直
6.本間泰宣
7.本間有直
8.本間直冬
9.本間有重
10.本間重直
11.本間泰重
12.本間泰直
13.本間泰時
14.本間有泰
15.本間泰高
16.本間憲泰
17.本間一季
18.本間大吉
19.本間蕃義
20.本間氏重
羽茂本間家
1.羽茂高季
2.羽茂高信（長尾為景的侄婿）
3.羽茂高貞
4.羽茂高�
