清乾隆《威遠縣誌》記載:“木瓜寺,縣東四十里,橫山之巔,肇造大宋通寶中,明宣德三年(1428)建,萬曆年間重修,舊名華嚴寺,又名太子殿,有文昌宮、五皇殿、仙峰庵、孔雀殿諸處,有古大鐘壹口,其文曰:開山俱戒僧廣文,備銀十二兩,買到富邑民施姓人等名下陸地一所,契上四至垣羅,行采明白,建立廟堂,應當威邑初一、十五焚獻,不得兩縣混爭,永遠為記,大明萬曆十三年(1585)吉造,四川上南道嘉定府威遠隆會鄉華嚴寺貽下仙峰寺住持僧廣文記”。從縣誌記載看,一是木瓜寺為宋時古剎,明初重建,明末重修,僅從明初重建起算,距今已580年,歷史悠久。二是木瓜寺是一座以道教為主、儒道釋三教歸真寺廟。在橫山上,三教共一山。縣誌記錄了明末重修木瓜寺仙峰庵佛教殿堂的情景。今木瓜寺尚存殿堂一處,古神(佛)像三尊,其中道教神像兩尊,被今人尊為財神和藥王供奉。今人所見木瓜寺,雖其貌不揚,但寺內神台石雕精美,兩尊古神像中,一尊身著朝服,端坐虎背,祥雲相伴,殘留泥塑祥雲中一隻四爪龍腿存留,透露出古神像身份高貴。
木瓜寺的傳說——乾隆末年,有一位遊方僧“慧仁”在此取石磊屋,建造了一座寺廟,並在寺廟周圍種植木瓜,除了自食,還贈與鄉民充飢,鄉民稱他的寺廟為“木瓜寺”。