分子模擬在一定的系綜下進行,所以要保持系統狀態不變,比如控制系統溫度,壓強等。由於計算機不是百分百精準,微小的誤差在長時間的模擬過程中可能被不停積累和放大,於是需要不同的方法對系統進行不停調整。這些調整的方法有很多,比如 Berendersen, Nose-hoover, Langevin。
模擬系統中的原子受到起周圍原子相互作用力,依據所受作用力根據牛頓第二定律運動。朗之萬動力學的實現方法是給原子添加兩個額外的作用力,即摩擦力和隨機力。該摩擦力大小為原子速度乘於其質量再乘於一個摩擦因子(gamma),其方向與原子速度相反。而隨即力可以理解為來自溶液分子的隨機相互作用等。這個兩個力一起調節系統中各個原子的運動,以達到對整個系統能量的調控,即調控系統溫度,壓強等。
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