系統套用部門負責軟體的日常套用，這兩個不相容的職務之間應當分離，以保證系統內不相容職責的相互分離以及信息處理部門與企業其他業務部門的相互獨立，以有效減少有可能發生的錯誤和舞弊。在電算化會計信息系統中實施內部控制，需要重新設計各崗位的職責許可權及相應的內部牽制制度，做到各司其職，相互牽制。因此，電算化組織控制的重點應當是系統操作組和系統維護組內部的崗位分工控制及系統開發維護人員的控制。
手工會計信息系統中其崗位一般設會計主管、出納、稽核、會計核算各崗等基本會計工作崗位。實行電算化後，會計工作崗位可分為基本會計崗位和電算化會計崗位，基本會計崗位保持與原手工系統中設定不變。電算化崗位一般可分為系統管理員、系統操作員、憑證審核員、系統維護員、會計檔案資料保管員等。這些崗位除了特殊行業和單位一般無須另外配備專門人員，可以由基本會計崗位的會計人員來兼任。如系統管理員可以由會計主管兼任，系統操作員可以由除了出納崗位以外的其他各崗位會計人員兼任等。但必須明確，系統管理員、操作員、審核員及維護人員的職權是不相容的，必須分工明確，不得兼任，同時，各崗位人員要保持相對穩定。專職系統操作員只能使用經編譯並加密的程式，不能再接觸系統設計檔案、程式流程圖及源程式清單，不能兼任會計及審核工作；系統軟硬體維護人員不能擔任系統操作和會計工作，但可以兼任系統開發工作；會計軟體維護必須經過批准並在監督下執行。
2.電算化會計信息系統的運行控制
運行控制是為了使電算化會計信息系統能適應會計處理的特殊要求而建立的各種能防止、檢測及更正錯誤和處置舞弊行為的控制制度和措施。運行控制不同於一般控制，它是為保證整個系統的安全、可靠地運行而建立的控制制度和措施；運行控制是針對某個具體套用子系統的控制，依子系統或套用項目和具體數據處理方式的不同而不同。但是，任何運行控制系統，不管其套用領域、數據處理的方式是多么不同，運行控制按其特性都可劃分為輸入控制、處理控制和輸出控制3種類型，其目的是確保會計數據的安全、完整和有效。
輸入控制的主要目的是保證輸入數據的合法性、完整性和準確性，如二次輸入校驗、平衡校驗、總數校驗等。數據輸入前，主要控制方法包括憑證格式和內容的控制、有關責任人的簽章控制、控制修改的控制以及憑證審核的控制等，其控制方法視系統的處理方式而有所不同。在批量數據輸入時，其主要控制方法包括審核輸入前後的數據、編號順序檢驗、邏輯關係檢查、數據界限檢查、關鍵字核對以及錯誤更正等。在在線上實時處理系統中，輸入控制除了採取上述方法外，還包括設立參照檔案和後批量控制等。
處理控制的主要目的是保證數據計算的準確性和數據傳遞的合法性、完整性和一致性，主要是對業務處理程式、方法進行控制，包括軟體控制和硬體控制。軟體控制是審查軟體對數據的計算等處理是否正確，是套用控制的關鍵。主要的控制方法有程式審核、數據有效性測試、數據完整性測試、短點技術控制和設定處理上機日誌等。硬體控制是通過計算機硬體系統本身控制數據的準確性、完整性，一般由計算機硬體製造商進行設定。
輸出控制是對系統的輸出結果進行控制，其主要目的是保證輸出數據的準確性，輸出內容的及時性和適用性，如用已結賬數據列印賬簿應給予必要的標識等。常用方法為檢查輸出數據是否準確、合法、完整；輸出是否及時，能否及時反映最新的信息；輸出格式是否滿足實際工作的需要；數據的表示方式等是否符合工作人員的習慣。
3.電算化會計信息系統的系統開發過程控制
系統開發控制是為了防止系統在開發過程中可能出現錯誤和偏差以保證系統的內部控制和審查線索，使系統設計合理、正確。系統開發控制分為系統開發階段的控制和系統設計階段的控制。系統開發控制是針對進行會計軟體開發的單位實施的控制，在系統準備、分析、設計、實施以及系統正式投入運行後，對系統進行有效維護等所應制定的控制制度和措施。只有搞好電算化會計信息系統的開發與維護控制，才能保證開發出來的或維護的系統能合規、合法，滿足用戶的要求，才能及時發現和修正錯誤及防止舞弊行為、保證會計信息的準確完整。對於直接購買商品化會計軟體實現會計電算化的企業而言，制定內部控制制度時則可以不予考慮。
