中心擁有“水生生物學國家重點學科”、“211”重點建設項目“水域生態學與藻類生物資源”和廣東省教育廳“水體富營養化與赤潮防治”重點實驗室等三個重要研究平台。中心現有三個主要研究方向:藻類分類學和水環境生態學、藻毒素和環境毒理學、水生生物生理生態學。
赤潮是本中心的研究特色,自水生生物研究所前任所長、著名赤潮專家齊雨藻教授開創赤潮研究以來,本中心的赤潮研究一直是我校的優勢和特色研究方向。中心先後主持和承擔了一大批國家級重要科技項目的研究工作,包括國家自然科學基金重大項目兩項、重點項目兩項和面上項目多項,主持國家科技部“973”赤潮項目3個課題,主持和參加多項國家科技部“863”項目和國家海洋“908”專項項目。目前本中心教師共主持和參加各類科研項目14項,科研經費總計1780.5萬。