寺院沿革
開山祖師仁光，清末浙江麗水人。五十四歲時至普陀山，祝髮苦行於飛沙岙東上的獅子洞，飢食野菜，渴飲岩泉。後移住西側一海蝕洞穴，自號“古佛”。光緒三十三年(1907年)十二月二十四日，(仁光)預知將寂，趺坐缸中，命徒封閉，三年後再啟，言訖而寂，世壽九十有六。越三年，其徒啟而視之，肉身不壞，栩栩如生，乃塗以金漆，奉於洞中，洞遂名曰“古佛洞”，一時傳為山中奇談。
民國七年，仁光徒開明築庵於洞上，歷數年，古佛漸為人知，於是庵中香火大熾，相鄰之金沙、寶稱、寶月諸庵皆不及。仁光舊居獅子洞，則築成僧人焚修之茅棚，又置田蘆花趙家岙，以其租息充公堂祭祀。
庵所處飛沙岙，明抗倭時期曾駐兵之地，有“島中沙漠”之稱，故歷來有商船采沙此間。1956年，普陀縣礦沙公司進駐古佛洞，僧人被迫離去。1958年，成立普陀縣建築材料公司礦沙站，1961年，飛沙岙北側的金沙庵被拆除，全山三個農業隊在飛沙岙采沙運沙近三十年，以致飛沙岙從此名存實亡。
而古佛洞那賴以為榮的肉身菩薩，也在文革時期被投入海中，實讓人扼腕痛惜。1986年礦沙管理站撤銷後，古佛洞庵又被轉手為自來水廠用房，直至2005年，由佛協收回重建，古佛洞外，始復舊日梵音。
肉身傳說
話說仁光有兩個徒弟：慧性、慧明。慧性乖巧，喜歡搞小聰明;慧明老實，全無心機。師兄弟同拾菜葉，慧明自然揀好的拾，而慧性卻故意挑黃葉子煮來吃，以示修行之誠。即是如此，仁光猶一視同仁，並無親疏之分。
仁光圓寂後，慧性、慧明辦完後事，慧性便四下尋找師父留下的值錢東西，翻來翻去，只找到裝著紅白兩粒米和一顆穀子的葫蘆，又氣又惱，將葫蘆扔到了地上。慧明見狀，連忙將米和穀子再放入葫蘆，並將葫蘆安放在供桌上。
三年後，遵照先師所囑，兩人打開荷花缸，但見師父遺體完好如初，神態也和入缸之前一模一樣。
肉身不腐的事馬上就在外面傳開了，本來清冷的小山岙一下子吸引了很多慕名而來的香客。其中有兩個上海老闆，見到了這尊肉佛，用五百大洋，收買了慧性，偷走了肉佛。
次日一早，慧明起床，不見了師父的肉身和師兄，一時六神無主，只好在佛座前暗自流淚。
一天，有位姓王的香客來到了古佛洞，看到了供桌上的葫蘆，及葫蘆里的三顆糧食，大喜地喊道：“找到了，找到了! ”慧明不解，問其緣由。原來當年仁光師托缽化緣，曾路過他們家。剛好他家小孩生病，師父會醫術，治好了小孩的病，王家夫婦千恩萬謝，欲報答仁光師。仁光師卻只在糧倉里取了紅米白米和穀子各一，便飄然而去，只遠遠說了聲：我乃南海普陀仁光師。
十年後，王家小孩已長大，王家夫婦一直對仁光師心存感激，於是特意來普陀山打聽仁光師的住處，找到了古佛洞。
當他聽說肉身被盜，王姓香客惋惜之餘，一拍膝蓋：“我前兩天路過上海，聽說某處在展覽肉身菩薩，看來就是了。師父對我有恩，我定當盡全力將他的肉身迎奉回山。”於是王姓香客趕忙奔赴上海，呼籲社會各界，得到了佛教界人士的同情和幫助。很快，仁光師的肉身被護送回了普陀山古佛洞，香火又盛於往日。
姚民哀碑記
關於上述一則民間故事裡，那兩個上海老闆，原型就在姚民哀的《重修古佛洞禪院碑》。
姚民哀(1893—1938年)，名朕，號民哀，江蘇常熟人。民國時期著名評彈藝人，也是上海文壇鴛鴦蝴蝶派的重要作家，舊派武俠前五家之一，幫會武俠之祖。1938年，因曾出任偽常熟軍秘書而被槍決。
據其所撰碑文記載，民國九年八月，上海新世界遊戲場主理陸錫侯、張石川偕游普陀山。一路遊玩，來到了古佛洞，但見殿宇破敗，香火寥落，又得知古佛洞肉身菩薩之掌故，慨然有襄助之意。於是經開明同意，將這尊肉身請到了上海新世界，暫作供奉，以待社會捐資，四月之間，共募得三千餘洋，由史致廣、董生記帶著善款，奉佛回山。史董二人受陸張之命，監工修造，使古佛洞庵煥然一新。
該碑原植於古佛洞前，後被農民推倒，抬到已作民舍的寶月庵，變成了鋪地的石板，現在已散佚。
