主要職責
（一）貫徹執行黨和國家有關農、林、牧、漁業（以下簡稱主管產業）發展、農村改革與建設、海洋開發和管理的方針、政策、法律、法規和規章，調查、研究、制定主管產業、農村經濟發展戰略和規劃，研究擬訂有關涉農政策，並組織檢查、監督實施。
（二）負責本市農民勞模的初選項上報和農民勞模的管理服務工作；負責了解、掌握、反映主管產業和農村經濟運行情況，開展“三農”（農業、農村、農民）重大問題的調查研究，及時總結推廣宣傳農業和農村經濟發展中的典型經驗。
（三）研究提出深化農村經濟體制改革、創新農村工作機制的實施意見和方針政策，指導農村集體經濟組織、專業合作經濟組織的建設；負責對農村經濟發展情況的調查和統計分析；負責了解、掌握村集體經濟組織對徵用農民集體所有土地補償費的分配、使用和管理情況，了解村集體財務是否實行民主理財、財務公開；指導農村集體經濟組織財務核算與資產管理；負責農村財務審計和農民負擔監督管理工作；指導、監督農村土地承包契約管理和耕地使用權流轉；承擔農村勞動力轉移管理工作；開展農村改舊建新和扶持相對薄弱村、不適應村和欠發達村整頓轉化工作。
（四）負責我市農業現代化、產業化、基地建設規劃的編制實施和組織管理，引導發展農業產業化經營，建立完善農業社會化服務體系和農產品市場體系，組織主管行業信息系統建設，促進農業產前、產中、產後一體化；負責我市農業專項資金計畫安排和監督管理；引導主管產業結構的合理調整，資源的合理配置和產品品質的改善；承擔主管產業開發項目的立項、審查、上報；指導、檢查、監督農業區域開發工作。
（五）貫徹實施生態資源環境可持續發展戰略，組織農業資源區劃、生態農業和農業可持續發展工作；依法負責農業、海洋、森林、濕地和野生動植物類型自然保護區監督管理工作；負責農田改造保護、漁業水域生態環境保護和林業生態環境建設工作。
（六）貫徹、擬訂主管產業科技、教育、技術推廣的有關政策和發展規劃；組織農科教結合協調工作；組織實施綠色證書工程，開展農民培訓、職業教育、農業職業技能鑑定工作；組織重大科研課題的技術攻關和項目的篩選及推廣示範，負責主管產業新品種、新產品、新技術的引進、試驗、示範和推廣。
（七）組織實施依法治農、依法治林、依法治漁，深入開展涉農專業行政執法工作，規範農業生產、流通、市場各環節行為；貫徹主管產業的國家、行業和地方標準，組織制定、監督實施本部門主管行業的各種技術標準；負責指導我市無公害農產品、綠色食品、有機食品的認證及開發工作；負責全市獸醫衛生、獸藥藥政、農藥、漁藥、肥料、種子、種苗、飼料、飼料添加劑等管理監督；主管全市動植物、森林植物及其產品對內防疫、檢疫工作，組織疫情監控和疫病撲滅。
（八）組織實施我市海洋功能區劃、海域利用規劃、海洋產業發展規劃；監督管理國家授權的海域使用和海洋自然資源，貫徹實施海域使用證許可證制度和海域有償使用制度，承辦海域勘界工作及相關事宜；負責海洋環境保護的監督管理；參與審核新建、改建、擴建海岸工程項目環境影響報告書；核准新建、改建、擴建海洋工程項目環境影響報告書；依法實施水產養殖、漁港經營許可和海洋監察、漁船檢驗、漁政漁港監督管理工作，督導漁業安全生產；負責處理海洋涉外事務，維護國家海洋權益；承擔海洋開發管理工作。
（九）負責全市林產行業監督管理，組織實施國土綠化、植樹造林、封山育林和治沙治灘工作，承擔全市森林資源的經營管理、調查規劃、動態監測、設計統計、評估鑑定、開發利用、保護更新、審查審核和審批監督；依法實施憑證採伐（狩獵）、運輸、經營加工木竹及陸生野生動植物；負責林地、林木權屬管理，徵用、占用林地初審和林地開發利用監督，指導全市林業經濟體制改革；依法負責生物資源的保護管理及野生動物、珍稀動、植物的保護；負責全市森林公安隊伍建設，維護林區社會治安秩序，監管林業安全生產工作。
（十）承擔農業機械化管理工作，負責名特優新農業機械、機具的引進套用和普及推廣，編制實施農機作業規範和技術標準；組織實施拖拉機、收割機、農用運輸車等農業機械的安全監理、產品質量檢驗、鑑定和認證管理，以及農機作業人員的培訓、考核及其證照核發、年檢（審）工作；負責全市農機化服務體系建設的管理和指導，監管農機維修和零配件銷售網點。
（十一）負責涉外涉台農業科技交流與合作，推動外向型農業發展；組織、指導主管產業展覽活動；指導有關學會和協會工作。
（十二）承辦市委、市政府交辦的其它事項。
內設機構
晉江市農業局設定5個內設機構和1個直屬機構。
1、辦公室
協助局領導處理日常工作；協調機關政務工作；負責文秘、文電、印章、檔案、保密、信訪、接待、車輛安排、會議組織、環境衛生、安全保衛等機關行政和後勤事務管理；負責政務信息、新聞宣傳工作；組織起草有關年度工作計畫、工作總結；組織制訂機關內部規章制度並監督實施；協助局領導管理局機關及下屬事業單位的機構編制、人事管理、勞動工資、計畫生育、雙擁工作；負責行業職稱改革工作和幹部職工繼續教育工作，協調有關部門評審初、中級專業技術職稱；參與年度評先評優推薦、評審；負責離退休人員和農民勞動模範的服務管理工作；負責局機關和直屬事業單位的財務管理工作，建立健全農業、林業、漁業發展基金，負責全市支農專項資金（不含水利建設）的計畫安排和發放回收；監督局管各項資金的使用；負責局管各項行政事業性收費和行政罰沒收入的收支兩條線管理工作；負責國有資產的管理和監督。
2、農村科
宣傳、貫徹黨和國家關於農村發展、改革與建設工作的方針、政策、法律、法規和規章；研究提出深化農村經濟體制改革的實施意見和方針政策，研究制定並組織實施全市農村經濟發展規劃；指導農村產業結構調整、農村集體經濟組織、專業合作經濟組織的建設；調研並反映我市農村經濟和社會發展的新情況、新問題，及時了解和反饋全市農村經濟工作和農村改革發展動態，蒐集整理各個時期農村工作的典型材料和資料；組織起草有關農村工作綜合性文稿，研究擬訂相關扶持政策檔案；指導、檢查、督促、推動各鎮（街道）開展寬裕型文明村創建活動；承擔農村改舊建新和扶持相對薄弱村、不適應村整頓轉化工作；組織農業防災、抗災、查災和救災工作。
3、產業發展科
組織制定並監督實施主管產業中、長期發展規劃和年度計畫；負責主管產業綜合性文稿的組織起草，研究擬訂扶農政策性檔案並組織實施；負責抓好農業現代化、產業化、基地建設工作，承擔主管行業產業化龍頭企業、現代化示範園區、農業示範基地的規劃建設和組織管理；擬定農業社會化服務體系和農產品市場體系建設規劃並指導實施；負責產管產業開發項目的立項審查和檢查監督，指導主管產業結構的合理調整，資源的合理配置和產品品質的改善；組織制定並監督實施主管產業各種技術標準，牽頭組織我市無公害農產品、綠色食品、有機食品的認證及開發工作；負責主管產業涉台涉外事務；組織主管產業的展覽展洽活動。
4、法制科
宣傳貫徹主管行業法律、法規和規章；負責主管行業政策法規的諮詢和行政複議工作；規範主管行業行政許可設定，監督行政管理行為；負責森林採伐限額、森林資源、林地、林木權屬行政管理工作，承擔木竹生產、木片生產、林產化工、木竹漿造紙行業管理；組織實施水產養殖、經營性育苗、漁港經營、漁業捕撈和限額捕撈制度，依法徵收漁業資源增殖費用；承辦進駐行政審批中心事項，承辦種子、種苗、肥藥、獸藥、飼料添加劑、種畜禽、三級食用菌種生產經營，動植物產品檢疫防疫、農業農場建設、農業機械及其配件經營、維修、農機操作人員年檢審；承辦征占用林地、瀕危物種，野生動植物進出口，木竹生產、採伐、運輸、經營、加工，水產養殖（苗種繁育），漁業捕撈，漁港經營等主管產業行政許可事項和現場勘查工作，核准、核發相關生產經營許可、登記、合格、資格、營運證件。
5、海洋管理科
監督實施全市海洋功能區劃並定期組織修編；組織實施海域勘界有關事宜，監督管理海域使用；組織實施海域使用權登記制度和海域有償使用制度，指導海域使用權的流轉工作，依法徵收海域使用金；制訂海洋環境保護與整治規劃、規範，組織海洋環境調查、監測、監視和評價；監測監視海洋生態環境污染損害情況，監督實施污染物排海標準和污染物排海總量控制制度；組織監視海洋設施建造、海底工程和其他開發活動，管理海底電纜、管道的鋪設，參與審核海上人工構造物的設定；參與審核新建、改造、擴建海岸工程項目環境影響報告書；核准新建、改建、擴建海洋工程項目環境影響報告書；組織規劃並監督管理海洋自然保護區和海洋特別保護區，管理海洋自然資源；組織建立海洋綜合管理決策信息系統，組織海洋基礎與綜合調查，管理國家海洋基礎數據；負責海洋防災減災工作，管理海洋觀測監測、災害預報警報、綜合信息等公益服務系統。
直屬機構
農業行政執法大隊（加掛中國海監晉江大隊、中國漁政晉江市大隊、中華人民共和國晉江漁港監督、中華人民共和國晉江漁業船舶檢驗站牌子）
貫徹執行主管行業法律、法規和規章；承擔全市轄區內農業、林業、漁業專業行政執法工作，依法負責許可權內違法案件的處理；承辦農田林地保護、森林資源管理、野生動植物保護、海洋監察、漁政漁港監督、漁業水域污染、漁業通訊導航、獸醫醫政、獸藥藥政監督、種畜禽生產等專業執法監督；負責全市種子、肥料、農藥、苗木、飼料、飼料添加劑、獸藥、漁藥等農業投入品的質量監督和市場監管；監督管理木材經營市場、漁機經營、海洋制碘行業；按許可權處理山林糾紛；完成許可權內的其它的農業執法事項。
下屬單位
根據《中共晉江市委機構編制委員會關於印發〈晉江市農業局所屬事業單位改革方案〉的通知》
（晉委編[2008]14號）檔案精神，設定14個事業單位，機構設定和職能如下：
農業區劃委員會辦公室
宣傳貫徹執行國家有關農業資源區劃的方針政策與法律法規；開展農業資源調查監測、綜合評價工作，擬訂實施農業資源開發利用可持續發展影響評價制度；組織或參與擬訂各類農業區劃、農業區域開發利用保護規劃和布局規劃，開展農業農村發展戰略研究和規劃設計服務；開展農業資源持續高效循環利用示範工作，推廣農業資源可持續利用技術；指導農業區域開發管理工作，協調農業各產業間結構調整和綜合平衡工作；負責晉江市農業區劃委員會的日常工作。
農業機械管理站
宣傳貫徹執行國家有關農業機械化的方針政策與法律法規；負責農業機械化促進工作；擬訂實施全市農業機械化的發展戰略和中長期規劃等；負責農機化項目與計畫的編報並組織實施，參與制定有關發展農機化的財政補貼政策；負責農機化新技術、新機具的試驗、示範、推廣，組織農機行業職業技術培訓考核工作；指導全市農機化服務體系建設，負責農業機械維修、配件經營以及農機服務市場的監督管理工作；承辦拖拉機登記申請受理、拖拉機檢驗及駕駛證管理等工作，負責拖拉機駕駛培訓機構監管工作；負責辦理聯合收割機及駕駛員牌照證照核發及安全監理業務等工作。
畜牧站（加掛農村能源服務站牌子）
宣傳貫徹執行《畜牧法》及相關配套法規；制定實施畜牧業中長期發展規劃和技術推廣計畫；負責畜牧業科研項目的技術攻關和示範推廣，承辦畜牧業開發項目推薦申報和組織實施；實施畜牧業結構調整，指導畜牧業標準化生產；承擔畜禽品種資源保護、開發利用的技術指導；指導種畜禽的繁育生產，組織畜禽、牧草等優良品種、畜牧獸醫新技術、新成果的引進、試驗、示範和推廣；開展技術指導服務工作，組織開展畜禽場的糞污處理和廢棄物無害化處理與綜合利用；制定農村沼氣綜合開發利用規劃，組織實施農村可再生能源建設，負責沼氣能源安全生產管理工作；協助指導畜牧獸醫學會、行業協會、研究會的工作。
農村合作經濟經營管理站 （加掛農村合作經濟審計站牌子）
負責指導農村集體經濟組織、農民專業合作經濟組織、農村經營管理服務體系建設；負責對農村經濟發展情況的調查和統計分析，指導農村集體經濟組織財務核算與資產管理；負責檢查督促村集體經濟組織對徵用農民集體所有土地補償費的分配、使用和管理；指導村集體財務公開、民主理財工作；負責農村財務審計工作；負責農村土地承包契約管理，指導耕地使用權流轉，調解仲裁農村土地承包契約糾紛案件；指導農村合作基金會遺留債權清收清償工作；承擔全市農民負擔日常監督管理職能。
種子管理站
宣傳貫徹執行國家有關種子工作的方針政策與法律法規，制定實施種子行業發展規劃；負責農作物良種的調查與引進，組織農作物新品種的區域試驗、示範與推廣套用；承擔農作物種子質量監督檢查工作；協助做好種子行政許可、行政處罰、市場管理等工作；做好種子行業指導和信息服務；承擔國家救災備荒良種儲備管理工作。
種植業技術服務中心
宣傳貫徹執行《農業法》、《農業技術推廣法》等相關法律法規，擬訂實施全市農業科技推廣、糧經作物生產發展規劃和技術改造計畫；承擔農業重大科研項目的技術攻關和示範推廣，負責先進農業科技項目的推薦申報和組織實施；負責全市糧經作物先進栽培技術及增產增效新技術、新肥料的引進示範和普及推廣，開展土壤監測、耕地地力調查及分析評價；指導糧經作物標準化生產工作，引導農業產業結構調整；完善農業科技服務體系，落實科技興農措施，積極推進各種形式的技術承包和有償服務；建立健全農技推廣網路，指導各鎮（街道）農業技術推廣業務工作；承辦苗情、肥料等有關糧經作物生產科技信息的收集和傳遞；承擔全市改造低產果園、建設標準果園工作；負責全市糧經作物行業安全生產工作；指導全市基本農田建設項目的規劃和實施；協助指導全市有關糧經作物行業協會、學會、研究會的工作。
林業技術服務中心
宣傳貫徹執行國家有關造林工作的方針政策與法律法規；擬訂實施全市造林綠化發展戰略、中長期規劃和計畫；負責全市植樹造林、封山育林、天然林保護、治理青山掛白、沿海防護林等林業工程建設的業務指導及組織實施工作；指導林業標準化生產工作；負責林業生產信息收集和傳遞工作；負責林業科技項目的推薦申報和組織實施；負責全市林木種子採集、檢查、質量檢測，苗木、花卉的培育、貯備及引進、調劑工作；承擔林木、花卉新品種、育苗新技術科研試驗推廣；負責綠色通道及城鄉綠化一體化建設工作，組織開展園林綠化工作的評比活動；協助指導全市林業行業協會、學會、研究會的工作。
水產技術服務中心
宣傳貫徹執行《漁業法》等相關法律法規；擬訂實施全市漁業發展戰略、中長期規劃和計畫；承擔漁業科研項目的技術攻關和示範推廣，承辦全市漁業科技開發項目推薦申報和組織實施；組織指導全市漁業產業結構和漁業生產結構調整，水產增殖養殖、捕撈生產、遠洋漁業和水產品加工開發管理；指導漁業、水產品標準化生產工作；承擔全市水產養殖動植物病害測報和防治；負責水生野生動植物保護工作，規劃、建設和管理水產養殖病害防治網路；負責水產、漁業信息的收集和傳遞；協助指導全市水產、漁業行業協會、學會、研究會的工作。
林業資源管理中心
加掛林權登記中心、森林防火指揮部辦公室、沿海林業工作站、安海林業工作站、磁灶林業工作站牌子。
宣傳貫徹執行國家有關森林資源保護、森林防火的方針政策與法律法規；依法保護、管理全市森林資源；組織開展全市森林、濕地、野生動植物類型自然保護區、森林公園、古樹名木以及生態公益林等森林資源的調查規劃、監測建設、評估鑑定和建檔等保護管理工作；組織森林經營方案和森林採伐限額的編制上報及批准後的實施；組織、協調有關國際公約的履約工作；承擔全市林木採伐規劃工作，做好林木採伐的伐區調查設計，參與監督伐區作業和伐區驗收，協助查處破壞森林資源案件；承擔林地征占用可行性研究報告；配合做好林地征占用工作；承擔林業產業生產性指導工作；負責全市的林權登記、林權證發放工作；負責建立健全林權檔案；負責處理全市的林權糾紛、涉林信訪；指導鎮（街道）建立健全鄉村護林網路；負責森林防火安全工作，制定森林防火措施及應急預案，組織預防和撲救森林火災；組織森林防火科研、先進技術推廣以及生物防火林帶、森林防火設施的規劃和建設；負責森林資源信息的收集和傳遞；承擔晉江市林業規劃設計隊的日常管理工作。
農產品質量檢驗檢測中心
宣傳貫徹執行《農產品質量安全法》及相應的配套法規；承擔全市農業投入品、農產品質量檢驗檢測任務，負責市域內農藥、肥料等農業投入品質量檢驗監測，承擔全市農畜、水產產品藥物殘留、有害物質的檢驗檢測與分析評價，負責動物疫病監測和疫病免疫效果檢測，承擔農業生態環境中水、土、氣的質量檢驗監測和分析評價；負責農業投入品、農產品質量的仲裁檢驗和其他委託檢驗；配合有關部門開展治理餐桌污染工作，協助抓好農產品質量安全監督管理。
動物疫病預防控制中心 （加掛動物衛生監督所牌子）
宣傳貫徹執行《動物防疫法》等相關法律法規；負責動物疫病流行病學調查，疫病核查和報告，動物疫病預防的技術指導；組織動物疫病的預防、控制和撲滅；實施動物疫病免疫、監測、消毒，疫情預警、防範和撲滅；協助對從事動物飼養、經營、屠宰、加工及其產品的動物防疫條件的審核、管理和監督；協助做好獸藥、飼料、飼料添加劑、動物及動物產品藥物殘留的管理和查處；依法協助對動物及動物產品的產地、運輸、屠宰檢疫進行監督管理；協助查處違反《動物防疫法》行為；負責對動物檢疫員、獸醫防疫員、村級動物防治員的考核和管理等工作。
植物病蟲疫情預防控制中心
宣傳貫徹執行國家有關植物、森林植物檢疫、病蟲害防治的法律法規；組織、開展全市農作物、森林植物病蟲草鼠害預測預報、防治和檢疫工作；承擔省、市下達的各項病蟲測報、防治任務；負責市域內糧食、果蔬、種子、苗木、花卉、木竹（含產品）及外省調進、本市調出原木、家俱的檢驗檢疫；負責新農藥試驗、示範、推廣工作；負責植物有害生物的監測與防控工作。
農產品質量安全監督管理站
宣傳貫徹執行《農產品質量安全法》等有關法律法規；研究擬訂全市農產品標準化生產發展規劃，牽頭組織全市農產品標準化生產工作，承擔無公害農產品、綠色食品和有機食品的開發工作，推進保障農產品質量安全標準化生產綜合示範區、示範基地建設；組織實施保障農產品質量安全的生產技術要求和操作規程，建立健全農產品質量服務體系，引導農產品生產者、銷售者加強質量安全管理，保障農產品安全消費；協調有關部門共同做好無公害食品、綠色食品、有機食品開發過程中的科研攻關、技術諮詢、人才引進、招商引資等工作。
農業科技信息服務中心
擬訂實施農業產業科技、教育、技術推廣的方針政策和發展規劃；負責農科教結合協調工作；組織實施綠色證書工程，承辦農業、林業、漁業等專業科技培訓；承擔全市農民職業教育、農業職業技能鑑定工作；負責農業幹部培訓工作，參與農業引智工作；負責農業產業統計工作；負責指導全市農業信息網路體系建設，承擔“晉江農業信息網站”、“969155”、“96355”服務熱線日常工作，做好農業產業市場信息、科技信息的收集匯總，組織編印各類農業簡報，及時發布農林牧漁生產和農產品供需信息並向社會提供諮詢服務。
