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地球聯邦為人類血統完成融合的新紀元,製造了一百個“三位一體”——由三個人的基因所合成的人類。其中一位基因提供者是正思,以為是他逃離聯邦前的女友,還有一位是聯邦的“第一主席”。而製造“三位一體”的目的,就在為“第一主席”的繼承做預備。這一百個“三位一體”在誕生後陸續夭亡,最後只剩下兩個,其中一個是在地球聯邦無編號記錄的雙頭男孩“那由他”。這位天生的超能力者,因為畸形而不被允許出現在一般人面前,他之得以生存,是因為統理地球聯邦的量子電腦“瑪利亞”對他發生了興趣。
在地球聯邦出現毀滅徵兆之際,那由他也被送往危險的禁區,開始了探索未來的放逐之旅。在那裡,他將遭遇改變他,以及和整個地球命運最強大的滅亡力量……