機構
日本政府主管食品安全的部門為消費者廳、食品安全委員會、厚生勞動省、農林水產省。這四駕馬車形成了日本中央政府監管食品安全機構的框架。在日本，食品管理各司其職，共同參與，共同管理，責任共擔。中央部門負責食品安全行政，風險分析、風險監控，制定食品安全法律法規和年度監控指導計畫，對進口食品實施監控檢查或處罰，組織信息交流和普及食品安全知識以及普及食品安全工作。
國內的食品安全主要依靠都、道、府、縣地方行政管理部門監管，地方政府設立有 517 個保健所。厚生勞動省在地方設有地方厚生局以及檢疫所。農林水產省在地方設有地方農政局。進口食品主要依靠厚生勞動省監管。日本要求食品相關業者遵守食品衛生法，負起食品安全的第一責任，掌握和提高食品生產加工等的技術，實施自主檢查。消費者則被要求學習掌握必要的食品安全知識。由此，在日本形成了政府、業者、消費者“共同管理、責任共擔”的食品安全管理機制。
職責
中央部門和地方部門的職責和分工日本政府中央食品安全部門負責加強與地方部門的合作與交流，實現各項政策的系統快速實施，負責監管進口食品、促進國際合作、中央部門對地方自治體進行技術援助，包括促進信息交流、教育和普及相關知識，主要負責制定國家層面的食品監控指導計畫。地方政府需通報信息、提高研究和檢測技術和能力，培養人才以及提升其資質和監管水平。
都、道、府、縣等地方主管部門負責制定地方層面的食品監控指導計畫。地方政府所屬保健所擁有經營許可的審批權、現場監管指導和對食物中毒的調查、抽樣檢查、實施召回、實施命令檢查、投訴處理、普及食品衛生知識等權利和義務。而 HACCP 設施的批准和換證，以及進口食品的監管或註冊檢查機構的批准則由地方厚生勞動局負責，類似於我國國內的認證認可機構。在日本，除國家的檢測機構可以檢測食品外，經國家註冊的民間檢測機構也可以實施檢測，形成了國家和民間機構共檢的食品檢測格局。
