一、主要職責
根據以上職能調整，自治區農機局的主要職責是：
（一）貫徹執行國家和自治區有關發展農業機械化的方針政策、法律法規，研究提出農業機械化地方性法規和規章草案，擬定有關法規的實施細則和規範性檔案；組織實施農機行政執法工作。
（二）研究提出農業機械化發展重點、發展方向、重大技術措施及產業政策經批准後監督實施；擬定並組織實施農業機械化中長期發展規劃和年度計畫；規劃並組織實施農業產業化、農業開發、特色產業、生態環境建設和基礎設施建設中的農業機械化項目。
（三）負責全區農機行業的科研、農機技術推廣和教育培訓工作的組織協調；負責重大農業機械化技術推廣項目的論證、申報立項及實施；會同有關部門組織農業機械化重點攻關項目的初審、立項並組織實施；負責組織農機重大科技成果的申報和評審，開展國際技術交流與合作。
（四）指導農機服務體系建設和農機服務組織的服務、生產、經營活動，開展農機社會化服務。
（五）研究擬定農機作業技術規範和標準經批准後監督實施；負責農機產品試驗鑑定、質量檢驗和認證管理工作，發布農機產品鑑定結果；負責全區農機產品推廣許可證的發放管理，以及農機產品、維修和農機作業的質量監督管理；指導農機維修網路建設，對農機裝備結構的最佳化調整進行巨觀調控。
（六）負責農業機械用油的需求預測，向中央有關部門爭取和分配農機救災油料指標和補貼資金；負責農業機械油料的管理，協調農機用油供應和價格政策，指導農機供油網路建設、經營活動和節油工作；組織農機投入抗災救災工作。
（七）負責農業機械化統計工作，指導農業機械化管理系統信息網路建設；監督管理農業機械化各項資金和專項資金。
（八）研究擬定農機安全技術檢驗標準和規程並監督實施；指導全區農機安全監理工作；組織實施拖拉機、聯合收割機、農用運輸車等農業機械的安全監理工作。
（九）負責擬定農機行業職業教育和成人教育規劃，指導各類農機學校的教育培訓工作，負責農業機械化的宣傳工作；指導各類農機專業協會等社會團體為農村經濟發展服務。
（十）完成自治區人民政府及農業廳交辦的其他事項。
二、內設機構
根據上述職責，自治區農機局設定4個職能處（室）：
（一）辦公室（人事處）負責局機關政務工作的綜合協調及政務信息的編報工作；負責文秘、檔案、機要、信訪、收發、保衛、綜合治理、計畫生育、保密、政務督辦、接待等行政管理工作；負責管理局機關生活服務中心；負責會議組織安排和綜合性文稿的起草工作；負責農機系統情報信息、修志工作並監督實施；研究擬定全疆農機化工作的法規、政策；負責農業機械化的宣傳工作，指導《中國農機化報》新疆記者站工作，負責局機關和直屬單位人事、機構編制、勞資管理、社會保險以及人才、智力引進工作；指導、協調和實施農機系統技術職稱評審和工人技術崗位考核。
（二）農機管理處負責指導全區機械化農業生產、設施農業工程、農機裝備結構，對農牧機械的技術狀態進行監督檢查；負責農機化服務體系建設，指導各級農機服務組織的生產經營活動和農機服務產業化工作，指導農機使用者協會的工作；組織農機跨區作業和重大的機械化生產項目的實施；負責農業機械用油的需求預測，指導農機供油網路建設，負責農用救災用油的申報、分配、管理；負責農機行業的安全生產和勞動保護工作；負責農機修造企業、維修網點的等級考核和維修人員的技能鑑定工作，農機維修市場與維修質量的監督管理；指導農機安全監理工作、檢查監督安全監理計畫的實施。
（三）計畫財務處研究擬定全區農機化的發展戰略、中長期規劃和年度計畫，確定合理的發展目標、步驟，並協調組織實施；監督管理農機安全監理規費，編制各項專用資金的投放計畫，並監督管理資金的使用；指導直屬單位的財務工作，監督管理直屬單位的國有資產；負責全區農機化統計工作；負責局直屬單位的財務審計工作；負責對外經濟合作和外經項目管理工作；負責農機化重大項目的申請、立項工作。
（四）科技教育處負責指導全區農機行業的科技項目的立項，並組織實施；監督管理農機化技術推廣項目計畫的制定和實施；負責全區農機化科技成果管理；組織農機產品的試驗鑑定和質量監督以及負責農機產品推廣許可證管理；負責農機化對外科技交流和科技信息網路建設工作；組織擬定農機行業職業教育和成人教育規劃，指導各類農機學校的教育培訓工作；協調農機化學術團體的工作。機關黨委：負責局機關和直屬單位的黨群工作。紀檢組、監察室：負責機關和直屬單位的紀律檢查和行政監察工作。紀檢組與監察室合署辦公，一個機構兩塊牌子，履行黨的紀律檢查和政府行政監察職能。
三、事業單位
（一）自治區農機局生活服務中心。
（二）新疆維吾爾自治區農機安全監理總站。
