一、主要職責
(一)貫徹執行國家有關發展煤炭工業的方針政策、法律、法規，結合自治區的實際，提出新疆發展煤炭工業的方針政策和地方性法規、規章和措施，並監督實施。
(二)負責煤炭生產許可證、煤炭經營資格證的審批、頒發與管理，維護公平競爭秩序；協調煤炭產、運、需關係，實現產需基本平衡。
(三)組織制定自治區煤炭工業總體發展戰略和中長期規劃、年度計畫；提出合理開發利用新疆煤炭資源的建議，促進行業結構調整，統籌規劃全區煤炭工業布局，對全區的煤炭工業實行行業管理。
(四)負責提出並組織編制全疆煤田地質勘探規劃、煤田滅火規劃，並監督煤田地質勘探和煤田滅火計畫的實施。
(五)負責《新疆維吾爾自治區實施(煤炭法)辦法》、《新疆維吾爾自治區實施鄉鎮煤礦管理條例的若干規定》的組織實施。依法整頓煤炭生產和經營秩序；關停違法開辦和經營的及布局不合理的各類煤礦。
(六)指導國有煤炭企、事業單位改革、改組，建立現代企業制度，推動各類煤炭企業兼併破產、轉產分流和實施再就業工程，指導推進煤炭行業扭虧增盈工作；負責國有重點煤礦及企事業單位的國有資產的管理與監督。
(七)實施科教興煤戰略，組織搞好煤炭科研攻關和科技成果的推廣套用，指導推動煤礦技術改造，提高行業整體素質，改革煤炭工業技術面貌。推動高產高效礦井和質量標準化礦井建設。
(八)負責全疆煤炭工業經濟運行動態的統計和分析，收集發布區內外煤炭經濟技術、市場信息、提供信息、技術、管理、諮詢服務。
(九)負責組織煤炭工業經濟技術合作和交流。
(十)承擔自治區人民政府交辦的其他工作。
二、內設機構
根據以上主要職責，新疆維吾爾自治區煤炭工業管理局設3個職能處：
(一)規劃發展處
組織研究並提出新疆煤炭工業發展戰略，編制新疆煤炭行業發展和煤炭資源利用規劃，指導大型礦區總體規劃，引導行業合理布局；推進新疆煤炭行業結構調整，最佳化產業結構和產品結構，促進煤炭資源合理開發和綜合利用；制定新疆煤炭工業基本建設、經濟技術政策、規程和標準；負責煤炭工程質量監督；會同有關部門對煤炭基本建設項目的立項進行審查，對新礦區的建設、老礦區技術改造和總體規划進行審查；組織編制全疆煤田地質勘探、煤田滅火規劃，並監督規劃的實施；規劃協調行業環保工作；負責全疆煤炭鐵路調運管理工作；負責煤炭經營秩序的整頓和煤炭經營資格頒證和管理工作，負責煤炭總量調控和市場平衡工作，協調煤炭產運需銜接關係。
(二)行業管理處
根據國家發展煤炭工業的方針政策，研究提出發展新疆煤炭工業的方針政策和地方性法規、規範和技術標準；依法整頓煤炭生產秩序，負責關閉非法和布局不合理煤礦；負責煤炭生產許可證的審批、頒發、管理工作；負責實施科技興煤戰略，組織指導煤炭科研攻關和科研成果的推廣套用，指導煤礦技術改造，推動高產高效礦井和質量標準化建設；組織煤炭工業經濟技術合作與交流；掌握和分析全疆煤炭工業經濟運行動態，收集、統計、發布煤炭經濟技術、市場信息並提供信息、技術、諮詢服務。
(三)企事業改革處(企事業單位資產管理處)
研究提出新疆煤炭工業體制改革的政策措施，推進煤炭企業的改革和經濟結構調整，建立和完善現代企業制度；指導推動國有煤炭企業兼併破產、減員增效、扭虧增盈、轉產分流，實施再就業工程；負責直屬企事業單位的改革及國有資產的監督與管理工作。
新疆煤礦安全監察局的辦公室、人事培訓處、紀檢監察、機關黨委同時承擔新疆煤炭工業管理局的相關工作，實行兩塊牌子一套機構，以新疆煤礦安全監察局為主。
三、事業單位
煤炭行業社會保險中心。
