18世紀中葉﹐清政府統一新疆後﹐對新疆原有的政治制度雖作了一些改革﹐如廢除伯克世襲﹐確定伯克品級與養廉﹑禁止宗教頭目干預行政﹑規定各級伯克莊園的土地﹑農奴和親隨的數量﹐等等。但官府所需的一切仍通過伯克直接向人民攤派勒索﹐官員及其家人又任意欺凌和魚肉人民。19世紀中葉﹐清政府為償付帝國主義勒索的巨額賠款及籌措鎮壓太平天國的軍費﹐每年由各省撥解新疆的二三百萬兩協餉逐漸縮減﹐不久終於斷絕。官吏﹑伯克因此加緊對各族人民的勒索和漫無止境的徵發差徭﹐使各族人民被迫起來反抗。
反抗民族壓迫和反抗徭役制剝削同時並舉﹐是清代新疆各族農民起義的基本特徵。從道光二十五年(1845)到同治二年(1863)﹐喀什噶爾(今喀什市)﹑葉爾羌(今莎車)﹑庫車﹑和田的維吾爾族農民﹐奇台的回﹑漢族農民和伊犁的回民﹐先後掀起十多次暴動。
太平天國起義推動新疆各地農民的反清鬥爭。同治三年﹐起義首先爆發於庫車。五月初三﹐起義者攻入城內﹐辦事大臣薩靈阿﹑阿奇木伯克庫爾班(Kurban)﹑郡王愛瑪特(Ahmedwang-bek)等均被殺死。此後﹐農民起義烽火迅即燃遍天山南北。參加起義的不僅有維吾爾﹑回族人民﹐還有漢﹑滿﹑哈薩克和柯爾克孜等族勞動人民。五年正月﹐起義軍攻克惠遠城(即伊犁)﹐伊犁將軍明緒自盡。至此﹐清政府在新疆的政令僅及於哈密﹑巴里坤和沿額爾齊斯河一帶。
北疆各地的農民起義還抗擊了沙俄侵略者。伊犁﹑塔城起義者趕走俄國領事和商人﹐中止了俄國的掠奪性貿易﹔布倫托海起義者擊退了侵入齋桑泊(今蘇聯境內)的俄國軍隊。
當起義遍及全疆各地時﹐主宰大多數居民精神世界的伊斯蘭教首領便乘機而起﹐獲取領導權﹐將反封建鬥爭引上“聖戰”之路﹐屠殺“異教徒”和“叛教者”。庫車阿訇熱西丁(Reshiduddin)﹑烏魯木齊阿訇妥得璘(一名妥明)﹑和闐宗教法官(mufti)哈比布拉(Habibulla)都成為割據一方的執政者。肖開特(Shanket)阿訇在伊犁也起著決策者的作用﹐而且一度成為執政者。起義的成果被宗教首領和封建主獲取﹐建立起政教合一的地方割據政權。為了擴大統治地盤﹐他們相互攻伐﹐甚至不惜挑起維吾爾和回族等同教人之間的殘殺。
新疆的割據紛爭給外敵入侵造成了機會。同治四年﹐發生阿古柏事件。十年﹐沙俄軍隊強占伊犁。新疆各族人民雖曾浴血奮戰﹐但因割據紛亂的局面無法組織有效的抵抗﹐新疆大部分地區遂淪於外敵之手﹐凡十餘年。
同治三年﹐新疆農民起義破壞了舊的土地制度﹐使伯克制度喪失了賴以存在的基礎。當光緒三年(1877)清軍消滅阿古柏侵略者﹐七年﹐簽訂《中俄伊犁條約》收回伊犁之後﹐清政府在新疆全境推行郡縣制﹐設立新疆省﹐廢除伯克制度。新疆農村﹐特別是維吾爾農村的勞役地租迅速轉變為勞役地租與實物地租相結合的地租形態﹐維吾爾族農民獲得了一定程度的人身自由﹐生產力在新的基礎上獲得了恢復和發展。
