格式
每篇文章或資料應有一個文獻標識碼，並且規定了與每種文獻標識碼相對應的文獻中的數據項，即格式。
以下是參考文獻類型標示符的書寫標準和部分示例。
1]專著
——[序號]主要責任者．文獻題名[M][文獻類型標識出版：出版者，出版年.起止頁碼.
專著（個人著作）——[序號]主要責任者。文獻題名[M]．版次（第一版略）、出版地：出版者，出版年.起頁－止頁。
專著（集體著作）——[序號]章節責任者．題名．[M]．見（In）：主編．書名．出版地：出版者，出版年.起頁－止頁。
示例：柯斯文．原始文化史綱[M]．北京：人民出版社，1955．28－38．
2]期刊文章
——[序號]主要責任者．文獻題名[J]刊名，年卷，（期）：起頁－止頁．作者姓名．（姓在前，名在後，名可用縮寫（西文））．作者在3名以下全部列出，3名以上列出前3名，後加等（中文）、他（日文）、etal（西文）．[]內為文獻標識碼。
示例：張斌．談談句子的信息量[J]．湖南廣播電視大學學報，2000，9⑶：1－3．
3]報紙文章
——[序號]主要責任者．文獻題名[N）．報紙名，出版日期（版次），
示例：朱華．關於《華岳全集》的一點看法[N]．光明日報，1962－03－06⑻．
4]專利文獻
——[序號]專利所有者．專利題名[P]．專利國別：專利號，出版日期.
示例：姜錫洲．一種溫熱外敷藥製備方案[P]．中國專利：881056073，1989－07－26．
5]論文集中的析出文獻
——[序號]析出文獻主要責任者．析出文獻題名[A]．原文獻主要責任者．原文獻題名[C]．出版地：出版者，出版年．析出文獻起頁－止頁.
示例：別林斯基．論俄國中篇小說如果戈里君的中篇小說[A]．伍蠡甫．西方論文選：下卷[C]．上海；上海譯文出版社，1979．377－380.
6]學位論文
——[序號]主要責任者．文獻題名[D]．出版地：出版者，出版年.
7]國際、國家（技術）標準
——[序號]GB7714－37，文後參考文獻著錄規則、標準編號和標準名稱[S].
8]論文集
——[序號]主要責任者．文獻題名[C]出版地：出版者，出版年，文獻起頁－止頁.
9]科技報告
——[序號]……[R]
10]各種未定義類型的文獻
——[序號]主要責任者．文獻題名[Z]．出版地：出版者，出版年.
示例：黃華．論思維[Z]．北京：北京大學出版社，1999.
文獻類型標識
根據GB3469規定，以單字母方式標識以下各種參考文獻類型：
| 參考文獻類型 | 專著 | 論文集 | 報紙文章 | 期刊文章 | 學位論文 | 報告 | 標準 | 專利 |
| 文獻類型標識 | M | C | N | J | D | R | S | P |
⒕3.2對於專著、論文集中的析出文獻，其文獻類型標識建議採用單字母“A”；對於其他未說明的文獻類型，建議採用單字母“Z”。
⒕3.3對於資料庫（database）、電腦程式（computer program）及電子公告（electronic bulletin board）等電子文獻類型的參考文獻，建議以下列雙字母作為標識：
| 電子參考文獻類型 | 資料庫 | 電腦程式 | 電子公告 |
| 電子文獻類型標識 | DB | CP | EB |
電子文獻的載體類型及其標識
對於非紙張型載體的電子文獻，當被引用為參考文獻時需在參考文獻類型標識中同時標明其載體類型。本規範建議採用雙字母表示電子文獻載體類型：磁帶（magnetic tape）——MT，磁碟（disk）——DK，光碟（CD-ROM）——CD，在線上網路（online）——OL，並以下列格式表示包括了文獻載體類型的參考文獻類型標識：
[文獻類型標識/載體類型標識]
如：[DB/OL]——在線上網上資料庫（database online)
[DB/MT]——磁帶資料庫（database on magnetic tape)
[M/CD]——光碟圖書（monograph on CD-ROM)
[CP/DK]——磁碟軟體（computer program on disk)
[J/OL]——網上期刊（serial online)
[EB/OL]——網上電子公告（electronic bulletin board online)
以紙張為載體的傳統文獻在引作參考文獻時不必註明其載體類型。
主要問題
A類文獻是期刊質量的一個標誌。醫學期刊中論著是期刊的核心部分，學術價值較高，一般都被定為A類文獻；綜述性文章一般篇幅較長，以匯集文獻資料為主，或著重評述，具有權威性，對學科的進一步發展有引導作用定為A類。論著摘要、病例報告、經驗交流等類文章，文章標誌碼的統一存在一定困難，有的定為B，有的定為其它，須根據文章的具體情況分別對待。述評、專題討論等一般標誌定為C；簡短的病歷報告、短篇報導一般定為D。
文獻標識碼文獻標識碼一般不需要作者標註，而是由期刊專職人員根據文章內容劃分的。因醫學期刊有時很難絕對區分各類文獻的差異，所以不同時期期刊同樣文章格式的標誌碼有所不同，這與編輯人員對上述規範的理解程度不同有一定的關係；同一種期刊同類文章的標誌碼也有不同，這與文章的篇幅及論述的詳盡程度有關。如同一期的《臨床內科雜誌》中，病例報告有的標註為B，有的標註為D。總之，目前文獻標識碼還存在一定的問題，還有待進一步的規範和統一。
