1944年，著名物理學家薛定鍔在《生命是什麼？》一書中提到“開關基因”（switch genes）,可惜他未作進一步的說明。
對麥克林托克來說，基因作用是如何被調節這個問題也始終是一個緊迫問題，她說：“我覺得，如果你看一看整個生物體以及它是如何發育的，那么那些我們稱之為基因的東西恰恰不得不被調控著。”長期與麥克林托克在同一幢實驗樓工作的威特金（E·Witkin），日復一日地仿效著麥克林托克的研究，終於也感到能夠像麥克林托克那樣“實際看見基因在一定的時間裡開閉。”
40年代末期，麥克林托克提出“控制因子”的概念。控制因子可以調控其它功能基因（現在稱為結構基因）的活動。玉米中的某些控制因子也是一種轉座因子，能夠從染色體的一個位置跳到別一個位置，甚至從一條染色體跳到另一條染色體。這就是說，轉座因子是一種跳躍基因。玉米中的這種因子除了具有跳動的特性之外，還具有控制其它基因開閉的作用。它可以插入到玉米染色體上的顏色基因（編碼花青素合成酶的基因）附近，控制顏色基因的開閉。這些控制因子跳得如此之快，使得受它們控制的顏色基因時開時關，於是玉米籽粒上便出現了斑斑點點。玉米中的控制因子可以調控顏色基因的活動，這使得摩爾根最先提出的基因調控假說落實了。
麥克林托克的控制因子學說，上承摩爾根，下啟莫諾與雅可布，對後者提出細菌操縱子學說有不可否認的影響。1947年8月在美國冷泉港召開的學術會議上，麥克林托克曾與莫諾討論過有關問題，他們會見時的照片，至今仍屢見於有關基因調控的書藉中。
50年代初，斯特曼（E·Stedman）、索內本（T·M·Sonneborn）和米爾斯基（A·E·Mirsky）都曾發表過專門的論文，進一步發展了摩爾根最初提出的從基因調控解釋細胞分化機理的思想。
