建設歷史
南京建設捷運的動議始於1984年，1986年成立南京市地下鐵道工程籌建處。從1984年到1999年的15年時間裡，南京先後投入3.5億元為軌道交通建設做了大量前期準備和規劃預留工作。1999年4月15日，國務院正式批准南京捷運一號線立項，同年5月28日南京市撤銷捷運籌建處，成立南京市地下鐵道工程建設指揮部。2000年12月12日，捷運一號線一期工程正式開工。南京捷運一號線一期工程線路長21.68公里，設地下站11座，地面及高架站5座，工程概算85億元，綜合造價在中國已建捷運中最低，為每公里3.92億元，計畫於2005年9月1日建成通車。
2013年12月2日，南京發布空氣污染橙色預警，相關部門採取了相應的措施。1日傍晚，空氣污染預警從橙色升級到紅色，南京市政府立即發布了八項相應的紅色回響措施。捷運3號線等工地接到整改通知。
路線規劃
南京火車站捷運三號線從原江浦縣的林場火車站出發，經上元門過江通道越過長江到達江南地區的五塘村、南京火車站，在新莊站南折向太平北路方向，過市政府、大行宮等站後經過夫子廟直至南京南站，全線共設19個站點，線路總長30.9公里，計畫投資129.49億。
為了方便江北地區市民出行，三號線全線19個站台中有4個站台設在江北地區，站距只比主城各車站略長一點，其中林場站為高架車站、浦珠路為地下車站，而中間的火炬南路站、京新村站都
南京捷運3號線備有兩套方案，但設計組主推高架車站，主要是經濟實用。
捷運3號線也被國務院審批正式立項，捷運3、6號線誰先建曾起爭議，部分專家認為，從跨江發展的角度看，3號線應當優先選擇，如此看來，這段爭議就此也畫上了句號。按照目前已有的規劃方案，捷運3號線是一條過江線，從江北林場站到火炬南路站、浦口站，從浦口路站過江到濱江路站，然後從新莊站穿越玄武湖抵達南京市政府站，再經浮橋站、大行宮站、張府園、建鄴路、長樂路、雨花門站、卡子路、大明路站，最後到達南京南站。如果浦口、六合兩地的經濟發展較快，捷運3號線有望提前開工建設。
換乘成網
作為一條縱向貫穿江北新市區、主城的城中捷運幹線，三號線與一號、二號、四號、五號、六號、七號、八號都實現了換乘。其中在干休所站與七號線換乘；在南京站站與一號、六號兩條線換乘；太平北路與北京東路口的市政府站與四號線換乘。同時，三號線的大行宮站與二號線大行宮站十字相交換乘；而夫子廟站將實現三號線與五號線的換乘；在雨花門站，三號線與八號線換乘；在南京南站站則實現與一號線南延線等換乘。在江北的火炬南路站，三號線還將與未來的江北輕軌換乘。
設計人員介紹說，由於前期規劃時已考慮到一些問題，所以三號線換乘站點基本都可以採用最便捷的“十字形換乘”。也就是說，從三號線換乘其他線路的捷運只要上下一層樓就可以了，不必要非像過去一樣，換條捷運繞來繞去走上七八分鐘。
發展前景
南京市規劃到2050年南京市的軌道交通線網將由10條捷運線、四條輕軌線構成總計433公里的網路。預計今後50年內，南京規劃軌道交通道路總長度將達到433公里，共設定13條軌道交通，線網密度達到每平方公里0.15公里，與巴黎市相當。主城區有9條軌道交通，總長200公里，主城線網密度為每平方公里0.76公里，與日本名古屋相當，老城區密度為每平方公里1.21公里，與日本大坂相當。預測到2050年，南京的軌道交通平均客流強度將達到2.52萬人/公里，軌道交通平均乘距9.5公里。規劃實施後，南京中心區捷運車站輻射半徑600米，服務人口達95%，在城市範圍區內70%人口可在40分鐘內到達市中心。建設難題編輯南京捷運3號線穿越城區南北且要過長江，因此，南京捷運3號線的建設難度，在南京捷運建設史上是前所未有的。
南京市城市規劃，到2050年南京市的軌道交通線網將由10條捷運線、4條輕軌線構成總計433公里的網路。
1號線：貫穿主城南北中軸線最重要的客流走廊，沿途經邁皋橋、南京火車站、玄武門、鼓樓，穿越新街口中央商務區，向南途經三山街、中華門等車站，再向西接河西新城城市副中心至奧體中心。
2號線：貫穿主城東西中軸線客流走廊，東連仙林大學城，西通河西新城區，中間穿過新街口中央商務區。途經孝陵衛、中山門、明故宮、新街口、漢中門、莫愁路、緯九路等車站。具體走向為:汪家村站-中和村站-元通站-向興路站-所街站-集慶門大街站-茶亭站-莫愁湖站-漢中門站-上海路站-新街口站-大行宮站-逸仙橋站-明故宮站-苜蓿街站-小衛街站-孝陵衛站-鍾靈街站-馬群站-紫金站-仙鶴門站—仙鶴中站—南師大站—仙鶴東站。（西延支線為集慶門大街站-上新河站—江心洲站）
3號線：又一條南北客流主幹線，貫穿大江南北、連線主城江北新市區和東山新市區，連線祿口機場、南京鐵路南站、南京火車站及江北火車站最重要的對外交通樞紐。具體走向為:南京南站-玉蘭路-雨花門-長樂路-建康路-常府街-大行宮-浮橋-市政府-新莊-南京站-干休所-玉塘村-濱江路-浦珠路-京新村-火炬南路-林場
4號線：又一條東西客流主幹道，貫穿主城、仙林新市區和江北新市區。具體走向為:紫金山站-岔路口東-櫻花路-省經乾院-九華山-市政府-鼓樓-雲南路-省委-中保（過江）-浦口中心區
5號線：貫穿主城東南和西北的加密線，分流1號線和市中心區的客流量。具體走向為:下關-鹽倉橋-福建路-虹橋-山西路-雲南路-五台山-上海路-朝天宮-三山街-建康路-大中橋-光華門-小天堂-七橋瓮-大校場-城北路-金箔路
6號線：為主城內的環線，平衡主城內軌道線網客流，並帶動沿線一些主要地區再開發。具體走向為:曹後村-南京站-金橋市場-城河村-大橋南路-下關-農貿中心-中保-管子橋-集慶門大街-所街-向興路-元通-中和村-（預留站）-將軍路-南京南站-大校場機場-大校場路-光華門-明故宮-富貴山-省經乾院-長途汽車東站-曹後村
7號線：是主城兩部南北向的預留線，分流南北向主幹線的客流量。線網建成後南京市中心區線密度將達到1.2kkm2；主城的線網密度達到0.63km/kkm2，都市發展區線密度達到1.13km/km2。具體走向為:南京南站-共青團路-寧丹路-安德門-東青石-應天路-沿河街-莫愁湖-省委-古平崗-福建路-城河村-干休所-黃方村-窯上村-曉莊-化纖新村-田家邊-堯鐵站
8號線：西善橋-汪家村-小行-中華門-雨花門-中和橋-小天堂-勝利村-雙拜崗-滄波門
9號線(輕軌)：南京南站-祿口機場（與南站同步建設，站點尚在規劃中）
主要問題
第一個難題地質難題，南京捷運3號線是過江線路，不僅要穿越長江還要下穿玄武湖和內外秦淮河；在城區北部穿越崗谷地和岩溶區，線路經過的長江底臥有卵礫石層，線路上存有多處斷裂帶和斷層等，繁瑣的水文地質情形將成為南京捷運建設的一大難題。
第二個難題是與國鐵相交，南京捷運3號線線將有多處與國鐵線路相交，包括南京站的京滬線大動脈，與玄武湖隧道、新莊立交、寧溧路高架和桿管線的聚合地域等大宗市政道路和設施交匯。
第三個難題是線路經過之處對相關文物的保護，南京捷運3號線穿越老城南、夫子廟等文物單位，南京捷運3號線還將兩次穿越明城牆，如何保護這些國家級、省市級文物單位，在城牆中的區域將碰到古河道、淤泥質黏土，也是個土建建設方面的難題。
交通意義
南京捷運3號線建成後將成為南京繼1號線後又一條南北向客流骨幹線路，其貫穿大江南北，連線主城、江北新城和東山新城，連線京滬高速鐵路南京南站、南京火車站等最重要的對外交通樞紐，更為重要的是它與11條既有或規劃軌道交通線相互換乘，對穩定南京市軌道交通線網起著重要作用。
通車時間
或於2014年12月31日通車運營備受南京市民關注的南京捷運3號線，2014年2月初過江盾構機已經修復，正在恢復掘進，力爭在2014年9月30日通車。南京捷運3號線貫穿大江南北，連線主城區、江北、江寧，也就是說，2014年09月30日，南京捷運3號線將通車運營，備受關注的紫金江寧板塊、橋北板塊將迎來捷運時代。
