第一次突變產生的效果可由第二次突變使之恢復原來性狀，稱為抑制或校正(suppression)。第二次突變可以產生回復突變和抑制基因突變。抑制基因突變(suppressor mutation)是第一次突變產生的表現型常可由第二次突變使野生型的表現型得以恢復（並非真正的回覆突變）。抑制基因突變使第一次突變所產生的失活蛋白質回復至原來的具活性（或部分活性）的蛋白質。
抑制基因突變分為：基因內抑制和基因間抑制。
基因內抑制(intragenic suppression)是在同一基因內發生第二次突變，而抑制或校正第一次突變所產生的結果。
若第一次突變是由插入或缺失單個核苷酸引起的移碼突變，如果在第一次突變位點附近發生第二次突變(插入或缺失核苷酸)，便可能使第一次突變位點以後的密碼子回復至正常，而抑制第一次突變。
若第一次突變是錯義突變，如果在同一基因內發生第二次突變，便可能使該蛋白的功能部位恢復原來構象，從而恢復其活性。
如E. coli的Trp合成酶的A鏈含267aa。當A的第211位Gly突變為Arg(GGA→AGA)時則失活。若再使Arg突變為Ser(AGA→AGU)可完全恢復活性；若Arg突變為Thr(AGA→ACA)可部分恢復活性。
使用突變劑可以提高基因內抑制突變的頻率，如5-溴尿嘧啶：G/C→A/T。
基因內抑制突變能否回復到原來的野生型，恢復程度，關鍵在於抑制突變產生的胺基酸與原來胺基酸的結構和性質是否相似。
基因間抑制(intergenic suppression)是由於在另一基因(抑制基因，suppression gene)發生突變而產生抑制的現象。抑制基因的作用並不改變第一次突變基因上的鹼基順序。而是由其它方式產生抑制的，有5種類型。
