雖然扶餘語系的分類到現在仍然有爭議，但都不外乎以下兩種的其中一種，只是具體細節有差異
基於這種假設，有不少人嘗試把高句麗語、百濟語及現時的日本語系諸語連繫在一起(Beckwith2004)：在這種假設的前提下，大和族很可能是從扶餘國而來，而扶餘人的語言隨著地域的分隔，慢慢演變成為高句麗語、百濟語及古代的日語。美國印地安那大學的白桂思(ChristopherI.Beckwith)認為現時的日語仍然可以看到昔日的扶餘語的痕跡，而這一段日語及扶餘語系的連結最早於1907年為兩位日本學者所留意。白桂思(ChristopherI.Beckwith)嘗試透過約140個含有高句麗詞語的地方面來重新構建高句麗語的發音。他發現：高句麗語在文法構詞方面與日語相似，例如：genitive -no及attributive -si。白桂思在他的《日本·高句麗語系的民族和早期中國》（TheJapanese-KoguryoicPeoplesandEarlyChina）一文中，闡述了有關高句麗人和日本人之關係的語言學證據。根據這些證據，他提出古代日本人（倭）和高句麗人的共同起源可能是在面向渤海的中國遼西地區的濊貊族；之後這個人群的一支向東越海到達日本，而過了幾百年後另一支則向中國東北部遷徙，形成了高句麗人。只有這樣才可能解釋高句麗語和古代日本語的聯繫（內容發表於白氏新著：《高句麗語：日語在亞洲大陸的姐妹語言》Koguryo,the Language ofJapan’sContinentalRelatives,2004），因此夫余語，高句麗語和日語遠古時代很可能屬於同源。據俄國籍的韓國問題專家AndreiLankov介紹，白桂思教授的觀點已經被國際上大多數的語言學家所接受。（亞洲時報Asia Times網站2006年9月16日報導）
與此同時白桂思的這一不尋常的觀點，遭到了很多的質疑。一些學者認為白桂思對古高句麗語言的處理和分析方法等被認為是錯誤的。有相當數量的語言學家認為：扶餘諸語只是古朝鮮語的一個分支。持有這種看法的，包括有韓國的語言學家KimBang-han及西方的Alexander Vovin與J. MarshallUnger。他們質疑前一種假設有關扶餘語及日語的連繫，並強調有關研究的基礎都集中在朝鮮半島的中部，而那裡的語言並不能反映真實的扶餘諸語。從朝鮮半島的歷史來看，今日漢江流域一帶在三國時期一向都是兵家之爭的地，所以當地的語言很可能混合了高句麗、百濟及新羅三個的影響，不能有效反映高句麗語的原貌。
