《企業所得稅法實施條例》明確，清算所得是指企業的全部資產可變現價值或者交易價格減除資產淨值、清算費用以及相關稅費等後的餘額。企業清算的所得稅處理包括以下內容：（一）全部資產均應按可變現價值或交易價格，確認資產轉讓所得或損失；（二）確認債權清理、債務清償的所得或損失；（三）改變持續經營核算原則，對預提或待攤性質的費用進行處理；（四）依法彌補虧損，確定清算所得；（五）計算並繳納清算所得稅；（六）確定可向股東分配的剩餘財產、應付股息等。清算所得=企業的全部資產可變現價值或交易價格－資產的計稅基礎－清算費用－相關稅費+債務清償損益－彌補以前年度虧損，其中債務清償損益=債務的計稅基礎－債務的實際償還金額，公式中的相關稅費為企業在清算過程中發生的相關稅費，不包含企業以前年度欠稅。
【例】某企業停止生產經營之日的資產負債表記載：資產的賬面價值3360萬元、資產的計稅基礎3890萬元、資產的可變現淨值4230萬元，負債賬面價值3750萬元、負債計稅基礎3700萬元、最終清償額3590萬元，企業清算期內支付清算費用70萬元，支付職工安置費、法定補償金100萬元，清算過程中發生的相關稅費為20萬元，以前年度可以彌補的虧損100萬元。
清算所得=4230（資產的可變現淨值）-3890（資產的計稅基礎）-70（清算費用）-20（相關稅費）+（3700-3590）債務清償損益-100（彌補以前年度的虧損）=260（萬元）
清算所得稅=260×25%=65（萬元）
可以向企業所有者分配的剩餘財產=4230（資產的可變現淨值）-70（清算費用）-20（相關稅費）-100（職工工資、社會保險費用、法定補償金）-65（清算所得稅）-3590（清償企業債務）=385（萬元）
