主要職責：
惠州市港澳流動漁民辦公室是市政府管理我市具有香港或澳門戶籍，同時又在我市沿海漁港入戶的漁民的工作機構，其主要職責是：
（一）貫徹執行國家有關港澳流動漁民工作的方針、政策、規定，擬定市港澳流動漁民工作的規定、條例。
（二）負責聯繫港澳漁民社團，交流工作情況；負責對港澳流動漁民進行統一戰線教育、愛國主義教育和“一國兩制”、政策法規教育。團結廣大流動漁民，協調有關部門做好統戰工作，擁護共產黨領導，維護港澳地區繁榮穩定。
（三）負責港澳流動漁民工作的調查研究，向政府反映港澳流動漁民工作中的重大問題，並提出解決意見。
（四）協調有關部門處理港澳流動漁船在生產中的生產糾紛和重大海上事故，引導港澳流動漁民發展生產，維護流動漁民合法權益。
（五）擬定港澳流動漁民漁業生產規劃，引導流動漁民最佳化產業結構，發展海水養殖業，發展優質、高產、高效漁業。
（六）負責對港澳流動漁民在南海海域實行伏季休漁和管理工作。
（七）會同公安部門辦理港澳流動漁民的入會、轉會的審核工作；負責對港澳流動漁民雇用境內漁工的審核、辦證和管理工作。
（八）協助邊防、漁政漁監部門加強海上管理，打擊走私、外逃、販毒等犯罪活動，維護海邊防安全。
（九）協調指導市、縣（區）港澳流動漁民協會的日常工作。
（十）承辦市委、市人民政府及上級主管部門交辦的其他事項。
內設機構及職能：
（一）人秘科
負責組織協調機關政務、文秘、檔案、人事、財務、計畫生育、後勤行政等工作。
（二）業務科
負責對港澳流動漁民的宣傳教育、漁工服務管理、漁業生產管理、戶籍登記統計、組織流動漁船實施伏季休漁，協調有關部門為港澳流動漁民生產的後勤服務等工作。
