主要職能
本局的主要職能有：1、貫徹執行國家、省、市關於衛生法律、法規和方針、政策及衛生標準，參與擬訂本地區衛生規章和實施辦法，並組織實施。
2、研究擬訂衛生人才培養、教育、重點學科建設和醫學科技發展規劃和管理辦法，組織、協調省、市重點醫學科研項目，醫學科技成果的推廣和套用。
3、研究提出全區衛生事業發展規劃，統籌規劃和協調全區衛生資源配置。編制全區衛生事業經費預算、決算，研究提出衛生服務價格建議，協同有關部門對全區收費進行指導和監督檢查。
4、制訂全區農村衛生、初級衛生保健和婦幼衛生及社區衛生的發展規劃和政策措施，並指導實施。
5、制訂全區傳染病、慢性非傳染病、寄生蟲和公共衛生等相關疾病和對人群健康危害嚴重疾病的防治規劃，組織和開展疾病防治工作，組織處理重大疫情暴發事件。
6、監督管理全區傳染病防治、食品、職業、環境、化妝品、消殺用品、放射防護和學校衛生工作，負責醫療機構和從業人員執業許可制度的監督管理。
7、研究指導全區醫療機構改革，組織實施醫務人員執業標準，醫療質量標準、服務規範和職業道德規範，協調、指揮各種重大突發性、災害性事故的醫療搶救。
8、負責全區衛生系統的藥品、醫用生物製品和醫療儀器設備等的使用管理和依法監督。
9、擬訂並組織實施全區中醫藥事業發展規劃、管理、指導和積極發展中醫藥事業。
10、負責全區幹部保健和全區重大活動的醫療保健工作，參與職工基本醫療保險制度改革。
11、負責衛生外事工作，進行醫藥衛生科學技術的合作與交流。
12、負責局機關和基層單位的思想建設、組織建設和作風建設，加強紀檢、監察工作和群團工作。
13、承擔區愛國衛生運動委員會和區血吸病、地方病防治領導小組的日常工作。
14、負責全區公民無償獻血的宣傳，動員、組織和協調，並對臨床用血進行監督管理。
15、負責全區醫療衛生機構藥械採購的監督管理，審查到本區醫療衛生機構銷售藥械單位的資質，承辦藥械集中（招標）採購。
16、承辦區委、區政府交辦的其他的工作。
內設機構
根據區委辦公室 區政府辦公室《關於印發無錫市惠山區衛生局職能配置內設機構編制規定的通知》（惠辦發[2001]97號）檔案規定。惠山區衛生局設5個職能科室。人秘科
協助局領導組織、協調、督促局機關黨務、政務工作；擬訂衛生工作重大政策，提出重要工作部署和年度工作計畫，制定局機關各項工作制度；負責會議組織、文電處理、檔案管理、秘書事務、新聞宣傳審檢、信息、信訪工作；牽頭負責人大代表建議意見和政協委員提案的辦理工作；負責信息化工作；負責檢查、指導基層單位的保衛、消防工作；負責檢查、指導基層單位的保衛、消防工作；負責制訂地方性衛生規章和行政管理規定；負責衛生行政複議和對衛生執法的監督、指導，承辦衛生行政訴案件的應訴和重大衛生處罰案件的聽證。
擬訂並組織實施全局組織工作計畫；指導、督促基層單位黨組織加強自身建設，負責對基層衛生單位領導班子、領導幹部的考察、備案和幹部培訓工作，指導、督促基層單位黨組織做好換屆選舉工作，負責黨員管理和發展工作。
組織擬定衛生人才發展規劃及年度工作計畫；指導全區衛生人事、分配製度改革；配合有關部門研究制訂全區衛生機構編制標準，衛生人員工資津貼政策及實施方案；負責系統內幹部和工人的錄用、調配工作；負責轉復軍人的政策性安置和畢業生就業工；承辦衛生專業技術人中的資格認定、職稱晉升和工人技術等級考核等有關工作；負責局機關和基層衛生單位的機構編制、勞動用工、考核獎懲、工資福利、退休退職、出國政審初審和專家選拔管理；負責全區衛生系統的年度考核及表彰；負責人事監察、知識分子、工會、老幹部和退管會等工作；負責人事全區衛生系統在職幹部、工人和離退休人員的人事檔案管理。
計財科
研究制定全區衛生事業發展規劃，統籌協調全區衛生資源配置，編制全區衛生事業經費預算、決算，實施衛生財務管理；協同有關部門協調和指導醫療衛生收費管理；負責衛生基本建設審核及管理；指導基層醫療衛生單位固定資產管理和後勤管理；負責局機關及直屬衛生單位預算內、外經費的會計核算和財務管理；負責衛生產業管理；組織實施和監督檢查基層衛生單位內部審計；負責衛生系統政府採購工作。
研究擬定全區醫療衛生機構藥品、醫用生物製品、醫療儀器設備等採購辦法和計畫，並組織實施，負責審查到本區各醫療衛生機構銷售單位的資質；負責本區醫療衛生機構藥械採購的監督管理；參與購買大型醫療儀器設備的審核和監督管理。
醫政科（掛中醫科牌子）
研究指導醫療機構改革；擬訂並組織實施全區醫療技術、重點專科發展規劃、醫療管理制度、技術操作規程和醫療質量標準；監督醫療機構的醫療質量和服務質量；負責醫療機構和從業人員的發證和監督管理，監督管理臨床用血質量；組織徵兵體檢和病殘體檢；協助做好重大突發性自然災害和意外事故的醫療救護；負責管理和指導全區醫療保健機構的中醫工作。協調處理醫療糾紛（事故）。
擬訂並組織實施全區婦幼衛生保健規劃，指導全區婦女、兒童保健業務，監督母嬰保健專項技術的實施；指導督促全區企事業單位女職工保健工作。
擬訂全區衛生技術人才培養規劃，組織指導新技術、新項目的申報、引進和推廣套用，負責衛生統計工作。負責全區醫療衛生單位的藥品、醫用生物製品和醫療醫療儀器設備的行業監督管理；參與職工基本醫療保障制度的改革，實施對定點醫療機構監督管理。
衛生防疫科
研究擬訂全區傳染病、慢性非傳染病、血吸蟲病、地方病、寄生蟲病及公共衛生相關疾病的防治規劃措施，並監督管理；組織對重大傳染病、地方病的綜合防治；組織力量對全區重大突發疫情實施緊急處置，防止和控制疫情的發生和蔓延；負責全區食品、職業、環境、放射和學校衛生的監督管理；負責生活飲用水的衛生監督工作；負責食品、化妝品的質量管理和認證工作。
研究擬訂全區農村衛生、社區衛生服務初級衛生保健的發展規劃和服務標準；研究基層衛生服務體系的改革，指導農村基層衛生的建設；負責健康教育管理工作。
愛衛辦公室
擬訂全區愛國衛生工作的發展規劃及年度計畫；統籌協調愛衛委各成員部門工作職責的落實；負責開展愛國衛生工作的檢查和管理；指導創建衛生鎮、村和農村改水、改廁檢查工作；負責全區除“四害“工作。
紅十字會
無錫市惠山區紅十字會為人民團體機構，掛靠區衛生局，同時掛“區人民政府獻血辦公室牌子“，其主要職能：
研究擬訂全區紅十字會工作計畫，負責推進和開展全區公民無償獻血、非血緣關係骨髓移植以及捐獻遺體、器官等工作；組織開展備災救災準備工作，進行初級衛生救護知識培訓和區衛生知識的宣傳；開展並組織紅十字志願工作者和紅十字青少年活動工作；參加國際人道主義救援工作；負責中國紅十字會、省紅十字會交辦的其他任務。
