寺由大小院落六個、大小殿宇廂房40多間、東西兩個跨院組成,東跨院供奉的是歷史名醫張仲景的塑像,西跨院供奉的是龍王的塑像。
自南至北共四個院落。在這四個院落的東西兩側各有一條青磚鋪成的帝道,貫穿南北。在第二個院落中是建築雄偉莊嚴肅穆的大雄寶殿,殿內的神台上,有塑造精良高大的釋迦牟尼的金身和十八尊羅漢的塑像。大雄寶殿兩側是供僧人使用的鐘鼓樓,大雄寶殿後院是供寺內僧人起居和香客小憩的廂房,院內建有九層的佛塔和供寺內使用的水井。最後一個院落是寺內設定的花園。整個寺院青磚鋪地,建築櫛次鱗比,錯落有致,雄偉壯觀,院內松柏避日,秀竹夾道,花團錦簇,宛如鑲嵌在博山大地上一顆耀眼的明珠。
據老人們回億,昔日彼岸寺香客不斷,每年的農曆四月釋迦牟尼誕辰之目的廟會,人流如織,鐘鼓聲、叫賣聲、劇團演出的戲曲聲、寺內的誦經聲,此起彼伏,熱鬧非凡。然而隨著歲月的流逝,如今的彼岸寺已是面目全非,舊跡模糊,只有殘缺的大雄寶殿,保留了下來。博山區政府於一九九五年將彼岸寺的大雄寶殿列人了區級文物保護單位。