台灣林爽文為亂,芝元率屯練降番佐軍。參贊海蘭察等分攻大埔林、中林、大埔尾三莊,芝元為策應。賊據小半天山,將軍福康安等自前山進,芝元與領隊大臣普爾普領兵別為一隊,夜半先發,繞大山夾攻賊後。黎明,諸軍同抵山麓,攀援上,賊力拒,芝元先登,拔其柵,斬獲無算,並堵賊去路。未幾,爽文就擒。台灣平,擢建昌鎮總兵,圖形紫光閣,列前二十功臣。尋調松潘鎮總兵。
廓爾喀掠西藏濟嚨、聶拉木,上命芝元率屯練降番往討之。芝元至,值大雪,山谷皆滿。芝元手大刀指揮,士卒皆感激用命,賊敗走。廓爾喀再叛,芝元偕提督成德督兵攻聶拉木,守拍甲嶺隘口斷賊援,聶拉木遂下;乘勝攻濟嚨,復克之,賊懼,乞降。未幾,卒。五十八年,論平定廓爾喀功,再圖形紫光閣,列後十五功臣。
芝元少以小校事宋元俊,後乃雪元俊枉。人以是多芝元,亦益賢元俊能知人也。