簡要職能
（一）貫徹執行中央有關港澳工作的方針政策，擬訂本省涉港澳工作實施辦法和工作計畫等並組織實施。
（二）了解、掌握和反映香港、澳門的有關情況，提出有關工作意見和建議。
（三）統籌協調全省涉港澳工作，指導各地、各部門涉港澳工作。
（四）協同有關部門推進本省與港澳在經濟和社會等領域的交流與合作，協同和推動粵港澳緊密合作相關政策和重點項目的落實。
（五）承擔粵港、粵澳高層互訪的組織、協調和聯絡工作，負責辦理和協調粵港、粵澳的邊境事務和官方、半官方以及重要民間往來事宜。
（六）負責指導和管理全省因公赴港澳事項的相關工作。
（七）承辦省委、省政府和國務院港澳辦交辦的其他事項。
機構設定
（一）秘書處（與人事處合署）：負責機關文電、機要、保密、人事、財務、檔案等工作。
（二）綜合處：負責涉港澳研究工作，跟蹤和研究港澳政治經濟社會發展情況及粵港澳合作情況與動態，起草有關重要文稿，負責對外新聞宣傳工作。
（三）經濟交流合作處：負責涉港澳經濟交流合作事務，統籌粵港、粵澳聯席會議，協調和推動重點合作區域、合作項目的落實，牽頭協調推進對港澳開放先行先試工作和CEPA政策措施的進一步深化和落實。
（四）社會事業交流合作處：負責涉港澳社會事業領域的交流與合作，協調和推動粵港、粵澳社會事業領域重點合作項目的落實。
（五）聯絡處：負責粵港、粵澳高層會晤以及省領導出席涉港澳重要活動、會見港澳重要團組及知名人士的協調、聯絡及禮賓工作，協調粵港、粵澳邊境事務，負責粵港、粵澳合作聯席會議的禮賓工作，牽頭聯繫涉港澳應急與突發事件的相關工作。
（六）因公赴港澳管理處：負責全省因公赴港澳審批辦證業務的歸口管理工作。
（七）協調處：負責粵港澳合作中有關問題和事項的協調推動工作。
（八）機關黨委辦公室（與監察室合署）：負責機關黨委的日常工作，負責機關和指導事業單位的紀檢、監察、審計、信訪及工、青、婦有關工作。
下屬單位
（一）省粵港澳合作促進中心：負責粵港澳合作促進會的日常工作，推進粵港澳民間合作，協助機關做好禮賓和會務工作，協助推進粵港、粵澳合作項目的開展。
（二）省因公赴港澳人員辦證中心：負責省直單位因公赴港澳人員因公通行證的製作、簽發、銷毀和保管工作，指導全省各授權辦證單位的辦證業務工作。
