線路歷史
1993年05月19日起，廈門市公共運輸總公司成立，開通16路（湖裡車站←→火車站），線路隸屬市公交總公司第一分公司，投入10台香港進口英制‘利蘭珍寶（Leyland Fleetline）巴士，是廈門首條雙層巴士線路，線路途經火車站、湖東新區、嘉禾花園、湖濱北路、湖裡老工業園等地，首班06:40發車，末班19:00結束運營，線路每隔10分鐘一班。
1、線路走向：由火車站始發，經湖濱東路、湖濱南路、湖濱中路、湖濱北路、東渡路、長岸路至湖裡車站；返程亦同。
2、沿途站點：上行:火車站、湖東站、新村站、祥雲酒店站、嘉禾園站、白鷺洲站、特貿站、市政府站、中行站、東渡站、水產進出口站、商檢站、濠頭站、南山站、湖裡車站。下行:湖裡車站、南山站、濠頭站、商檢站、水產進出口站、東渡站、中行站、市政府站、特貿站、白鷺洲站、嘉禾園站、新村站、湖東站、火車站。
備註：利蘭珍寶（Leyland Fleetline）：Leyland "Fleetline" FE33AGR底盤，Gardner 6LXB型發動機；BACO車身（初期款）。
1993年06月19日起，“天安（廈門）房地產投資有限公司”向“廈門市公共運輸總公司” 贈85萬元人民幣，支持鷺島公交發展，購買5台豪華公共汽車，投入一分公司16路。同時，為方便湖裡大道等沿途周邊民眾上下班出行需要，一分公司16路調整線路走向，調整末班發車時間至夜間21:00。
1、線路走向：由火車站始發，按原線路行駛至長岸路“湖裡車站”，改為直行長岸路，經長岸路、湖裡大道、華榮路、悅華路至“怡景花園站”，返程亦同。
2、增停站點：湖裡大道站、華昌站、華榮站、怡景花園站。
1994年05月15日起，一分公司16路（怡景花園站←→火車站）改為無人售票車，這是福建省公交行業第一家開通準無人售票的企業，培養乘客前門上車，後門下車，上車自覺投幣的文明乘車習慣。
1994年11月15日起，一分公司調整線路編號，16路更名為116路（怡景花園站←→火車站）。
1997年01月01日起，16路開通投入運營（石頭皮山站←→萬壽站）。
1、沿途站點：上行:石頭皮山→天安工業→嘉園路→悅華路口→華榮→華泰路口→燦坤公司→湖裡公園→仙鷺→特區房地產→湖裡建行→海天路口→海天碼頭→弘信創業→海嘉→和通路口→通士達→夏新→電信公司→檳榔路口→檳榔新村→鳳嶼路口→湖光路→湖東路→火車站→金榜公園美新→文灶→人民保險→將軍祠→陽台山→萬壽賓館→技工學校→文園公寓→萬壽。下行:萬壽→文園公寓→技工學校→萬壽賓館→陽台山→將軍祠→湖濱中路→新村→湖光路→鳳嶼路口→檳榔新村→檳榔路口→電信公司→人才中心→岳陽小區→和通路口→東渡六中→旅總儲運→弘信創業→海天碼頭→海天路口→湖裡建行→佳麗花園→湖裡公園→燦坤公司→華泰路口→華榮→悅華路口→嘉園路→天安工業→石頭皮山。
2、首末班時間：石頭皮山首班06:20末班22:05，萬壽首班06:10末班22:10。
2005年11月09日起，16路公交線路恢復經湖光路運行，不需要直行從鳳嶼路拐入湖濱南路繞行。
2007年01月09日起，因梧村汽車站地下通道和商業街工程的開展，公交線路將進行調整：由廈禾路西段或文園路經火車站左轉湖濱東路方向的16路，行至文灶路口後，改為繞行湖濱中路接湖濱南路後按原線路運行，而返程線路不變。但不進入火車站停靠，改停金榜公園站上下客人。
2007年05月26日起，華泰路原“燦坤公司站”更名為“華泰路站”。同時，長岸路原“弘信創業站”更名為“南山站”；和通路原“東渡六中站”更名為“和通里站”；和寧路原“旅總儲運站”更名為“和寧路站”；體育路原“通士達站”更名為“七星路東站”；湖濱東路原“電信公司站”更名為“體育中心西站”；廈禾路原“金榜公園美新站”更名為“金榜公園站”；文園路原“人民保險站”更名為“ 文園路口站”。
廈門16路2010年09月26日起，為配合湖東路口紅綠燈啟用，原湖東公交臨時發車點將取消，火車站片區16路公交線路運營方案同時調整。在火車站大廣場停靠的線路，16路由文灶往火車站方向，停火車站（大廣場）後經湖濱東路接原線路運行，增停湖東站，減停雙涵路口、蓮坂外圖書城和湖東路東站，返程經湖濱東路右轉廈禾路運行不變。
2011年01月18日起，16路（石頭皮山站←→萬壽站）調整運行方案。
1、沿途站點：上行:石頭皮山→嘉園路→華榮→湖裡街道辦→華泰路口→華泰路→湖裡公園→仙鷺→特區房地產→湖裡建行→海天路口→海天碼頭→南山→海嘉→和通路口→岳陽小區→人才中心→體育中心西→檳榔路口→檳榔新村→鳳嶼路口→湖光路→湖東→火車站（湖東）→金榜公園→文灶→文園路口→陽台山→萬壽賓館→第二實驗國小→文園公寓→萬壽。下行:萬壽→文園公寓→第二實驗國小→萬壽賓館→陽台山→將軍祠→文灶→金榜公園→火車站（小廣場外）→蓮坂外圖書城→湖東路東→湖光路→檳榔新村→檳榔路口→體育中心西→人才中心→岳陽小區→和通路口→東渡六中→和寧路→南山→海天路口→湖裡建行→百樂園→佳麗花園→湖裡公園→華泰路→華泰路口→華榮→悅華路口→嘉園路→石頭皮山。
2、增減停站點：增停：火車站（湖東路）、火車站（小廣場外）、蓮坂外圖書城、湖東路東站；減停：火車站（大廣場）和湖東站。
3、首末班時間：石頭皮山首班06:10末班22:10，萬壽首班06:20末班22:00。
2011年04月20日因仙岳路改造施工期間，仙岳路（湖濱中路口—七星路口）段由西往東方向和體育路（七星路口至湖濱中路口）段由東往西方向，兩個路段單向禁止車輛通行，16路公交線路調整運營方案如下：直行仙岳路該路段的線路：16路由和通路口往岳陽小區方向，行至仙岳路湖濱中路口，改經湖濱中路、體育路、七星路、仙岳路接原線路運行，返程不變。
2011年10月19日起，因湖裡大道與華泰路口中間隔離帶全封閉，雙向線路調整（石頭皮山站←→萬壽站）。
2012年05月18日起，因湖裡大道與華泰路口中間隔離帶全封閉，16路雙向線路調整（石頭皮山站←→萬壽站）。
1、沿途站點：上行:石頭皮山→嘉園路→華榮路口→華泰東→華泰路→湖裡公園→仙鷺→特區房地產→湖裡建行→海天路口→海天碼頭→南山→海嘉→和通路口→岳陽小區→人才中心→體育中心西→檳榔路口→檳榔新村→鳳嶼路口→湖光路→湖東→火車站（湖東）→金榜公園→文灶→文園路口→陽台山→萬壽賓館→第二實驗國小→文園公寓→萬壽。下行:萬壽→文園公寓→第二實驗國小→萬壽賓館→陽台山→將軍祠→文灶→金榜公園→火車站（小廣場）→火車站（湖東）→湖東→湖光路→檳榔新村→檳榔路口→體育中心西→人才中心→岳陽小區→和通路口→東渡六中→和寧路→南山→海天路口→湖裡建行→百樂園→佳麗花園→湖裡公園→華泰路→華泰東→華榮路口→悅華路口→嘉園路→石頭皮山。
2、首末班時間：石頭皮山站首班06:10末班22:10，萬壽站首班06:20末班22:00 。
2012年11月16日晚22:00起，因疏港路下穿仙岳路通道工程施工需要，疏港路仙岳路口中間硬隔離，16路公交線路需調整運營方案。往萬壽方向，行至長岸路在大榕樹下調頭，改經和旭路、和寧路、仙岳路接原線路運行，減停：海嘉站，返程不變。
2012年11月19日起，因廈門疏港路下穿仙岳路通道工程施工需要，16路公交線路調整了運營方案如下：起訖站點：石頭皮山←→萬壽。線路走向：車輛由石頭皮山發車，行至海滄大橋南山入口，改為在南山大榕樹環島調頭，經長岸路、和旭路、和寧路、仙岳路接原線路行駛，返程不變。往萬壽方向減停：海嘉。
2013年08月31日起，配合廈禾路火車站片區交通改善措施，湖濱東路廈禾路口硬隔離打開，設定左轉信號燈，允許湖濱東路由北往南左轉廈禾路，同時封閉廈禾路金榜路口、鳳嶼路口調頭區。16路調整往石頭皮山方向，停靠火車站（小廣場）後，調整經蓮坂轉盤、湖濱南路、湖濱東路接原線路運行，返程不變。單向減停：火車站（湖東）、湖東站，單向增停：雙涵路口、蓮坂外圖書城、湖東路東站。
2014年09月29日至2016年07月02日，因蓮岳隧道工程施工，南山路、華榮路部分路段進行圍擋施工，華榮路與興隆路交叉路口四向禁左，受影響公交線路臨時調整方案如下：興隆路西段左轉華榮路的16路往石頭皮山方向，行至華泰路興隆路口，改直行華泰路，經湖裡大道、華榮路接原線路運行，返程不變。單向減停：華泰東站、華榮路口站。
2015年02月14日起，取消梧村街道辦一側的廈禾路“雙涵路口站”。
2015年06月22日起，因軌道1號線將軍祠站施工圍擋，萬壽路禁止右轉文園路，我司16路（萬壽—石頭皮山）調整線路走向：萬壽始發，行至文園路口，改直行經將軍祠路、廈禾路接原線路往石頭皮山；返程不變。往石頭皮山方向單向減停將軍祠站。
2015年08月12日起，擬將位於廈門古玩城正前方的公交站點，仙岳路原“海嘉站”更名為“廈門古玩城站”。
2015年09月16日起，16路公交線路調整部分停靠站點，16路（石頭皮山站←→萬壽站），往石頭皮山方向增停：後江埭站、仙鷺站；減停：佳麗花園站。（佳麗花園站 與百樂園站僅間隔不足100米）。
2016年04月16日起，為方便市民及遊客的出行，文園路的“文園路口站”更名為“文塔站”。
2016年05月07日至11月07日，根據華榮路（興隆路—湖裡大道段）110KV架空線路纜化工程施工期間交通組織方案，該路段西側道路採取限載、限高及限速等措施，16路需調整繞行，具體方案如下：
1、走向調整：由石頭皮山始發，行至華榮路與湖裡大道路口，改經湖裡大道、華光路、興隆路接原線路運行；返程保持不變。
2、站點調整： 往萬壽方向 減停華榮路口站 。
2016年05月26日起，取消“思明二實小站”（ 往石頭皮山方向）位於萬壽路學校圍牆邊，站點緊挨車行道，存在安全隱患，16路 往石頭皮山方向減停“思明二實小站”，請市民前往附近的“文園公寓站” 或“萬壽賓館站”乘車。
2016年12月24日起，最佳化調整16路，不再繞行華光路、嘉園路、華榮路，提高線路運行效率，調整減停路段可由廈門137路、廈門80路、廈門135路、廈門39路等多條線路分流。
1、線路走向：上行:石頭皮山始發按原線路行至興隆路與華光路交叉口改直行興隆路按原線至萬壽站。下行:萬壽站始發按原線路行至經湖裡大道與華榮路交叉口改直行湖裡大道至石頭皮山。
2、增減停站點：減停:嘉園路、悅華路口；增停:塘邊村口站（ 往萬壽）、萬景站（ 往萬壽）、博士山莊站（ 往萬壽）、湖裡派出所站（ 往萬壽）、華光站（ 往石頭皮山）。
3、首末班時間：石頭皮山首班06:10末班22:10，萬壽首班06:20末班22:00 。
2016年12月24日起，為進一步方便乘客出行識別公交站點，規範過時的公交站名。和寧路的“東渡六中站”更名為“六中東渡校區站”。
2017年01月21日起，湖濱南路的“湖東路東站”更名為“綠家園小區站”。
2017年02月26日起，配合我市2017年開展“交通整治年”活動，“百樂園站”與“佳麗花園站”採取分站停靠措施（不同方向的線路停靠不同點位）， 緩解海天路的“公交列車化停靠”現象。湖裡建行 直行海天路的16路公交線路停靠“佳麗花園站”，減停“百樂園站”。
運行路段
16路（石頭皮山站←→萬壽站）
線路走向
上行：石頭皮山站始發，經湖裡大道、嘉禾路、興隆路、華泰路、海天路、長岸路、東渡路、仙岳路、湖濱東路、檳榔路、安平路、鳳嶼路、湖光路、湖濱東路、廈禾路、文園路、萬壽路至萬壽站。
下行：萬壽站始發，經萬壽路、將軍祠路、廈禾路、湖濱南路、湖濱東路、湖光路、鳳嶼路、安平路、檳榔路、湖濱東路、仙岳路、和寧路、和旭路、長岸路、海天路、華泰路、湖裡大道至石頭皮山站。
沿途站點
16路 島內線路 石頭皮山站[首班06:10末班22:10]←→萬壽站[首班06:20末班22:00]
跨段站點：石頭皮山——萬壽
票價：上車1元，全程1元，E通卡8折優惠。
上行
石頭皮山站→康樂二小站→華景站→博士山莊站→湖裡公園東門站→湖裡中心國小站→佳麗花園站→南山小區站→湖裡建行站→海天長岸路口站→海天碼頭站→長岸和旭路口站→廈門古玩城站→和通路口站→岳陽小區站→人才中心站→體育中心西站→南湖花園站→安平路口站→檳榔新村站→鳳嶼路站→湖光路站→湖東站→火車站(湖東)→金榜公園站→文灶站→文塔站→陽鴻新城站→陽台山站→萬壽賓館站→思明二實小站→文園公寓站→萬壽站
下行
萬壽站→文園公寓站→萬壽賓館站→陽台山站→將軍祠站→文灶站→金榜公園站→火車站→蓮坂外圖書城站→綠家園小區站→湖光路站→檳榔新村站→安平路口站→南湖花園站→體育中心西站→人才中心站→岳陽小區站→和通路口站→六中東渡校區站→和寧路站→長岸和旭路口站→海天長岸路口站→湖裡建行站→海天華嘉路口站→南山公園站→湖裡公園東門站→欣華花園站→華光站→石頭皮山站
所獲榮譽
2019年02月13日，16路榮獲“白鷺公交杯”獎項：
“最短路牌”：石頭皮山 16 萬壽
