一、簡介
司令員熊振武，第一政治委員袁改(中共廈門市委書記兼)，政治委員餘慶坦。機關編制90人，設司令部、政治部、後勤部，擔負領導民兵及兵役工作。轄同安縣人民武裝部。1961年9月，成立廈門市郊區、杏林區、開元區、思明區、鼓浪嶼區人民武裝部，歸廈門軍分區建制領導。1962年1月，廈門軍分區擔負廈門市衛戍任務，成立衛戍司令部對外辦公。
二、發展歷程
1963年1月，組建軍分區獨立連。1964年5月，撤銷杏林區人民武裝部。8月，廈門市公安部門所屬的5個邊防哨所改編為軍分區江頭、蔡厝2個步兵連。10月，江頭步兵連調南平軍分區，蔡厝步兵連改為同安縣獨立連。1965年4月，同安縣獨立連調龍溪軍分區，軍分區獨立連改稱福建省軍區獨立第二連，仍由廈門軍分區領導指揮。
1966年8月，廈門市公安大隊和同安縣公安隊分別改編為軍分區獨立營和同安縣中隊，分別歸軍分區和同安縣人民武裝部建制領導；開元、思明區人民武裝部依次改稱東風、向陽區人民武裝部。福建省軍區廈門邊防檢查站由廈門軍分區代管。1967年3月，省軍區獨立第二連改編為龍溪軍分區獨立連。1969年12月，軍分區獨立營第三連改編為福建省軍區警衛營第六連。
1970年2月，廈門軍分區併入廈門守備區。
