職能科（室）：
辦公室（法規監察宣教科）
綜合協調機關政務工作；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、政務公開、後勤管理等工作；負責環境保護目標責任制督辦和機關內部交辦事項的督辦工作；組織辦理人大代表、政協委員的議案、提案等工作。負責局機關和直屬單位機構編制與幹部人事工作；指導環境保護隊伍建設和幹部崗位培訓工作；歸口管理環境保護行政獎懲。
起草我區環境保護規範性檔案、材料，監督檢查各項環境保護政策、法律、法規的貫徹執行；組織開展環境保護行政執法監督、行政處罰審查、行政聽證、行政複議、應訴和行政調解工作；負責環境來信來訪接待和督查督辦工作。貫徹執行國家、省有關環境保護宣傳、教育等方面的方針、政策、法規；擬訂並組織實施全區環境保護宣傳、教育規劃和計畫；組織協調全區各界開展環境保護宣傳、教育活動，推動公眾和非政府組織參與環境保護；協同有關部門指導區內中、國小和成人教育的環境教育工作；組織編寫與發行環境保護宣傳教育的材料、教材和音像資料；承辦環境保護社會表彰和國際環境獎推選工作；組織協調全區環境保護對外交流與合作。
規劃財務科
組織編制並監督實施全區環境保護規劃和環境功能區劃；參與編制我區國民經濟與社會發展規劃和主體功能區規劃；參與審核全區各類規劃中涉及環境保護的內容。管理區級環境保護補助資金、污染治理專項資金；負責區環境保護示範工程及其他重大環境保護項目的立項並下達資金計畫；參與城市環境保護基礎設施項目監督管理工作。負責局機關和直屬單位預算、決算、政府採購監督管理、國有資產管理和財務監督審計工作；負責全區排污收費、監測收費、罰沒收入及各類收罰票據的監督管理工作。
自然生態保護科（科技標準科）
貫徹執行自然生態保護法律、法規和規章，擬訂全區生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；指導、協調、監督管理各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作；協調監督野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治工作；負責生物多樣性保護、生物技術環境安全的監督管理工作；指導有機食品發展、生態示範創建與生態農業建設；承擔生態區建設領導小組辦公室（簡稱生態辦）的具體工作。
貫徹執行農村和農業環境保護法律、法規、規章和政策；負責指導、協調、監督農村環境保護工作；組織編制並實施農村污染防治規劃；組織協調農村和農業面源污染防治工作，監督管理農村集中式飲用水源保護區、小流域和湖庫污染、村鎮生活污染、養殖污染、土壤污染防治等工作；指導生態鄉鎮、生態村等農村生態建設示範區創建工作。
組織協調環境保護科學研究的技術引進；組織環境保護科技攻關和技術示範工程；負責全區環境保護科研項目管理、成果申報及推廣套用；管理環境管理體系和環境標誌認證；組織實施環境保護資質認可；承辦環境污染治理設施運營資質證書審查工作；參與指導和推動循環經濟和環保產業發展，參與應對氣候變化工作。
貫徹落實國家環境監測制度和規範，擬訂並組織實施全區環境監測、環境信息的規劃、制度和規範；組織建設和管理全區環境監測網；組織實施環境質量監測、污染源監督性監測、環境應急和預警監測以及各種專題調查普查；組織調查評估全區環境質量狀況並進行預測預警；協調指導其他部門開展環境監測工作；建立和實行環境質量公告制度；組織編制和發布全區環境狀況、重要城鎮及流域環境質量狀況公報；指導環境監測隊伍建設和業務工作。
污染防治科
（污染物排放總量控制科、核安全與輻射環境管理科）
監督實施國家、省、市、區有關工業污染防治、城市環境綜合整治、排污收費的政策、法規、規章和技術標準；擬訂並組織實施全區污染防治規劃；負責水體、大氣、噪聲、光、惡臭、固體廢物、醫療廢物、危險廢物、化學品、電子廢物和機動車等污染防治的監督管理；組織實施污染源限期治理工作；負責城市集中式飲用水源保護區的監督管理；負責危險廢物經營許可、進口固體廢物和有毒化學品的預審等環境管理；負責全區城市環境綜合整治定量考核，指導環境保護模範城市創建工作；負責綠色信貸、上市公司環保核查工作；會同有關部門組織開展強制性清潔生產審核和監督工作，協同有關部門推行循環經濟工作。
組織對區內重大環境問題的調研。承擔區突發環境事件應急處置指揮的具體工作；組織擬訂我區重特大突發環境事件和生態破壞事件應急預案並監督實施；負責重特大突發環境事件應急、信息通報及應急預警；負責組織協調重特大突發環境事件和生態破壞事件應急處置及損失評估。
負責全區核安全和輻射安全的監督管理；貫徹執行國家、省核安全和輻射安全的政策、法規和技術標準；參與核技術套用和輸變電等電磁輻射裝置及伴有放射性礦產資源建設項目環境影響評價檔案審批、“三同時”監管；負責輻射環境事故應急管理工作，參與核事故應急處理工作；對電磁輻射、核技術套用、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治實施監督管理；監督管理放射性同位素、射線裝置的生產、銷售、使用；負責核與輻射事故及投訴的調查處理工作，參與核與輻射恐怖事件的防範與處置工作。
落實國家、省、市主要污染物排放總量控制制度；擬訂主要污染物排放總量控制、排污申報登記、排污許可證和環境統計制度及規範並監督實施；組織測算並確定重點區域、流域的環境容量；組織編制並實施主要污染物總量控制計畫；組織實施政府環境目標責任制和污染物總量減排考核；參與研究並組織實施污染物總量減排的環境經濟政策；負責審核涉及增加排放總量新上項目的總量指標；負責環境統計和污染源普查工作；組織編制並發布環境統計年報和統計報告；承擔區主要污染物總量減排工作領導小組辦公室（簡稱總量辦）的具體工作。
環境影響評價科
（行政審批科）
貫徹執行國家、省、市、區關於建設項目環境管理的法規、政策和標準；擬訂和組織實施開發建設活動環境影響評價、“三同時”等各項環境管理政策、制度和規範性檔案；參與審核各類規劃中涉及環境保護的內容；負責區管和市委託的建設項目、自然生態項目環境影響登記表、報告表的審批，並實施監督檢查和驗收；負責對環境影響評價資質證書持證單位進行日常監督；負責環境影響後評價工作；調查處理區內建設項目施工、試生產中發生的環境污染事故和糾紛；承擔區政府公布的有關行政審批事項。
恩陽區分局直屬兩個單位：
恩陽區環境監察執法大隊
恩陽區環境監測站
