記賬
企業已交納的增值稅額用藍字登記；退回多交的增值稅額用紅字登記。
核算
根據《企業會計制度》的規定：處理增值稅帳務時應在“應交稅金”科目下設定 “應交增值稅——已交稅金”、 “應交增值稅——轉出未交(多交)增值稅”和 “未交增值稅”科目。
繳納本期增值稅時，借：應交稅金——應交增值稅——已交稅金；貸：銀行存款。
如果期末有本期應交未交的增值稅額則應轉出，借：應交稅金——應交增值稅——轉出未交增值稅；貸：應交稅金——未交增值稅。
如果本月繳納前期累積未交的增值稅，借：應交稅金——未交增值稅；貸：銀行存款。
“應交稅金——應交增值稅——已交稅金”科目從其本身定義來看就是要全面反映本期、本年累計上繳的增值稅情況，而現在規定交納上期的增值稅要通過“應交稅金—未交增值稅”科目核算，這樣就使得“應交稅金——應交增值稅——已交稅金”科目不能全面反映本期、本年累計上繳的增值稅情況。此其一。
第二、根據《企業會計制度》的規定：企業本期應交未交或多交的增值稅額都要從“應交稅金——應交增值稅——轉出未交(多交)增值稅”科目轉入“應交稅金 ——未交增值稅”，這樣期末“應交稅金——應交增值稅”科目就沒有貸方餘額，其借方餘額反映的就是尚未抵扣完的增值稅進項稅額。也就是說，取得的進項稅額未抵扣完(進項稅額大於銷項稅額)則不做處理；而本期應交未交完（銷項稅額大於進項稅額、已交稅額之和）的增值稅額則要轉出。
第三、增值稅核算的內容比較多，故增值稅核算的科目設計也比較細，這樣就顯得煩瑣了一些，給會計人員的實際操作和會計考試都增加了一些不必要的環節。“ 應交稅金——應交增值稅”科目的期末借方餘額既然能反映未抵扣的進項增值稅，那么對於當期多交的增值稅反映在其期末借方也未償不可(畢竟兩者反映的經濟意義是一致的)，對於當期應交未交的增值稅額反映在其期末貸方，也很容易理解。而且這樣一來，科目設定減少了，處理的環節也就相應減少了，也沒有使增值稅的會計核算的清晰性受到影響。
有人認為，應取消“應交稅金——應交增值稅” 和“應交稅金——應交增值稅——轉出未交(多交)增值稅”科目，使“應交稅金——應交增值稅——已交稅金”科目能夠全面反映本期、本年累計上繳的增值稅情況；期末“應交稅金——應交增值稅”科目的借方餘額反映期末尚未抵扣完的進項稅額或多交的增值稅額；期末“應交稅金——應交增值稅”科目的貸方餘額反映期末尚未交納的應交增值稅額。
