巨野縣疾病預防控制中心其使命是通過對疾病、殘疾和傷害的預防控制，創造健康環境，維護社會穩定，保障國家安全，促進人民健康；其宗旨是以科研為依託、以人才為根本、以疾控為中心。
巨野縣疾病預防控制中心科室簡介
辦公室負責對中心業務和綜合事務的協調、服務與管理，為中心領導做好參謀；負責中心計畫管理、綜合目標責任制、制度管理、事務公開及信息管理；負責中心會議管理、綜合文秘、檔案、文印、檔案資料收發、車輛管理等管理工作；協助有關科室做好中心內外各項突發事件處理和協調管理工作；負責基建和職工住房的管理；負責冷庫、通訊設施等維護管理；負責中心環境衛生、綠化的規劃管理。完成上級和中心交給的其他工作。負責中心行政、業務工作的全面質量管理；負責實驗室認可質量管理體系檔案的起草、修訂、督促檢查等；負責中心內、外質量問題投訴和質量事故的處理等事宜；負責中心科研項目、繼續教育和崗位培訓等。
總務科負責中心財務預算、決算和工資等日常經費支出，往來帳款及疫苗、藥品財務管理；負責中心固定資產、消殺藥品、低值易耗品的計畫、採購、倉儲、調撥、發放、報廢等管理。
生物製品管理科負責進出本中心的疫苗管理工作。
免疫規劃科根據國家傳染病防治規劃，使用有效疫苗對易感人群進行預防接種所制定的規劃、計畫和策略, 按照國家或者省、自治區、直轄市確定的疫苗品種、免疫程式或者接種方案，在人群中有計畫地進行預防接種，以預防和控制特定傳染病的發生和流行,通過國家免疫規劃的實施，提高民眾健康水平和衛生文明水平。對全縣計畫免疫疫苗冷鏈管理、配發等工作。
學校衛生一科學生健康體檢與監測。組織開展食品、學校衛生檢測、學校衛生體檢與評價及衛生防護，對新建、改建和擴建的學校的選址、設計和竣工驗收進行衛生學評價。負責學校衛生相關資料、信息的收集、分析、評價及報告，為學生常見病防治和學生健康教育提供相關依據；指導基層開展相關衛生業務工作。
學校衛生二科學生健康體檢與監測。組織開展食品、學校衛生檢測、學校衛生體檢與評價及衛生防護，對新建、改建和擴建的學校的選址、設計和竣工驗收進行衛生學評價。負責學校衛生相關資料、信息的收集、分析、評價及報告，為學生常見病防治和學生健康教育提供相關依據；指導基層開展相關衛生業務工作。
慢性病防治科組織、指導本市肺結核病、慢性非傳染性疾病以及血吸蟲病、寄生蟲病等地方病防制工作，制定防治策略和措施；指導基層業務建設、培訓專業人員，幫助解決技術上的疑難問題；深入基層參加具體業務活動，有計畫有重點地開展防制工作，控制相關疾病的流行，降低人群的感染率，減少疾病發生，降低死亡率。麻風病監測與防治工作。
項目科負責環境監測、死因調查統籌等工作。
公共衛生科（職業衛生科）組織開展職業衛生檢測、職業衛生體檢、職業危害因素監測與評價等技術指導工作，對新建、改建和擴建建設項目的選址、設計和竣工驗收進行衛生學評價。負責職業衛生相關資料、信息的收集、分析、評價及報告，為職業病診斷提供相關依據；指導基層開展相關衛生業務工作。本科室是巨野縣唯一一家具有山東省衛生廳授予的健康查體及健康證辦理資質的科室，現主要負責外出務工人員健康證辦理及本地健康查體、職業健康查體工作。
檢驗科按照計量認證要求，對健康相關產品進行微生物、理化等檢驗，為社會、企業和個人提供公正、準確、及時的檢驗檢測數據；配合職能部門做好食物中毒、暴發疫情等突發性公共衛生事件的檢驗檢測工作，為行政部門制定正確的公共衛生工作措施提供科學依據。
門診部負責疫苗接種等工作。
愛滋病防治科對全市愛滋病監測管理工作及對愛滋病的確診、性病監測、及疫情上報工作。
