負責全縣農藥、種子、肥料、植物檢疫、農業轉基因生物安全、植物新品種保護、種植業農產品質量安全、農機安全監理等行政執法事項；負責全縣獸藥、飼料和飼料添加劑、種畜禽、動物農產品安全、動物防疫、動物及動物產品檢疫等行政執法事項；負責全縣漁政、水生野生動植物保護、漁業水域生態環境保護、漁業資源養護和增殖、水產品質量安全等行政執法事項。
二、人員編制和內設機構:
崇明縣農業行政綜合執法大隊是由原縣漁政管理檢查站、縣動物衛生監督所，以及縣農技中心和縣農機安全監理所的執法職能整合組建而成，是一家全民所有制全額撥款事業單位，隸屬於縣農委，編制90名，內設辦公室、案件審理室、一中隊、二中隊、三中隊。
