研究所於1921年成立。著名丹麥理論物理學家尼爾斯·玻爾自1914年就在該院校任職。為慶祝玻爾的八十歲生日(1965年10月7日),哥本哈根大學理論物理學研究正式成為尼爾斯·玻爾研究所。
在1910、20及30年代,該研究所是原子物理學及量子物理學這兩個發展中學科研究的中心。歐洲各地的物理學家(有時甚至更外面的)不時都會來研究所來跟玻爾商談新理論及發現。量子力學的哥本哈根詮釋就是該時期在這研究所完成的研究。
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