小公島南島位於北緯35°59′41.5″, 東經120°35′05.2″,面積0.01072平方公里,最高點海拔23.1米。該島靠小公島, 原統稱為小公島, 根據其位置在小公島南側, 而定名為“小公島南島”。該島與小公島之間隔一條斷裂形成的潮溝, 寬約3～10米,低潮時水深3～5米。島北側、西側和南側西部都是懸崖峭壁, 東部是斜坡。島頂西部呈饅頭形隆起,有較薄土層,生長野山參、山茅草等,覆蓋率約40%。
