支出分類
專項自己支出主要包括科研課題經費、挖潛改造資金、科技三項費用等指定項目或用途的專項資金支出。
管理要求
(一)專款專用
專項資金支出按照指定的用途使用，不得改變用途挪作他用。
(二)按實列報
專項資金支出應以實際支出數列表支出，撥出單位不能以撥作支，用款單位不能以領代報。
(三)單獨核算
事業單位收到的撥入專項資金應該存入銀行，及時入賬，另立明細賬戶，單獨核算。
(四)專項結報
要根據撥款單位的要求，及時報送資金使用情況和事業成果報表。事後，要專項辦理報銷手續，將餘款交回或由用款單位按撥款單位的規定處理。
對象及內容
專項資金支出的核算對象一般以撥款單位指定的科研課題、項目為對象，據以反映和核算在進行研製，試驗和推廣等過程中所發生的一切費用。其費用分為兩部分：一是直接費用，即直接進入有關課題、項目支出明細賬的費用；二是間接費用，期終按一定標準分攤記入各課題、項目中去的費用。
專項支出的核算內容，可以根據課題項目的規模，按費用的性質和核算的要求進行分類，設定若干費用項目。其中科研課題的核算內容一般可以分為：
(1)專用業務費：課題等在研製、試驗等過程中發生的各種業務費用，如技術資料費、印刷費、會計費。
(2)設備購置費：專門為某課題支出的專項設備等購置費用。
(3)材料動力費：課題所耗費的各種材料和電力、油料費用。
(4)外協費：課題進展過程中與外單位發生的各種協作費用，如有關零件的加工費等。
支出的核算
為了核算各種專項資金的實際支出數，事業單位應該設定“專款支出”賬戶。該賬戶屬於支出類賬戶，借方登記單位指定的項目或用途實際開支的料、工等費用，貸方登記專款資金支出收回數。平時，借方餘額反映專款支出的累計數。該賬戶應按專款的項目設定明細賬進行明細核算。事業單位按指定的項目或用途開支工料費，借記“專款支出”科目，貸記“銀行存款”、“材料”等科目；項目完成，向有關部門單獨列報時，借記“撥人專款”科目，貸記“專款支出”科目。
案例分析
例：某科研單位發生如下業務：
(1)收到上級撥入甲課題經費400000。憑有關憑證填制記賬憑證，會計分錄為：
借：銀行存款 400000
貸：撥入專款——甲課題400000
(2)為研究甲課題，用該課題經費購買專用設備一台，價款200000元，款項已付，設備已交付使用。憑有關憑證填制記賬憑證，會計分錄為：
借：專款支出——甲課題(購置設備費) 200000
貸：銀行存款 200000
同時：借：固定資產 20000
貸：固定基金 200000
(3)該課題領用一批試驗用材料，計80000元，憑有關憑證填制記賬憑證，會計分錄為：
借：專款支出——甲課題(材料動力費) 80000
貸：材料 80000
(4)購買該課題所有的辦公用品，計40000元，憑有關憑證填制記賬憑證，會計分錄為：
借：專款支出——甲課題(其他費用) 40000
貸：銀行存款 40000
(5)甲課題研究結束，全部費用為320000元，餘款80000元，按規定留給單位使用。結賬時，將已完工的專款支出向上級單位報賬時：
借：撥入專款——甲課題 320000
貸：專款支出——甲課題 320000
結轉餘款時：
借：撥入專款——甲課題 80000
貸：事業基金——一般基金 80000
存在問題
(一)預算管理粗放．制度不健全
(二)項目申報。實施管理不規範
(三)預算編制與執行存在偏差
(四)財務控制意識薄弱
(五)專款支出的開支範圍不夠明確
(六)財政監督不及時．且力度不夠
改革建議
(一)完善專項資金管理機制
1、建立優勝劣態資金導向機制，充分發揮財政性資金的導向作用。
2、建立資金使用的獎懲機制，完善相應的激勵與約束機制，鼓勵用款單位管好用好專項資金。
(二)強化財務控制意識．明確財務人員的職責
(三)加強財政對專項資金監督檢查
