1962年4月,南京博物院對宗墩的考查證明,遺址分三層:上層厚O.5米,為黃沙灰土,出土文物有繩紋灰陶、半筒瓦、缸罐等;中層厚約1.5米左右,為深灰土,文物有鬲、豆等,色灰,有殷周文化風格。下層轉淺灰色,中有木炭屑和燒土塊,文物有黃陶、黑陶碗、鼻樑足、鬼臉足及砂陶扁鼎足、罐等。下面的兩個文化層被幾座漢代花磚墓打破,墓內隨葬品有陶釜、甑、圓底罐、碗、俑及五銖錢等。在1974年的一次發掘中,除出土不少西周文物外,還出土石錛、石斧及大礪石各一件。根據出土文物分析,南京博物院考古人員認為,宗墩是一處新石器時代的遺址,屬龍山文化遺存。
宗墩遺址雖經民眾取土和文博單位的挖掘,現仍存在一定的文化層,厚達2.5米。