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《學術生態治理:研究型大學教師激勵機制探索》主要內容：論文立足於信息經濟學的機制設計理論、勞動經濟學的工資理論和管理學的組織理論，通過模型研究、比較研究和案例研究等方法，分析了研究型大學教師應採用的工資制度、崗位聘任標準以及影響大學教師行為的其他各種因素，如學術委員會的治理等。論文首先描述了國內外學者有關研究型大學教師工資制度、人事制度以及學術委員會治理等方面的相關研究，發現以往的研究對於大學教師為何採用某種特定的工資制度、人事制度等所做的理論分析存在不足。有鑒於此，作者著重對大學教師工資制度、人事制度設計以及學術委員會治理等方面進行理論探索。
隨後，論文立足於組織理論和激勵機制設計理論，建構了社會類組織和研究型大學教師激勵機制的基本框架，指出了工資制度設計中應綜合考慮激勵強度、風險、平衡性和可測量性等要素，闡述了理想的工資制度應對增加激勵強度和規避風險進行折中，以及對提升激勵強度和保證各項任務或同一任務不同維度之間的平衡性進行折中的基本原理。論文還指出，人事制度設計中試用期限和聘用制度的選擇取決於發生測量錯誤的可能性和候選人的能力分布；篩選制度和晉升制度的選擇取決於組織對選拔過程中可能發生的“拒真錯誤”和“存偽錯誤”的容忍能力；理想的人事制度是用最小的成本在能力較強的候選人群中實施合理的篩選並留住最合適的人才。
論文分析了研究型大學教師的兩項主要工作——教學和研究在風險、平衡性和可測量性等方面的特點以及兩者之間的關係。教學是一項風險很小的工作，對教學質量的評價屬於內部評價、主觀評價和當期評價，教學評價出現錯誤的可能性相對較小，教學能力分布具有負向偏移的特點；研究是一項風險較大的工作，藉助於學術期刊等級和被引用頻率對研究成果進行的評價屬於外部評價、主觀評價和延期評價，研究評價發生錯誤的可能性較大，研究能力的分布具有正向偏移的特點。研究能力和教學技能之間的邊際成本相互獨立，研究的邊際收益大於教學的邊際收益，即對研究和教學進行相同的投入，研究的產出對大學教師更有價值。
根據這些分析，論文得出了一些有關研究型大學教師激勵機制設計的基本原理。即對教學和科研的報酬進行區分；教學應採用崗位工資制和計件工資制相結合的工資制度；科研則只採用崗位工資制；對在研究方面有突出貢獻的教師應給予一次性獎勵；工資應體現學科差異；大學教師的選拔和晉升應主要依靠外部勞動力市場；對初聘的教學型教師可設定較短觀察期，研究型教師可設定較長的觀察期；對經觀察後確認能夠勝任工作的研究型教師應與其鑑定時間較長的任期契約或終身僱傭，教學型教師則可採用短期契約制；對所有的大學教師都應當採用非升即走的篩選制度和晉升制度；應禁止大學教師在校外的營利性兼職活動或對其兼職活動進行時間限制等。此外，論文還對其他影響大學教師行為的內部和外部因素進行了分析。
最後，論文描述了國外研究型大學教師人事制度和工資制度及其變革趨勢；回顧了解放後特別是改革開放以來，國內研究型大學教師人事制度和工資制度變革的歷史；然後以一所大學為案例，根據前面提出的理論對該校在人事和工資制度改革中出現的一些具體問題進行了分析。在此基礎上，提出了研究型大學教師激勵機制改革的16條建議。
