在臨床中,他把慢性再生障礙性貧血的治療分為腎陰虛型和腎陽虛型。對於腎陰虛型採用滋補腎陰養血的方法,方用自擬的補髓生血Ⅰ號方(生地黃、山茱萸、枸杞子、何首烏、桑椹子、茜草、西洋參、黨參、淫羊藿):腎陽虛型則採用溫補腎陽養血的方法,方用自擬的補髓生血Ⅱ號方(熟地黃、茯苓、山藥、淫羊藿、補骨脂、巴戟天、仙茅、菟絲子、鹿角膠、黃芪、紅參、阿膠、麥冬等)治療。他還使用“血思飲”治療原發性血小板減少性紫癜藥用黃芪、當歸、茜草、牡丹皮、槐花、仙鶴草、甘草、白花蛇雲草、絞股蘭、豬苓、雞血藤、土大黃、腫節風等。使用紫癜清治療過敏性紫癜,藥用紫草、丹參、赤芍、甘草、豬苓、白花蛇雲草、地膚子、蛇床子。
在臨床中,他對滋腎陰和溫補腎陽的藥物為最為推崇,前者以左歸丸、六味地黃湯為經常使用的方劑,後者則對右歸丸和金匱腎氣丸最為推崇。因此他對古代中醫學家錢乙、張景岳和李東垣的學術思想最感興趣,經常閱讀《小兒藥證直訣》、《景岳全書》、《脾胃論》等古代醫藉。他對《血證論》和《醫林改錯》的一些觀點也頗為讚賞。
由於孫教授臨床研究成果卓著,聲望聞名遐邇,所以他每年接受來自國內外和港、澳、台地區的血液病患者就醫,而且還為來自美國、日本、韓國、瑞士的患者治療血液疾病,門診和病房的患者應接不暇,絡繹不絕,其醫德醫術不僅在廣大患者中享有盛譽,而且也深得國內血液界同行的讚揚和好評。他是國內公認的防治血液病的知名專家教授。
為了探討血液病的中醫發病機理和中藥治療的療效機理,孫教授帶領課題組人員進行廣泛深入的研究,他的科研成果曾15次獲省部級科技進步獎和廳局級的科研成果獎,其科研論文分別發表在國際、國內權威醫學雜誌上,如《中華血液學雜誌》、《中醫雜誌》、《中國醫藥學報》。目前,孫教授還承擔國家自然科學基金資助項目兩項,省內科研項目多項。
他的論著頗豐,他的學術思想分別體現在他所主編、編著的《中醫血液病學》、《中醫內科學》、《中醫臨證指南》、《針灸內科學》、《中醫康復學》20餘部著作中。他在學術界和中醫界中享有較高聲望,受聘並委以多項學術團體職務。目前他擔任國家自然科學基金申請項目同行評議專家、中華中醫藥學會內科分會理事、血液專業委員會副主任、黑龍江省中醫藥學會血液專業委員會主任、黑龍江省中華醫學會血液專業委員會副主任。他還是全國21世紀規劃教材《中醫內科學》編委,全國新世紀規劃教材《中醫內科學》(七年制)副主編。
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