成因
綜上所述，孤獨症譜系障礙是廣泛意義上的孤獨症。所以，在下面，我們只籠統地使用“孤獨症”這一概念。引起孤獨症的原因是什麼呢？自從1943年人們開始研究，直到現在，人們仍然沒有揭開謎底。最初人們以為是由於親子之間互動障礙、父母人格特質、家庭結構等外在原因，治療上採取精神分析法，往往沒有療效。後來，人們認識到按照後天的父母教養以及家庭因素來解釋孤獨症的成因過於武斷。當前，已有的研究還說法不一，未有定論。基本上形成的共識是：孤獨症患者表現出的廣泛性發育障礙，主要是由腦生物學的因素導致的；造成腦生物學改變的原因，可以從醫學生物學、神經心理學和生態學等幾方面加以分析。中醫則從辨證的角度對此進行了探討，並以此建立了中醫按摩治療兒童孤獨症的基礎。
生物學成因
孤獨症的醫學生物學原因，可能是遺傳學因素、免疫因素、生化因素、孕產期因素等。孤獨症的成因極為複雜，有遺傳易感性的個體是否發病，取決於各種遺傳因素和環境因素的相互作用，很難在孤獨症患者個體身上確認出一種共有的醫學成因。自閉症可能是因為許多不同的醫學成因（如：遺傳、病毒感染、孕產期危險因素、其他原因），造成了特定腦結構或腦功能的損傷所致。至於損傷的具體部位、機制如何，仍待進一步研究。
孤獨症譜系障礙1、遺傳學因素
對有孤獨症患者的家族進行研究發現，兒童孤獨症同胞患病率為2%-8%，是一般人群發病率的50-200倍。雙生子研究則顯示，同卵雙生的同病一致率為60%，異卵雙生的同病一致率為0。這些證據證明遺傳因素是兒童孤獨症發病的重要原因。
孤獨症是多基因遺傳病，目前的研究，對於候選基因的數目和界定仍不清楚，對存在1位以上孤獨症患者的家族進行的全基因掃描估計，該病至少是10個以上致病基因相互作用的結果。具有孤獨症遺傳基因的個體，稱為有遺傳易感性的個體。個體是否發病，除了決定於遺傳因素外，還受著環境等多種複雜因素的影響。從理論上講，一系列兒童孤獨症致病基因降低了兒童孤獨症的發病“閾值”，在環境因素、免疫因素以及其他因素的作用下發病；如果缺乏環境因素、免疫因素以及其他因素的觸發，則不出現孤獨症症狀（Korvatska，2002）。
關於與孤獨症的遺傳現象有聯繫的異常染色體或候選基因的研究，迄今為止，還未取得一致的研究成果。目前，一般認為它們可能是7號染色體、15號染色體、5-HTT基因、BDNF基因等。這些異常的染色體以及候選基因，導致與神經系統發育有關的蛋白質（如神經營養因子）、糖蛋白、酶、受體、神經遞質等的異常表達，從而引起大腦、小腦、神經發育異常，提供了易患兒童孤獨症的生物學基礎，加上其他因素的共同作用，最終導致了特定的神經發育障礙，從而出現了孤獨症症狀。
2、免疫因素
最近的不少研究發現，免疫功能障礙可能與孤獨症的發生或發展存在著某種相關，但具體作用機制如何，目前還說法不一。主要觀點，包括自身免疫因素、病毒感染學說、免疫接種因素。
自身免疫因素的提出者發現，孤獨症患者腦部組織的免疫反應比正常人活躍，其中反應最激烈的區域是小腦（Pardo，2004）。還有人對7位孤獨症患者進行研究，發現其腦脊液內的細胞激素水平（這是免疫反應的標誌）同樣比正常人要高，這說明孤獨症患者與正常人相比，其大腦和小腦都存在著炎症。
病毒感染學說的提出者認為，免疫功能缺乏的個體，在胎兒期或新生兒期增加了病毒感染的幾率，病毒引起他們中樞神經系統的永久性損害，導致嬰兒孤獨症。
1998年，首次有科學家公開表示，接種疫苗可能與孤獨症症狀有關。有學者指出，由於幼童免疫系統還不完善，疫苗中的病毒可能誘發他們體內的自身免疫反應，進而與孤獨症的發生產生關聯。也有學者認為，疫苗針劑中普遍有一種含汞的防腐劑，汞中毒可能也與孤獨症的發生有關。但近年來，新的研究成果否決了這一觀點，發現接種疫苗的兒童與不接種疫苗的兒童，患孤獨症的比率無顯著差異。
3、生化因素
人們提出，孤獨症發生可能與神經系統中神經遞質的代謝失常有關。人體神經系統功能的完成，要依靠一套複雜的信號傳導過程，承擔神經細胞或神經---肌肉之間信號傳遞作用的一類重要化學物質是神經遞質。神經遞質不同，傳遞的信息就不同，神經遞質在大腦不同部位的濃度高低、傳遞快慢、傳遞多少等，影響著人們的思維、情感和行為方式。當前認為與孤獨症關係較為密切的神經遞質有5-羥色胺、多巴胺、谷氨酸等。這些神經遞質的失常通常與基因異常或變異有關。
還有人提出，孤獨症可能與金屬代謝異常有關，例如不少患者嚴重缺鋅。
4、孕產期因素
目前人們比較一致的觀點是，孕產期危險因素與孤獨症有關，但可能不是孤獨症發病的直接原因，它只是加強了已存在的遺傳易感性，增加了孤獨症發生的危險性，而可能是重要的間接原因。這些孕產期危險因素有精神抑鬱、吸菸史、病毒感染、高燒、服藥史、剖宮產、患兒早產、出生體重低、有產傷、呼吸窘迫綜合症及先天畸形等。
神經心理學成因
有學者將測量認知或情緒、情感等心理功能的實驗研究手段與探索腦區結構和功能的技術相結合，進行孤獨症成因的研究，這種研究模式稱為神經心理學模式。以神經心理學的角度探討孤獨症的核心缺陷，有三個主要的假說：心理理論缺陷說、中樞性統合不足說、執行功能缺陷說。
1、心理理論缺陷說
心理理論缺陷說主要用來解釋孤獨症社交交往障礙。心理理論能力，是指個體對於自己或他人的信念、願望、意圖等心理狀態的認識和理解，並藉此對他人的心理和行為進行解釋和推理的能力，被認為是社會認知和交往的基礎。自1985年開始，有人陸續以心理理論習得上的特殊損害來解釋孤獨症兒童在人際交往、想像、及語言方面表現出的一系列特殊障礙。
隨著當前腦科學研究的進展，有關孤獨症心理理論受損的神經機制的研究取得了一些成果，發現杏仁核、海馬、左內側前額皮層、右側眶額皮層等腦結構可能與此有關：杏仁核損傷會使孤獨症兒童難以對社會性刺激作出適當反應；海馬損傷會使延遲動作模仿出現困難；內側顳葉機能障礙對認知、記憶和情感有影響，因而與社會互動、移情等社會交往技能的發展密切相關；顳平面的結構異常與交往障礙有關。上述各個區域的機能障礙很可能導致孤獨症兒童的自我封閉。
2、中樞性統合不足說
中樞性統合不足說主要用來解釋孤獨症患者的興趣狹窄和特殊才能。一些學者認為，孤獨症患者的信息加工不完善，其注意力經常被正常人所忽視的客體表面或個別特徵所吸引，對整體情景缺乏注意，結果使得信息加工發生在局部而非整體水平上。由此也可解釋一些高功能孤獨症患者在記憶、數學或音樂某一領域可能具有特殊才能的現象。
一些研究發現，小腦發育異常可能與注意缺陷和整合加工不足有關。小腦被認為是僅次於額葉的信息加工系統，能夠通過它的深部核團發出投射纖維，對額葉的運動、語言、認知、記憶等功能進行迅速的加工整合。小腦的蒲肯野細胞是小腦中唯一對其深部核團有抑制作用的神經細胞。孤獨症患者小腦部位病變，普肯野細胞大量喪失，將會使額葉的運動、語言、認知、記憶等功能的執行速度和準確性得不到有效的調節。因此小腦病變有可能是孤獨症中樞性統合不足的神經病理基礎。
3、執行功能缺陷說
執行功能缺陷說主要用來解釋孤獨症患者的刻板和重複性的行為。執行功能是個體進行問題解決時所必備的神經心理技能，涉及很多目的性、指向性行為的適應過程，如計畫、抑制控制、工作記憶、彈性思考與行動等。執行功能缺陷，對孤獨症患者的仿說、反覆性的思考和動作、缺少計畫、難以抑制不適當的反應等作出了解釋。
一些研究顯示，大腦的前額葉與執行功能有著密切的聯繫。有人對2-4歲的孤獨症患兒進行檢查，發現他們額葉的局部腦血流明顯降低，提示孤獨症患兒大腦額葉成熟延遲。
生態學模式的孤獨症觀
有學者提出了生態學模式的孤獨症觀。從醫學生物學、神經心理學角度來解釋孤獨症成因，都傾向於將孤獨症描述為患者個體內部的問題，似乎孤獨症只是一個靜態的症狀，忽視了這種廣泛性發育障礙與外部環境之間相互作用的動態發展過程。而從生態學的角度看，孤獨症並不單純是存在於個體內部的一種靜態症狀，而是一個發展著的過程，發生在個體與環境之間的相互作用中。
這種理論可以較好地解釋，為什麼某些高功能孤獨症個體雖然能夠順利通過某些情緒識別任務和心理理論任務，但在真實生活中仍然舉止怪異。同時強調，孤獨症兒童異常的行為，對撫養者的行為也會產生消極的影響，導致孤獨症兒童生存的社會環境與正常兒童不同（如孤獨症兒童的母親更少對孩子微笑）。孤獨症患者與外界的互動，是一個持續不斷的過程，人類大腦的發展和成熟不僅僅是生理驅動（如基因）的過程，大腦皮質結構也受到學習經驗的質和量的影響。
根據生態學模式的自閉症觀，我們可以這樣理解，孤獨症首先是一種先天的神經系統發育損傷，如果孤獨症兒童在其與環境的相互作用過程中不能克服這種損傷所造成的障礙，那么就會導致二次身心發展障礙，出現認知問題、行為問題、情緒問題等。生態學的孤獨症觀為及早對孤獨症兒童提供教育訓練提供了理論依據。
中醫辨證原因
從中醫辨證上，孤獨症屬於腎虛、先天不足、發育五遲等範疇，勞思、抑鬱、惱怒、傷感等因素還會使病情惡化。腎主腦、主骨，開竅於耳，其華在發；在情志方面，腎主恐。腎先天不足，必然反應到腦部的病變，這一點與西醫的醫學生物學、神經心理學和生態學分析結果完全一致（分析結果皆提示孤獨症與個體的腦和神經的發育異常、病變有關）。腎主骨，腎虛則骨頭髮育異常，往往從孤獨症兒童的囟門閉合較晚、頭頂有明顯的隆起、出牙較晚、牙齒小而異形等方面得以印證。腎開竅於耳，自閉症的孩子腎虛，導致其聽力不敏感，視聽不同步；內耳的半規管和前庭出現問題，則導致他們的平衡覺出現問題，他們的時間知覺、方位知覺、運動知覺、深度知覺、距離知覺及其相互配合的能力很差；個別孤獨症的孩子在耳朵周圍或耳道，先天長有耳瘺、拴馬樁，也是先天性腎虛對耳朵發育影響的表現。其華在發，由於腎虛，孤獨症孩子的頭髮大多表現為沒有光華，象枯草一樣，發質軟黃稀疏。還有的孤獨症孩子由於腎虛造成弱視、尿頻、尿床等。腎主恐，則體現在孤獨症兒童由於腎虛導致膽小、經常無名恐懼、沒有自信等方面。
基於對孤獨症中醫辨證結果，建立了中醫穴位按摩治療兒童孤獨症的思路，治療原則就是：固本培元，補足先天，清腦益髓，養血生血，安神定志，寧心開竅，梳理氣機，促進患兒腦和神經系統的發育。
