明朝崇禎十七年（1644年），福王朱由崧在南京被擁立為帝。這個混亂的朝庭建立半年之後，即1644年十二月，一僧人名大悲者忽從北而至南京，在南京的水西門外當眾自稱是出自於齊藩的宗室，獲封齊王，從兵亂中逃出做了和尚。他語出驚人，說是崇禎帝早就預料到了日後的危局，於1641年就令他南下避禍，後來又說崇禎並未殉國身死，意指弘光帝不是正統。大悲還揚言，討伐弘光帝的大軍不日即到，當下他就統率了一支伏兵，秘密分散潛藏在城外江畔的船里，不用再過多久，就會剿滅南京的弘光“偽政權”。
聽到如此轟動的訊息，對弘光帝多有不滿的南京人，無不是帶有幾分幸災樂禍的心理。事情很快就被報告到了西城兵馬司，又經兵馬司上報到了朝廷。負責南京城防的官員雖然不知事情的真假，但也不敢怠慢，於是趕緊行動了起來，連夜把城外江畔的數千艘大小船隻驅趕到觀音門集中，勛臣劉孔昭則率部將散布訊息的大悲和尚逮捕，交給刑部發落。
弘光帝派京師提督趙之龍審訊他的來歷，大悲起初信口開河說崇禎時封他為齊王，他沒有接受，又改封吳王。接下來他又推翻了之前自己發布的崇禎並未殉國身死的說法，聲稱“今潞王賢明，應為天子，欲弘光讓位”，“潞王恩施百姓，人人服之，該與他作正位”，改為支持潞王朱常淓稱帝，要求弘光帝主動退位讓賢。
弘光帝原本對潞王有所猜忌，懷疑大悲是來為潞王刺探情報，便將他投入監獄，又傳諭戍政趙之龍、錦衣掌堂馮可宗與蔡忠“三堂會審”，嚴加刑訊，吃不住痛的大悲很快招供，他本姓朱，安徽休寧人（一說徽州人），十五歲就在蘇州的寺院出家為僧，他招搖撞騙的目的，無非是想趁亂蒙蔽他人罷了。因為他知道，弘光帝朱由崧繼統並不受歡迎，所以他自稱親王、想要顛覆弘光的說法，在民眾當中確實獲得了一定的支持，有不少的追隨者。
如此荒誕的結果，令刑部尚書解學龍也感覺很意外，大悲和尚不過是個瘋狂而拙劣的騙子，案件沒有再追索下去的必要，於是準備結案。但是，兵部尚書阮大鋮卻不這樣認為，他堅稱背後必定有幕後主使者。他先是派遣親信前往審訊，發現大悲在供詞中提到錢謙益，於是阮大鋮開了一份黑名單，共有一百四十三人，牽涉有東林黨首領錢謙益、都督史可法、內閣高弘圖、禮部尚書顧錫疇、都御史易應昌、刑部尚書解學龍、禮部尚書徐石麒、副都御史袁繼鹹、翰林吳偉業、科道姚思孝、喬可、姜曰廣、張慎言、劉宗周、祁彪佳等東林黨和復社的成員，想把這件本來很普通的詐欺案，捏造成一起眾人支持潞王稱帝、妄圖顛覆弘光政權的謀反案件，要大悲招供。
阮大鋮擬定的這份黑名單里，大部分是東林黨人和復社的成員，雙方的仇怨由來已久。東林黨和復社都是明末時期於體制外形成的政治結盟，因士大夫依附回響者眾，社會影響力很大。天啟年間，宦官魏忠賢專權，形成了與東林黨對立的閹黨集團，本是東林黨人出身的阮大鋮為了仕進，倒戈投靠魏忠賢，為士林所不齒，雙方就此決裂。後來阮大鋮為避李自成的起義軍前往南京避難，以東林後繼自任的復社中人又作《留都防亂揭》逐之，不準他留在南京城，雙方的梁子越結越大。等到弘光政權建立，權臣馬士英當政，援引阮大鋮為兵部尚書，上位以後，阮大鋮就對東林黨和復社中人展開了瘋狂地報復。在他看來，大悲和尚招搖撞騙一案，無疑是一個報復夙敵的天賜良機。
清人陸圻的《纖言》載，阮大鋮曾秘密派人把擬定好的黑名單送到獄中的大悲手裡，讓他在受審時按照名單上的人一一指認，聲稱若是照辦，就可以免他死罪。大悲卻不願助紂為虐，說“吾死耳，奈何累人”，不肯株連無辜。而在此時，錢謙益也知道了阮大鋮正在羅織罪名陷害自己，趕緊上疏辯解，抨擊阮大鋮的拙劣指控，矛盾開始公開化。事情被捅到了內閣首輔馬士英那裡。老奸巨猾的馬士英在了解了經過以後，很快就意識到阮大鋮所羅織的罪名很難服眾，有可能會把自己也扯下水，遂拒絕支持阮大鋮發動清洗。這樣，案件才於兩個月後以大悲經過九卿科道會審後，被公開處斬而了結。
大悲案雖然最後沒有士流因黨爭株連而受禍，但它作為一個標誌性事件，掀起了南明官員彼此互相排軋的序幕，因對弘光帝朱由崧繼統不滿而引發的一系列派別鬥爭，一直延續到了南都城破，方才停止。
