目錄構成
國家基本藥物目錄包括兩部分：基層醫療衛生機構配備使用部分和其他醫療機構配備使用部分。
國家基本藥物目錄中的藥品包括化學藥品和生物製品、中成藥、中藥飲片3部分。
目錄後附有索引。化學藥品和生物製品為中文筆畫索引、中文拼音索引和英文索引；中成藥為中文筆畫索引、中文拼音索引。
目錄編排
除在"備註"一欄標有"注釋"的藥品外，化學藥品和生物製品、中成藥按藥品品種編號，不同劑型同一主要化學成分或處方的編一個號，重複出現時標註"*"號；藥品編號的先後次序無特別的涵義。
目錄分類
化學藥品和生物製品主要依據臨床藥理學分類，共205個品種；中成藥主要依據功能分類，共102個品種；中藥飲片不列具體品種，用文字表述。
品種名稱
除在"備註"一欄標有"注釋"的藥品外，化學藥品和生物製品名稱採用中文通用名稱和英文國際非專利藥名稱（International Nonproprietary Names，INN）中表達的化學成分的部分，劑型單列。主要化學成分部分與《藥物目錄·基層部分》中的名稱一致且劑型相同，而不同酸根或不同鹽基的化學藥品，均屬於《藥物目錄·基層部分》的藥品；中成藥採用藥品通用名稱。
品種劑型
化學藥品和生物製品劑型在《中華人民共和國藥典》（2005年版）"製劑通則"規定的基礎上進行歸類處理，未歸類的劑型以《藥物目錄·基層部分》標註的為準。
化學藥品和生物製品中的口服常釋劑型包括口服普通片劑、腸溶片、分散片，硬膠囊、腸溶膠囊、軟膠囊（膠丸）；口服緩釋劑型包括緩釋片、控釋片，緩釋膠囊、控釋膠囊；外用軟膏劑型包括軟膏劑、乳膏劑；注射劑包括注射液、注射用無菌粉末、注射用濃溶液。劑型編排的先後次序無特別的涵義。
中成藥的劑型不單列，以"藥品名稱"欄中標註的為準。
中藥飲片
中藥飲片的國家標準是指《中華人民共和國藥典》、衛生部部頒標準和國家食品藥品監督管理局局頒標準收載的藥材及飲片標準。中藥飲片的基本藥物管理暫按國務院有關部門關於中藥飲片定價、採購、配送、使用和基本醫療保險給付等政策規定執行。
2018版目錄
2018年9月5日下午，國新辦舉行國務院政策例行吹風會，國家衛健委副主任曾益新介紹完善國家基本藥物制度相關工作情況，調整後的2018年版國家基本藥物目錄近期將公布。
2018年版國家基本藥物目錄共調入藥品187種，調出22種，目錄總品種數量由原來的520種增加到685種，其中西藥417種、中成藥268種。在覆蓋主要臨床主要病種的基礎上，重點聚焦癌症、兒童疾病、慢性病等病種，新增品種包括了抗腫瘤用藥12種、臨床急需兒童用藥22種以及世衛組織推薦的全球首個也是國內唯一一個全口服、泛基因型、單一片劑的C肝治療新藥。
基本藥物目錄不僅僅是一個目錄，它的使用將引發醫療服務、醫保報銷的變化。與上一版目錄不同，原則上，各地不能在2018年版國家目錄基礎上再增補藥品。原因是基本藥物制度已經在政府辦基層醫療機構實現全覆蓋，允許地方增補藥品是制度建設初期的過渡性措施。相關意見明確，各地不再增補藥品。
