組成分子的原子集團，包括各種官能團和以游離狀態存在的自由基。
在多種化合物中，某些原子團如苯基C6H5—；苯甲醯基C6H5CO-雖然經過一系列反應，經常保持不變，這種原子團稱為基。許多具有特殊反應性能的原子或原子團稱為官能團，例如，胺類R-NH2分子中的氨基-NH2和羧酸類R-COOH分子中的羧基-COOH都是官能團，前者呈鹼性，後者呈酸性。又如醇類R-OH分子中的羥基-OH反映醇的特性；烯類分子中的碳=碳雙鍵反映烯烴的特性。能長期游離存在的三苯甲基（C6H5）3C·稱為穩定自由基；短壽命的自由基，如甲基CH3·等，稱為活潑自由基。
一般所謂基和基團並不特別表明它的電性或是否帶有未配對電子，而自由基則是專指帶有未配對電子的基團。顯示未配對電子的順磁共振譜是檢查和研究自由基的有效方法。
官能團成為有機化合物系統分類的依據和有機反應分類的基礎。以官能團為基礎可將幾百萬種有機化合物歸納為比較簡單完整的體系。自由基多用於研究反應機理。穩定自由基是高分子聚合反應中常用的引發劑。
基指的是非電解質（如有機物）分子失去原子或原子團後的殘留部分，通常是非電解質中的共價鍵在高溫或光照時發生的斷裂的產物，如：CH3（甲基）、CHO（醛基）、C=O（羰基）等。從結構上來看“基”含有未成對的電子，不顯電性，也不能單獨穩定存在，基與基之間能直接結合，形成共價分子。如醋酸：CH3COOH，乙醛：CH3CHO。
